同一FFPE肺がんサンプルを使用した空間トランスクリプトーム 3プラットフォームの直接比較
－ 真のシングルセル空間解析「Trekker® FX」が示す、他社に対する優位性 －
- ■ 概要
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空間トランスクリプトーム解析では「シングルセル」という言葉が広く使われていますが、その中身は同じではありません。多くの手法ではセルセグメンテーションに依存しており、「シングルセル」が必ずしも実際の1細胞を反映しているとは限りません。Trekker FXは、空間バーコードを付与した細胞を既存のシングルセル解析システムで解析することで、1細胞ごとの情報を正確に取得します。これにより、空間情報を保持したまま真のシングルセル解析を実現します。
今回、Trekker FXと他社空間トランスクリプトームシステムを、同一FFPEサンプルを用いて比較しました。
- ■ 比較した空間解析3プラットフォームの特徴
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プラットフォーム Trekker FX 他社システムA 他社システムB 解像度 真のシングルセル シングルセルスケール
（8×8 μm）シングルセルレベル
（30 nm）空間解析手法 細胞（核）へ直接
空間バーコード付与スライド上でmRNA捕捉
（スポット方式）in situハイブリダイゼーション 検出遺伝子数 約18,000 約18,000 約5,000 セルセグメンテーション
偽陽性確率不要
低必要
Trekkerに比べて高い必要
Trekkerに比べて高い検出感度 高 Trekkerに比べて低い Trekkerに比べて低い - ■ 比較データ ※AACR 2026 (American Association for Cancer Research) Annual Meetingで発表されたポスターから抜粋
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詳細はこちら＝＞AACRポスター
（弊社取得データ）
図1. 1細胞あたりの検出遺伝子数の比較
遺伝子数を共通に揃えた場合（4,799）でも、Trekker FXは他社システムBと比較して約1.5倍、他社システムAと比較して約10倍の遺伝子を1細胞あたりで検出した。
Trekker FXは、検出遺伝子数が多いことが示された。
図2. 細胞内における遺伝子検出感度（コピー数）の比較
各遺伝子の検出感度を比較した結果、Trekker FXでは多くの遺伝子が細胞内で高いコピー数として検出された一方、他社システムAでは多くの遺伝子が1〜3コピーの低検出にとどまり、他社システムBでは対象遺伝子が限定的である ことが確認された。
Trekker FXは、各遺伝子を細胞内でより確実に検出できることが示された。
図3.マーカー遺伝子（POSTN）の発現分布とその精度の比較
POSTNは主にCAFなどの線維芽細胞で発現が期待されるマーカーである。Trekker FXでは、発現が想定される細胞で検出された一方、他社システムBでは発現が期待されない細胞でのシグナルも観察され、偽陽性やシグナルコンタミが示唆された。
Trekker FXは、偽陽性を抑えた高精度な解析が可能であることが示された。
図4.リガンド–レセプター相互作用数およびTregを中心とした細胞間シグナル伝達の比較
Trekker FXは他社システムと比較して、より多くのリガンド–レセプター相互作用を検出し、特にTregを含む細胞間の複雑なネットワークを広範囲に検出した。Trekkerの高感度かつ高精度なシングルセルデータが、下流解析で有用であることが示唆された。
Trekker FXは、免疫細胞間のシグナル伝達をより網羅的かつ高精度に捉えられることが示された。 - ■ まとめ
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- Trekkerは、他手法よりも多くの遺伝子・UMIを検出できることが分かりました。
- Trekkerは、他手法よりも偽陽性（本来と異なる細胞で、遺伝子発現を誤検出するリスク）が少ないことが分かりました。
- Trekkerは、網羅的なトランスクリプトーム情報が必要な解析で優位であることが分かりました。
これらの優位性は、既存のシングルセル解析がベース、つまり真のシングルセル解析が可能なTrekkerだからこそ実現できました！
