試薬 | 使用量 | 最終濃度 |
Premix Ex Taq (2×) | 12.5 μl | 1× |
PCR Forward Primer (10 μM) | 0.5 μl | 0.2 μM*1 |
PCR Reverse Primer (10 μM) | 0.5 μl | 0.2 μM*1 |
プローブ | 1 μl | *2 |
ROX Reference Dye II*3 | 0.5 μl | 1× |
template | 2 μl | *4 |
滅菌精製水 | 8.0 μl | |
Total | 25 μl |
*1 | 最終primer濃度は0.2 μMで良い結果が得られる場合が多いが、反応性に問題がある時は0.1~1.0 μMの範囲で最適な濃度を検討すると良い。 |
*2 | プローブ濃度は、使用するリアルタイムPCR装置の機種やプローブの蛍光標識物質により異なる。装置の取扱い説明書やプローブ添付のデータシートを参考に添加量を検討する。 |
*3 | ウェル間の補正には、ROX Reference Dye II (50×) を使用する。ROX Reference Dye (50×) は濃度を高く設定しているため、Mx3000Pでの使用には適さない。 |
*4 | template中に存在するターゲットのコピー数により異なる。段階希釈して適当な添加量を検討する。DNA template 100 ng以下を用いることが望ましい。また、RT-PCRでcDNA溶液(逆転写反応液)をtemplateとして添加する場合は、PCR反応液容量の10%以下になるようにする。 |
シャトルPCR標準プロトコール Segment 1:初期変性 95℃ 30秒 1サイクル Segment 2:PCR反応 95℃ 5秒 60℃ 20秒 40サイクル |
ステップ | 温度 | 時間 | 検出 | コメント |
初期変性 | 95℃ | 30秒 | OFF | 初期変性は通常95℃、30秒で十分である。環状プラスミドやゲノムDNAなど変性しにくい鋳型でもこの条件で良好に反応できることが多い。鋳型の状態によっては、95℃、1~2分程度に延長することが可能だが、時間が長すぎると酵素の失活をまねく怖れがあるので、2分以上の条件は推奨しない。 |
ステップ | 温度 | 時間 | 検出 | コメント |
変性 | 95℃ | 3~5秒 | OFF | リアルタイムPCRの増幅サイズは一般的に300 bp以下なので、95℃で3~5秒程度でよい。 |
アニーリング/ 伸長 | 56~64℃ | 20~30秒 | ON | まずは、60℃、20秒の条件を試す。反応条件の至適化を行う場合には、56℃~64℃の範囲で検討する。反応性が悪い時は、このステップの時間を延ばすと改善する場合がある。 |