Micrococcal Nuclease の使用量とDNAサイズ
EpiScope Nucleosome Preparation Kit（製品コード 5333）
【方法】
1×106 cellsのHeLa細胞を操作方法に従って処理した。ただし、Micrococcal Nuclease使用量を0.02 μl、0.05 μl、0.2 μlと変化させた。続いてNucleoSpin Gel and PCR Clean-upによるDNA抽出を行い、得られたDNA溶液50 μlのうち、5 μlをアガロースゲル電気泳動に供した。
【結果】
Micrococcal Nuclease量が少ない場合、切断が不十分になり、モノヌクレオソームの他、ジヌクレオソーム、トリヌクレオソーム由来のDNAバンドが検出された。Micrococcal Nuclease 0.2 μlの場合には、ほとんどがモノヌクレオソーム化していることが確認された。
また、Micrococcal Nuclease 使用量が多いほどモノヌクレオソーム由来のDNAサイズが小さくなった。この結果は、DNA両端からの削り込みが進んだためと考えられる（J. Biomol. Struct. Dyn. 2010;27 (6):781-93.参照）。
ヌクレオソームのサイズ分布確認
1×106 cellsのHeLa細胞を操作方法に従って処理した。ただし、Micrococcal Nuclease使用量を0.02 μl、0.05 μl、0.2 μlと変化させた。続いてNucleoSpin Gel and PCR Clean-upによるDNA抽出を行い、得られたDNA溶液50 μlのうち、5 μlをアガロースゲル電気泳動に供した。
【結果】
Micrococcal Nuclease量が少ない場合、切断が不十分になり、モノヌクレオソームの他、ジヌクレオソーム、トリヌクレオソーム由来のDNAバンドが検出された。Micrococcal Nuclease 0.2 μlの場合には、ほとんどがモノヌクレオソーム化していることが確認された。
また、Micrococcal Nuclease 使用量が多いほどモノヌクレオソーム由来のDNAサイズが小さくなった。この結果は、DNA両端からの削り込みが進んだためと考えられる（J. Biomol. Struct. Dyn. 2010;27 (6):781-93.参照）。
ヌクレオソームのサイズ分布確認
| 1. | Micrococcal Nuclease | 0.02 μl |
| 2. | Micrococcal Nuclease | 0.05 μl |
| 3. | Micrococcal Nuclease | 0.2 μl |
| M. | 100 bp DNA Ladder | |
| 2％ Agarose L03 使用 ＊ モノヌクレオソーム由来DNA | ||
