リアルタイムPCR用プライマー・プローブ合成(TaKaRa qPCR Probe)

オリゴ合成 Q&A

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<全般>

Q1 受託サービスのオリゴ合成品にかかる法規制を教えてください。SDSを交付してもらうことはできますか?
A1 SDSの交付は行っておりません。これは、当該オリゴ合成品が研究用試薬であり、毒物及び劇物取締法、労働安全衛生法(第55条、56条、57条及び57条の2)、化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)を含む主要な関連法令の規制対象外であるためです。

  以下法令に該当しません。
  • 毒物及び劇物取締法(毒物・劇物)
  • 労働安全衛生法(第55条、56条、57条及び57条の2)
  • 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法)
  • 麻薬及び向精神薬取締法(麻薬・向精神薬・麻薬向精神薬原料)
  • 覚せい剤取締法(覚せい剤・覚せい剤原料)
  • 医薬品医療機器等法(旧薬事法)(指定薬物)
  • 化学兵器禁止法(特定物質)
  • カルタヘナ法
  • 消防法
  • 国民保護法(毒素)
Q2 保証収量の単位が「OD」となっており、どのくらい反応できるかわかりません。
A2  下記をご参照ください。
●PRTSS for インターカレーター
Forward primerおよびReverse primerは濃度調整済みTE溶液(50 pmol/μl)で脱塩精製で、総量各2 OD保証となります。
OD保証なので塩基数で変わりますが、20 merの場合と仮定して、約900反応分となります。
(TB Green® Premix Ex Taq™ II (Tli RNaseH Plus) (製品コード:RR820A)あるいは TB Green® Premix Ex Taq™ II FAST qPCR (製品コード:RR830A)を使用する場合、10pmol/μl(10 μM)に希釈したものを 1 μl使用( 25 μl 反応系)いたします。)

● PRTSS for プローブ および リアルタイムPCR用プライマー・プローブ合成(TaKaRa qPCR Probe またはDual Labeled Probe )
この場合は約1,080反応分(25 μl反応系)に相当します。
内訳は以下となります。プローブの反応回数のほうが少ないため、セット品での反応回数の上限となります。
・プライマー2本(Forward、Reverse)カートリッジ精製、3.0 OD保証、凍結乾燥品→OD保証なので塩基数で変わってきますが、20 merでプライマーを20 merとした場合、約2700反応分
( Probe qPCR Mix (製品コード: RR391A)を使用する場合、10 pmol/μl(10μM)に希釈したものを 0.5 μl使用( 25 μl 反応系)いたします。)
・TaKaRa qPCR Probe 1本(またはDual Labeled Probe 1本)HPLC精製、1.5 OD保証、凍結乾燥品
→保証収量1.5 ODのため、約1,080反応分(25 μl反応系)に相当いたします。

● TaKaRa qPCR Probe 1本(またはDual Labeled Probe 1本)HPLC精製、1.5 OD保証、凍結乾燥品
保証収量1.5 ODのため、約1,080反応分(25 μl反応系)に相当いたします。

実際の使用回数は合成する長さや使用濃度、反応容量によって変わるため、納品時に添付されるデータシートから計算して求めてください。

<Perfect Real Timeサポートシステム(PRTSS)に関する疑問>

●共通
Q3 購⼊者にのみ開⽰されるPerfect Real Timeの配列を論⽂に記載してもよいでしょうか?
A3  ご購⼊いただきましたPerfect Real Timeの配列は、ご⾃由にお使いください。論⽂に記載していただいても問題ございません。論⽂掲載の際は、Takara Bio Inc., Japan などのように記載いただくようお願いします。
Q4 プライマー・プローブの保管温度と使用可能な保存期間を教えてください。
A4  PRTSS for インターカレーターは溶液品として、PRTSS for プローブは凍結乾燥品として、それぞれ常温で納品されます。
受領後は、インターカレーターの場合はそのまま分注、プローブの場合はTEバッファー等で溶解した後に分注し、いずれも冷凍 (-20℃)で保管してください。
有効期限は設定しておりませんが、適切に保存(小分け・冷凍)された場合、約2年間は安定して使用可能と考えられます。
※ PRTSS for プローブは凍結乾燥品状態でも保存可能ですが、その場合でも冷凍 (-20℃)で保管してください。
Q5 PRTSSで誤って注文したセットをキャンセルできますか?
A5  ご注文後のキャンセルは承っておりません。ご注文と同時にプライマー配列が購入履歴に表示され、これらは弊社独自のアルゴリズムで設計された製品の一部となるためです。ご注文前に内容をよくご確認のうえ、確定いただきますようお願いいたします。
Q6 PRTSSで検索してもプライマー・プローブがヒットしません。
A6  生物種や入力欄の選択が正しくない場合、検索結果が表示されません。
正しく入力されているか再度ご確認ください。それでも検索できない場合は、「カスタム設計」をご利用ください。詳細は以下のURLをご参照ください。
インターカレーター法:https://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100006551#1
プローブ法:https://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku/basic_info.php?unitid=U100007565
Q7 同じ配列を再注文したいのですが、設計済リストから無くなっています。再注文可能でしょうか?
A7  Perfect Real Time Primerサポートシステムの注文履歴から再注文が可能です。
以前ご依頼いただきましたWEB会員IDの注文履歴からご注文ください。
注文履歴からの再注文ができない場合は、PRTSS for インターカレーターは「DNA合成オンライン注文」、PRTSS for プローブは「TaKaRa qPCR Probe」より配列情報を入力してご注文ください。
DNA合成:https://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku/basic_info.php?unitid=U100003610
TaKaRa qPCR Probe:https://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku/basic_info.php?unitid=U100007565
Q8 製品受け取り後、常温で数日放置してしまいましたが、プライマーの品質に問題ないでしょうか?
A8  保証はできかねますが、DNAオリゴヌクレオチドは比較的安定な分子であるため、数日程度の常温保管は品質に影響はないと考えられます。
Q9 PRTSSで注文したプライマー・プローブの配列・収量が分かりません。
A9  製品に同梱されているデータシート(紙面)をご確認いただくか、納品時のチューブラベルにも記載されています。
配列は購入履歴からご確認いただけます。
※データシートは大切に保管してください。

●PRTSS for インターカレーター
Q10 1本あたりに入っているプライマーの液量を教えてください。50 pmol/μlというのはわかるのですが、液量を見つけることができません。
A10  本製品は保証量2 OD以上とさせていただいています。塩基組成によっても変わりますが、2 OD以上の場合、20 merで約9 nmol(180 μl)以上、30 merで約6 nmol(120 μl)以上の納品が目安となります。
実際は合成できた分をすべて納品しているため、液量は合成毎に異なります。
(例)納品オリゴが30 nmolの場合、50 pmol/μlで調製すると液量は600 μlです。

正確な収量は、納品時に添付されているデータシートをご確認ください。
【参考】オリゴヌクレオチド1 OD260のモル換算表
 https://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100003625
Q11 PRTSS for インターカレーターで同じ日に複数回注文しました。まとめてボリュームディスカウントを適用できますか?
A11  ボリュームディスカウント価格は、1回のご注文でのセット数に応じて適用されます。
同じ日に複数のご注文をいただいても、それぞれの注文が条件のセット数に達していない場合は、適用されません。
ディスカウント価格をご希望の場合は、必要なセット数をまとめて、1回のご注文としてご依頼ください。

●PRTSS for プローブ
Q12 PRTSS for プローブを注文しましたが、チューブに何も入っていません。
A12  PRTSS for プローブはプライマー・プローブとも凍結乾燥品となります。乾燥したオリゴDNAは透明なフィルム状あるいはペレット状となり、輸送途中で蓋や壁面に付着する場合があります。目視での確認が困難な場合もございます。
開封前には必ず10秒間程度スピンダウンをしてからご使用下さい。
Q13 PRTSS for プローブを注文しましたが、溶解させる液量がわかりません。
A13  製品と同梱でデータシート(紙面)をお送りしております。紙面に溶解液量の記載がございますので、ご確認ください。

<リアルタイムPCR用プライマー・プローブ合成(TaKaRa qPCR プローブ)に関する疑問>

Q14 レポーターにVIC、クエンチャーにMGBを使ったプローブを作っていただくことは可能ですか?
A14  VIC・MGBは取り扱っておりません。
VICの代替としてHEXで対応可能です。
Q15 レポーターBHQとTAMRAの違いは何ですか?
A15  TAMRAはエネルギーを光で放出する蛍光クエンチャー、BHQはエネルギーを熱で放出するダーククエンチャーです。
一般に蛍光を発さないダーククエンチャーの方がS/N比の向上が期待できます。
2種類以上のプローブを使用し、マルチプレックスで解析を実施する場合はダーククエンチャーをおすすめしています。
Q16 BHQ-1とBHQ-2の使い分けを教えてください。
A16  BHQ-1とBHQ-2はそれぞれ最大吸収波長が異なります。
BHQ-1 534 nm、 BHQ-2 579 nm
レポーター色素の蛍光波長によって使い分けをします。
レポーター色素とクエンチャーの組み合わせは以下を参照ください。
https://catalog.takara-bio.co.jp/jutaku/basic_info.php?unitid=U100007565#anchor03
Q17 設計からでなく、指定の配列でプローブ・プライマーセットを注文する方法を教えてください。その場合の価格もお願いします。
A17  配列指定の場合でも、デザインセットと同じ価格となります。
TaKaRa qPCR Probe 合成のオンライン注文にログインいただき、「Probe/Primerセット」合成のみで依頼をする よりご注文にお進みください。
Q18 設計してもらいましたが、プローブのみ(プライマーのみ)合成をお願いできますか。
A18  設計でご提案した内容に問題がなかった場合、合成はプライマーとプローブのセットで合成となります。プローブのみ(プライマーのみ)の合成は承ることはできません。ご了承ください。
Q19 使用可能な試薬、PCR装置を教えてください。
A19  一般的なリアルタイムPCR用試薬、装置でご利用いただけます。
使用可能な蛍光、クエンチャーの組合せは、装置によって異なりますので、装置マニュアルまたはメーカーにご確認ください。
Q20 プローブ鎖長が30 merを超える合成も依頼可能ですか?
A20  10~40 merまでは同一価格でお引き受けしております。
41 mer以上をご要望の場合は、別途ご相談とさせていただきます。
なお、プローブ鎖長が30 merを超えるとクエンチングの効率が下がりますのでご留意ください。
Q21 TaKaRa qPCR プローブの保管温度と使⽤可能な保存期間を教えてください。
A21  凍結乾燥品でのお届けとなります。A3のPRTSS for プローブと保管温度は同じで、受領後は、TEバッファー等で溶解した後に分注し、いずれも冷凍 (-20℃)で保管してください。
有効期限は設定しておりませんが、適切に保存(小分け・冷凍)された場合、約2年間は安定して使用可能と考えられます。
※ 凍結乾燥品状態でも保存可能ですが、その場合でも冷凍 (-20℃)で保管してください。
Q22 TaKaRa qPCR プローブの設計で特定の菌、ウイルスに対する設計は可能ですか。
A22  はい、設計を希望される配列情報(例:500 bp程度)をご提示いただける場合、プライマー/プローブの設計は可能です。
ただし、以下の点についてはお客様にてご確認をお願いいたします。
・ご提示いただいた領域が、目的の菌種やウイルスに対して十分な特異性を持つかどうかの調査
・下水、海水、菌叢などの複雑なサンプル中で、他の菌・微生物やウイルスに対して交差反応が起きないことの確認
設計依頼時にいただいた配列情報をもとに設計を行いますが、特異性の評価や環境試料中などでの網羅的な確認は対応しておりません。必要に応じて、お客様側で事前にご確認ください。
Q23 TaKaRa qPCR プローブの配列指定の注文をしたいのですが、プライマーの入力でエラーがでます。プライマー配列には混合塩基がありますが、注文の仕方がわかりません。
A23  混合塩基(A、G、C、T以外)を含むプライマーとプローブのセットでの合成は承っておりません。大変申し訳ございません。
お手数ですが、混合塩基を含むプライマーは「DNA合成・RNA合成」よりご注文ください。プローブはTaKaRa qPCR プローブの「プローブのみ」からご注文ください。

<リアルタイムPCR用プライマー・プローブ合成(サイクリングプローブ)に関する疑問>

Q24 使用可能なPCR装置、試薬を教えてください。
A24  CycleavePCR Starter Kit(製品コード CY505S)またはCycleavePCR Reaction Mix(製品コード CY505A/B)をご使用ください。
適応機種は以下CycleavePCR試薬の製品ページに記載しております。その他の装置をご利用の場合は、装置メーカーにご確認をお願いいたします。
https://catalog.takara-bio.co.jp/product/basic_info.php?unitid=U100006609
Q25 サイクリングプローブが届きました。保管方法を教えてください。
A25  サイクリングプローブはRNAを含むキメラプローブのため、ドライアイスを詰めた状態での常温輸送にてお届けいたします(凍結乾燥品)。到着後は速やかに冷凍 (-20℃)で保管してください。
TEなどで溶解した後は小分けにして冷凍 (-20℃)で保管してください。

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