MightyAmp™ for Real Time (TB Green® Plus)
Applied Biosystems 7500/7500 Fast Real-Time PCR SystemおよびStepOnePlus Real-Time PCR Systemを用いる場合の操作方法
MightyAmp for Real Time (TB Green Plus)(製品コード R075A/B)
※各機種の取扱説明書に従って操作してください。
- 各装置が推奨する反応液量に基づき、下記に示すPCR反応液を調製する。
<1反応あたり>
試薬 | 使用量 | 使用量 | 最終濃度 |
MightyAmp for Real Time(TB Green Plus)(2×) | 10 μl | 25 μl | 1× |
PCR Forward Primer (10 μM) | 0.4 μl | 1 μl | 0.2 μM*1 |
PCR Reverse Primer (10 μM) | 0.4 μl | 1 μl | 0.2 μM*1 |
ROX Reference Dye (50×) or Dye II (50×)*3 | 0.4 μl | 1 μl | 1× |
template | 2 μl | 4 μl | *2 |
滅菌水 | 6.8 μl | 18 μl | |
Total | 20 μl*4 | 50 μl*4 | |
*1 最終primer濃度は0.2 μMで良い結果が得られる場合が多いが、反応性に問題があるときは0.1~1.0 μMの範囲で最適な濃度を検討すると良い。
*2 template溶液中に存在するターゲットのコピー数により異なる。段階希釈して適当な添加量を検討する。20 μlあたりDNA template 100 ng以下を用いることが望ましい。また、RT-PCRでcDNA(RT反応液)をtemplateとして添加する場合は、PCR反応液容量の10%以下になるようにする。
*3 ROX Reference Dye II (50×)は、ROX Reference Dye (50×)より濃度が低く設定されている。 7500および7500 Fast Real-Time PCR Systemで解析を行う場合には、ROX Reference Dye II (50×)の使用を推奨する。
StepOnePlusには、ROX Reference Dye (50×)を使用する。
*4 96ウェルプレート、シングルチューブおよび8連チューブでの反応は50 μl反応系で行う。384ウェルプレート、Fast System用の96ウェルプレート、8連チューブ(0.1 ml)での反応は20 μl反応系で行う。
- 反応を開始する。
PCR反応は、下記の標準プロトコールで行うことをお勧めします。まずはこのプロトコールを試し、必要に応じてPCR反応条件を至適化してください。PCR条件を至適化する場合は、「PCR条件について」を参照してください。
<Applied Biosystems 7000、7500 Real-Time PCR System、StepOnePlus>
標準プロトコール
Stage 1 :初期変性
Reps:1
98℃ 2分
Stage 2 :PCR反応
Reps:40
98℃ 10秒
60℃ 15秒
68℃ 1分/kb
(500 bp以下は30秒)
Dissociation Stage
<7500 Fast Real-Time PCR System>
標準プロトコール
Stage 1 :初期変性
Reps:1
98℃ 2分
Stage 2 :PCR反応
Reps:40
98℃ 10秒
60℃ 15秒
68℃ 1分/kb
(500 bp以下は30秒)
Melt Curve Stage
※使用上の注意
本製品に使用しているMightyAmp DNA Polymeraseは強力なホットスタート抗体を使用しているので、必ず98℃、2分の初期変性を行い、抗体を熱変性させてください。
-
反応終了後、増幅曲線と融解曲線を確認し、定量を行う場合は検量線を作成する。
解析方法は、各装置の取扱説明書をご参照ください。
PCR条件について
【PCR条件の検討】
○反応特異性を上げるには
アニーリング温度を上げると反応特異性が改善することがある。増幅効率とのバランスを確認しながら、検討してください。
標準プロトコール
98℃ | 2分 | |
98℃ | 10秒 | |
60℃ | 15秒 |
68℃ | 1分/kb |
→
アニーリング温度を上げる
98℃ | 2分 | |
98℃ | 10秒 | |
~64℃ | 15秒 |
68℃ | 1分/kb |
→
○増幅効率を上げるには
伸長時間を延ばすか、アニーリング温度を下げることにより、増幅効率が改善することがある。以下の手順で検討してください。
標準プロトコール
98℃ | 2分 | |
98℃ | 10秒 | |
60℃ | 15秒 |
68℃ | 1分/kb |
→
伸長時間を延ばす
98℃ | 2分 | |
98℃ | 10秒 | |
60℃ | 15秒 |
68℃ | ~2分/kb |
→
アニーリング温度を下げる
98℃ | 2分 | |
98℃ | 10秒 | |
55℃ | 15秒 |
68℃ | ~1分/kb |
→
伸長時間を延ばす
98℃ | 2分 | |
98℃ | 10秒 | |
55℃ | 15秒 |
68℃ | ~2分/kb |
MightyAmp™ for Real Time (TB Green® Plus)