核酸抽出

固定液は10％ホルマリン液が浸透性がよく、推奨されている。浸透率は1時間に約1 mmとされ、小さな生検材料はそのまま浸漬する。大きい摘出材料では割を入れ固定液の浸透を高め、固定時間は3日以内にすることをお勧めする。また、佐藤ら²⁾はAMeX固定を推奨しているので参考にする。

通常の方法でエタノール脱水、クロロホルム置換後、融点56～58℃のパラフィンに包埋する。ウイルス等の外来性遺伝子をターゲットとするときは新鮮な試薬を使用する。

パラフィン包埋組織（少なくとも0.6 cm×0.6 cm）を5 μmの厚さ（4～10μmであれば可能）に切断し、切片1～3枚を1.5 mlマイクロチューブ（オートクレーブ処理済み）に滅菌ピンセットで移す。
切片量が多すぎると、抽出がうまくいかないので、多い場合はDEXPATを増量する。
以下の操作も含め、実験用手袋を着用し、ヌクレアーゼの混入によるDNAの分解を予防する。試料の薄切にあたっては、ミクロトームはネオクリーナー等の過酸化水素系消毒剤、ついでエタノールで拭いておく。換刃メス、ピンセット等の器具は同様の処置を行った後、UV照射を10分以上行い、DNAの残存によるクロスコンタミを避けるようにする。

DEXPATボトルを回転させ、試薬を均一に懸濁させる。試料の入ったチューブに迅速に0.5 mlずつ添加する（約20滴）。
1チューブごとにボトル中の試薬を均一に懸濁する。静置しておくとPCR阻害物質吸着樹脂が沈殿するので注意する。

マイクロチューブの蓋をし、100℃で10分間加熱処理する。
ヒートブロックを使用すると便利である。
また、マイクロチューブの蓋にあらかじめ注射針（例. 23G等）で穴をあけておくと内圧上昇による試料の飛散を防げる。この場合、アルミホイルで軽くマイクロチューブの上部をカバーしておくと水分蒸発を防げる。

加熱後、直ちにマイクロチューブを12,000 rpm、4℃で10分間遠心分離する（図1）。

マイクロピペットで上層にできたパラフィン薄膜を避けて、樹脂並びに組織残渣を吸い取らないように水層を分取する（図2）。
このうち、1～10 μlをPCR反応のテンプレートとしてそのまま使用する。50 μl PCR反応系で5 μl の使用が標準だが、切片の大きさ、状態で変動する（PCRに用いるサンプル量が多すぎると、PCR反応が阻害されることがあるので注意する）。