メチル化DNA濃縮による解析例（コントロールDNA使用）
EpiScope Methylated HCT116 gDNAおよびNon-methylated HCT116 DKO gDNAを用いてEpiXplore Methylated Enrichment Kitによるメチル化DNA濃縮を行った後、得られた非結合／結合画分に存在する25種遺伝子のDNA量をEpiScope Promoter qPCR Array (Human)とTB Green Premix Ex Taq GC (Perfect Real Time)を用いqPCR解析した。解析結果を下図に示す。
図. コントロールDNAを用いたメチル化DNA濃縮解析結果
EpiScope Methylated HCT116 gDNAでは、ターゲットの25種の配列において高度にメチル化された状態であるのに対し、EpiScope Non-methylated HCT116 DKO gDNAでは、同配列においてほとんどメチル化されていないか、低メチル化状態であることが確認できた。
つまり、バイサルファイトシーケンスやメチル化配列特異的PCR（MSP）など、ヒトゲノムDNA（gDNA）を対象としたメチル化解析実験において、実験系の構築や実験操作の確認に必要なポジティブ(メチル化DNA)・ネガティブコントロール(非メチル化DNA)として、これらのgDNAの利用が有効であることが確認できた。
図. コントロールDNAを用いたメチル化DNA濃縮解析結果
EpiScope Methylated HCT116 gDNAでは、ターゲットの25種の配列において高度にメチル化された状態であるのに対し、EpiScope Non-methylated HCT116 DKO gDNAでは、同配列においてほとんどメチル化されていないか、低メチル化状態であることが確認できた。
つまり、バイサルファイトシーケンスやメチル化配列特異的PCR（MSP）など、ヒトゲノムDNA（gDNA）を対象としたメチル化解析実験において、実験系の構築や実験操作の確認に必要なポジティブ(メチル化DNA)・ネガティブコントロール(非メチル化DNA)として、これらのgDNAの利用が有効であることが確認できた。
