NGS解析

ThruPLEX® Plasma-seq Kit Q＆A

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Q1　ThruPLEX Plasma-seq Kitで使用できるサンプルの種類は？
A1　ThruPLEX Plasma-seq Kitは、血漿から精製されたcell-free DNAからイルミナ社NGS用のDNAライブラリーを作製するよう設計されています。ThruPLEX Plasma-seq Kitは、幅広いGCカバレッジの多様なライブラリーを作製できるよう改良され、1～30 ngのcell-free DNAで再現性の高い結果を得ることができます。
用途インプットサンプルの種類推奨インプット量
血漿由来DNAのシーケンス・リキッドバイオプシー；ctDNA解析、ターゲットシーケンス血漿から精製されたcell-free DNA1～30 ng
Q2　ThruPLEX Plasma-seq Kit とThruPLEX DNA-seq Kitは何が違うのか？
A2　ThruPLEX Plasma-seq Kitは、血漿から精製されたcell-free DNA用に最適化したキットです。Cell-free DNAの断片化は必要なく、プロトコールが異なります（Q3参照）。
Q3　ThruPLEX Plasma-seq KitとThruPLEX DNA-seq Kitのプロトコールはどういう点が異なるか？
A3　
  • テンプレート調製ステップ：処理液量と処理温度が異なります。
  • ライブラリー合成ステップ：反応液量と反応温度が異なります。
  • ライブラリー増幅ステップ：反応液量と増幅サイクル数が異なります。
Q4　ThruPLEX Plasma-seq Kitの試薬を、ThruPLEX DNA-seq Kitの試薬で代用できるか？
A4　いいえ、ThruPLEX Plasma-seq Kitの試薬は他のキットで使用することはできません。
Q5　血漿からのcell-free DNAの精製に推奨される方法はあるか？
A5　ThruPLEX Plasma-seq Kitは、QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit（Qiagen社、Code No. 55114）を用いて調製したcell-free DNAで最適化されています。
インプットDNAを溶解するバッファーのTrisおよびEDTAの濃度は、それぞれ10 mMおよび0.1 mMを超えてはいけません。リン酸塩を含むバッファーは使用できません。
Q6　血液採取にはどのような採血管を使用すればよいか？
A6　Vacutainer Venous Blood Collection Tubes with K2 EDTA（Becton Dickinson社、Code No. 36643）で採取した血液を使用しています。
詳細な手順については、こちらをご覧ください。
Q7　血液からの血漿調製はどのようにしたらよいか？
A7　血漿は、ダブル遠心分離プロトコールを用いて血液から分離する必要があります。調製済みの血漿サンプルは、cell-free DNAを精製するまで－80℃で保存してください。
詳細な手順については、こちらをご覧ください。
Q8　尿や他の生体液から精製したcell-free DNAはThruPLEX Plasma-seq Kitで使用できるか？
A8　ThruPLEX Plasma-seq Kitはヒト血漿から分離されたcell-free DNAに最適化されていますが、他の生体液由来の分解したDNAでも使用できる可能性があります。血漿以外のサンプルを用いる場合は、最初にDNA抽出／精製キットでcell-free DNAを抽出しなければなりません。これらのサンプルから得られたcell-freeDNAは通常、分解を受けて断片化しているので、さらに断片化を行う必要はありません。各反応でのcell-free DNAのインプット量は10 μlを超えない様にしてください。
Q9　ThruPLEX Plasma-seq Kitと組み合わせて使用できるターゲット濃縮システムはあるか？
A9　ThruPLEX Plasma-seq Kitは、Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZなどの主要なエクソームおよびターゲット濃縮製品と組み合わせて使用可能です。ThruPLEX Plasma-seq Kitのターゲット濃縮プロトコールは、以下からご覧ください。
Target capture of ThruPLEX libraries with Agilent SureSelectXT
Targeted capture of ThruPLEX libraries with Roche NimbleGen SeqCap EZ
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