TaKaRa LA PCR™ in vitro Cloning Kit

TaKaRa LA PCR in vitro Cloning Kit

Q1 Cassette & Cassette Primerを使用する際、PrimerS1とS2の配列設計に関して注意すべき点はあるか。
A1 1)S1、S2はオーバーラップしてもかまいませんが、増幅の際に高い特異性を求めるならばオーバーラップのない方が望ましいでしょう。また2種類のプライマー間の塩基数には特に制約はありません。
2)1st PCRだけではバンドが確認できないこともありますが、諦めずに2nd PCRを行ってください。
3)ゲノムウォーキングではSau3A I を使用したときに成功率が高いようです。

Q2 PCRゲノムウォーキング用カセットのうち、Sau3A I 用カセットの包装量および使用量が他に比べて多いのはなぜか。
A2 ゲノムDNAを対象に使用する場合、Sau3A I は4塩基認識型制限酵素なので、酵素処理により生じるゲノムDNA断片の数も多くなります。そのため、必要なカセットの量も多くなります。

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