TB Green® Premix DimerEraser™ (Perfect Real Time)
Applied Biosystems 7500/7500 Fast Real-Time PCR SystemおよびStepOnePlus Real-Time PCR System を用いる場合の操作方法
TB Green Premix DimerEraser(Perfect Real Time)(製品コード RR091A/B)
※ 各機種の取扱説明書に従って操作してください。
- 下記に示すPCR反応液を調製する。
<1反応あたり>
試薬 | 使用量 | 使用量 | 最終濃度 |
TB Green Premix DimerEraser(2×) | 10 μl | 25 μl | 1× |
PCR Forward Primer(10 μM) | 0.6 μl | 1.5 μl | 0.3 μM*1 |
PCR Reverse Primer(10 μM) | 0.6 μl | 1.5 μl | 0.3 μM*1 |
ROX Reference Dye(50×)or Dye II(50×)*2 | 0.4 μl | 1 μl | 1× |
template(<100 ng) | 2 μl | 4 μl | *3 |
滅菌精製水 | 6.4 μl | 17 μl | |
Total | 20 μl*4 | 50 μl*4 | |
*1 最終primer濃度は0.3 μMで良い結果が得られる場合が多いが、反応性に問題があるときは0.2~1.0 μMの範囲で最適な濃度を検討すると良い。
*2 7500/7500 Fast Real-Time PCR Systemで解析する場合にはROX Reference Dye II(50×)を、StepOnePlusにはROX Reference Dye(50×)を使用する。
*3 template溶液中に存在するターゲットのコピー数により異なる。段階希釈して適当な添加量を検討する。20 μlあたりDNA template 100 ng以下を用いることが望ましい。また、RT-PCRでcDNA(RT反応液)をtemplateとして添加する場合は、PCR反応液容量の10%以下になるようにする。
*4 各装置の推奨容量に従って調製する。
- 反応を開始する。
PCRは、下記の3 step PCR標準プロトコールで行うことをお勧めします。
反応性に問題がある場合には、下記の「PCR反応条件について」を参考に最適なPCR条件を検討してください。
<Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System、StepOnePlus>
3 step PCR 標準プロトコール
Stage 1:初期変性
Reps:1
95℃ 30秒
Stage 2:PCR反応
Reps:40
95℃ 5秒
55℃ 30秒
72℃ 30秒 or 34秒*
Melt Curve Stage
* StepOnePlusでは30秒に、7500では34秒に設定する。
<Applied Biosystems 7500 Fast Real-Time PCR System>
3 step PCR 標準プロトコール
Holding Stage
Number of Cycles:1
95℃ 30秒
Cycling Stage
Number of Cycles:40
95℃ 3秒
55℃ 30秒
72℃ 30秒
Melt Curve Stage
※使用上の注意
本製品に使用しているTaKaRa Ex Taq HSはポリメラーゼ活性を抑制する抗Taq抗体を利用したホットスタートPCR用酵素です。他社の化学修飾タイプのホットスタートPCR酵素で必要なPCR反応前の95℃(5~)15分の活性化ステップは行わないでください。必要以上の熱処理を加えると酵素活性が低下し、増幅効率、定量精度に影響を及ぼす傾向があります。
PCR反応前に鋳型の初期変性を行う場合でも、通常95℃ 30秒で充分です。
- 反応終了後、増幅曲線と融解曲線を確認し、定量を行う場合は検量線を作成する。
解析方法は、リアルタイムPCR装置の取扱説明書をご参照ください。
PCR反応条件について
初期変性
初期変性は通常95℃、30秒で充分です。環状プラスミドやゲノムDNAなど変性しにくい鋳型でも、ほとんどの場合、この条件で良好に反応できます。鋳型の状態によっては、95℃、1~2分程度に延長することが可能ですが、時間が長すぎると酵素の失活を招く恐れがありますので、2分以上の条件は推奨しません。
PCR 条件と反応特異性
反応特異性を上げるには、アニーリング温度を上げるか2 step PCRに変更します。特に高分子側の非特異的増幅が見られる(融解曲線分析で目的のターゲットより高いTm値のピークが見られる)場合には、2 step PCRへの変更が有効です。
PCR条件と増幅効率
増幅効率を上げるには、伸長反応時間を延ばします。
[ 3 step PCR ]
95℃ |
5秒 |
|
*1 |
|
55℃ |
30秒 |
|
|
72℃ |
30秒 |
~34秒 |
*2 |
|
|
→
|
伸長時間を延ばす
95℃ |
5秒 |
|
*1 |
|
55℃ |
30秒 |
|
72℃ |
1分 |
~ |
|
|
|
*1 |
7500 Fastでは3秒に設定する。 |
*2 |
7000では31秒、7500では34秒、7500 Fastでは30秒に設定する。 |
TB Green® Premix DimerEraser™ (Perfect Real Time)