（2）判別
検体がコシヒカリの場合、約0.8 kb、約1.2 kb、約1.6 kb、約1.8 kbの大きさのPCR増幅産物がいずれも得られない。しかし、鋳型DNAが存在しない、あるいは阻害物等によってPCR反応が進行しない場合にも、PCR増幅産物が得られないという結果になるため、コシヒカリと誤判定する恐れがある。
従って、確実な判定結果を得るには、必ず下記のようなコントロール実験を行う必要がある。
図 アガロース電気泳動例（2％ Agarose、1×TAE buffer）
従って、確実な判定結果を得るには、必ず下記のようなコントロール実験を行う必要がある。
＜コントロール実験例（増幅物が得られなかった鋳型DNAの検定）＞
本キットに用いたものと等量の検体鋳型DNAを、弊社製コメ判別用PCRキット I（製品コード RR211A）を用いて検査する。電気泳動の結果、コシヒカリのパターンを示せば、検体中に鋳型DNAは確かに存在し、PCRを阻害する物質は含まれていなかったことが証明される。＜コントロール実験例（キット内容の検定）＞
品種が既知で、本キットで増幅産物が得られるサンプル（例：あきたこまち、きらら397など。表＜コシヒカリ以外の48品種＞参照）をPositive Controlとして用い、検体と同時にDNA抽出処理～本キットによるPCRを行って妥当な増幅産物が確認されれば、本キットの内容物（酵素・バッファー類）は正常に働いていると判断できる。また、検体DNAの溶解に用いた溶液(1/10 TEなど）をNo Template Controlとして本キットによるPCRを行い、増幅産物が検出されなければ、PCR反応液にコンタミネーションがないことが確認できる。 電気泳動パターンは下記を参照。図 アガロース電気泳動例（2％ Agarose、1×TAE buffer）
M1 M2 M3 1 2 3 4 5 6 |
：φX174-Hae III digest（100 ng/lane） ：DNA Marker Solution（10 μl/lane） ：pHY Marker（100 ng/lane） ：No Template Control（1/10 TE） ：コシヒカリ ：米検体A ：米検体B ：米検体C ：米検体D |
* DNA Marker Solutionを構成する4つのフラグメントDNAが、本キットで使用している4種のプライマー対で得られる増幅産物の大きさを表す。
* 図では、約1.6 kbと約1.8 kbの増幅産物を分離するために、Loading Bufferの色素がウェルより約5 cm移動するまで泳動している。
