GeneChip™ Array発現解析

遺伝子発現解析のスタンダード
<お知らせ>
2021年度(2022年3月末まで)のGeneChip Array発現解析はサービス内容を変更して提供させていただきます。詳細は以下をご参照ください。

特長

  • 3’Expression Arrayに加えて、低価格アレイやトランスクリプトームアレイなど豊富なラインナップ
  • 複数プローブによる再現性の高い高精度なデータ
  • ハイブリダイゼーション以降の工程の自動化により再現性の高い解析が可能
  • フリーソフトウェア Transcriptome Analysis Console(TAC)Softwareを用いたデータ解析が可能

概要

サーモフィッシャーサイエンティフィック社(旧アフィメトリクス社)の遺伝子発現解析用アレイは、フォトリソグラフィーとコンビナトリアル・ケミストリーを組み合わせ、オートメーション化された製造工程により、アレイ間の差が小さいことが特長です。これにより比較したい検体の遺伝子発現の差を高い精度で求めることが可能です。
タカラバイオでは、アフィメトリクス認定のサービスプロバイダーとして、各種アレイを用いた網羅的な遺伝子発現解析を行います。遺伝子工学に熟練した技術者と充実した設備により、精度の高いサービスを提供いたします。ご要望に応じて、組織や細胞からのRNA抽出も承ります。

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製品名 GeneChip(3’IVT Expression) Clariom S Array Clariom D Array / GeneChip Transcriptome Array
プローブデザイン    

サーモフィッシャーサイエンティフィック社資料より

1遺伝子あたりの
プローブ数
遺伝子の3’末端側に11~20プローブセット 1遺伝子あたりおよそ10個のプローブ エクソンあたりおよそ10個の検出プローブ、およびエクソン間のスプライス接合部あたり4個のプローブ
プローブペア Perfect Match probe (PM) およびMismatch probe (MM) Perfect Match probeのみ Perfect Match probeのみ
対応生物種 ヒト, マウス ヒト, マウス ヒト, マウス
特徴 ・多数のデータベースをもとにプローブを設計
・PM およびMMと呼ばれるプローブペアによって、非特異的なクロスハイブリダイゼーションを排除し特異性の高いデータが得られる。
・TAC Softwareが利用可能
・複数のデータベースに共通で登録されている20,000以上の遺伝子に対する20万以上のプローブを搭載
・アノテーション済みの主要な遺伝子を低価格で解析することが可能
・TAC Softwareが利用可能
・コード転写産物と非コード転写産物をカバーし、選択的スプライシングの検出が可能
・搭載プローブの70%はエクソン領域を、30%はエクソン間のスプライスジャンクションと非コード転写産物をカバー
・TAC Softwareが利用可能。遺伝子レベルやエクソンレベルの発現変化、選択的スプライシングイベントを可視化できる。

サービス内容

total RNAを送付いただき、cDNA合成、cRNA増幅、ハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行います。解析にはサーモフィッシャーサイエンティフィック社が推奨する試薬・ソフトウェアを使用します。
組織・細胞からのRNA抽出やデータマイニングなどのオプション作業も充実しています。

代表的アレイ種類
生物種 製品名 主要な搭載プローブ
ヒト Human Genome U133 Plus 2.0 Array 38,500の遺伝子
Clariom S Array, Human 20,800の遺伝子
Clariom D Array, Human 948,300のエクソン
マウス Mouse Genome 430 2.0 Array 34,000の遺伝子
Clariom S Array, Mouse 22,100の遺伝子
Clariom D Array, Mouse 498,500のエクソン

アレイ詳細についてはサーモフィッシャーサイエンティフィック社のホームページをご覧ください。


Affymetrix Transcriptome Analysis Console(TAC)Softwareによる解析
TAC SoftwareはRawデータを取りこむことによって各種データマイニング処理が可能なサーモフィッシャーサイエンティフィック社が提供するフリーソフトウェアです。事前にお客様ご自身で、ご使用になられるPCにインストールしていただく必要がございますので、予めご了承ください。

Affymetrix Transcriptome Analysis Console(TAC)Softwareは、サーモフィッシャーサイエンティフィック社より無償でインストールすることが可能です。


(サーモフィッシャーサイエンティフィック社資料より)


弊社過去取得データとの比較について
インプットするtotal RNAの異なる解析データ間では、特に低発現領域に於いてバイアスのかかる可能性があることにご留意ください。


【オプションサービス】

  • 組織や細胞からのRNA抽出
  • DNase I 処理
  • サンプル再精製(純度が低いRNAの精製)
  • 微量total RNA(500 pg以上、濃度100 pg/μl以上)からの増幅
  • データマイニング
  • Clariom D Arrayは対応しておりません。

価格・納期

2021年度(2022年3月末まで)はサービス内容を変更して提供させていただきます。
<変更内容>
  • 対象生物種はヒト、マウスのみとなります。その他生物種は対応いたしかねます。
  • 解析は以下のスケジュールでのみ実施させていただきます。
    製品名 検体提出期限 納品予定日
    Human Genome U133 Plus 2.0 Array
    Mouse Genome 430 2.0 Array
    2021年11月19日 2021年12月21日
    2022年2月18日 2022年3月25日
    Clariom S Array, Human
    Clariom S Array, Mouse
    2021年10月22日 2021年11月19日
  • RNA抽出や微量total RNAからの増幅などサンプル調製に関するオプションは対応いたしかねますので、受入サンプル欄記載のサンプル量・品質のtotal RNAをご提供ください。

オンライン注文価格
物種 製品名 参考価格 参考納期
ヒト Human Genome U133 Plus 2.0 Array 1~3検体 ¥120,000 上記スケジュールをご確認ください。
4~20検体 ¥96,000
Clariom S Array, Human 1~3検体 ¥100,000 上記スケジュールをご確認ください。
4~10検体 ¥70,000
11~20検体 ¥68,000
マウス Mouse Genome 430 2.0 Array 1~3検体 ¥120,000 上記スケジュールをご確認ください。
4~20検体 ¥96,000
Clariom S Array, Mouse 1~3検体 ¥100,000 上記スケジュールをご確認ください。
4~10検体 ¥70,000
11~20検体 ¥68,000
・オンライン注文では、事務手続き、作業内容を簡便化することによって低価格対応しております。
 オンライン注文に関してはこちらからアクセスしてください。
・表記以外の生物種、アレイ種は別途お問い合せください。検体数、生物種、アレイ種、送付サンプル形態(total RNA, 細胞など)をご連絡ください。オンライン注文よりお問い合わせいただくことも可能です。

納品物

・作業報告書
・解析補足資料(PDFファイル)
・Rawデータ(ARR、CEL、CHPファイル)
・QCレポート

ご注文方法

オンライン注文でご依頼ください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
     また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入サンプル

※サンプルのご準備、発送にあたり下記手引きに詳細を記載しています。


  • total RNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。 横にスクロールできます
      サンプル量 濃度 液量(目安) 純度*2
    OD260/OD280 OD260/OD230 28S/18S
    total RNA*1 500 ng以上 50~300 ng/μl 12 μl以上 1.6以上 1.8以上
    *1  すでにpolyA RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
    *2  電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。

    • RNAサンプルはRNase free水に溶解し、1.5 mlチューブでご提供ください。PCRチューブ、8連チューブ、plateタイプでのご提供はご遠慮ください。
    • TEや界面活性剤、DEPCを使用すると、反応を阻害する場合がありますので、溶解の際には絶対に使用しないでください。
    • RNAサンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
      血液検体由来RNAを調製される際は、抗凝固剤にヘパリンを使用しないでください。
    • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

  • 送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
  • ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。品質に問題が無い場合は、メールによるRNA品質検定結果の報告は行いません。量・純度が次の作業に十分でない場合にはご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
GeneChipはサーモフィッシャーサイエンティフィック社の登録商標です。
タカラバイオはアフィメトリクス認定のサービスプロバイダーです。
Affymetrixサービスプロバイダー
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。