cDNA配列解析(de novo RNA-Seq)

非モデル生物の網羅的な遺伝子配列取得と発現定量解析

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特長

  • 次世代シーケンサーによる網羅的な遺伝子配列の取得と発現定量解析
  • ゲノム配列情報のない生物種でも発現差のある遺伝子の取得が可能
  • 遺伝子はスプライシングバリアントごとに区別して検出

概要

次世代シーケンサーを用いて、一度の解析で網羅的な遺伝子配列の取得と発現定量解析を行います。本サービスは、特にゲノム配列が未知でマイクロアレイ化されていない非モデル生物の遺伝子発現解析にも威力を発揮します。

サービス内容

サンプルのtotal RNAをご提供いただき、HiSeqを用いてシーケンスを取得します。得られたリード配列をアセンブルし遺伝子配列を構築します。遺伝子は、スプライシングバリアントごとに区別して取得することが可能です。遺伝子配列をリファレンスに、サンプルごとの遺伝子発現量を求め、相同検索によるアノテーション、及びGene Ontologyの情報を付与します。GO Termを用いることで、特定の機能を有する遺伝子、アミノ酸配列を確認することが可能です。
なお、原核ゲノム、ゲノムサイズが小さい生物種については、ゲノム配列解析によるドラフトゲノム配列決定・遺伝子予測がお勧めです。
  • 作業の流れ
    作業の流れ
  • 配列情報、発現量情報
    コンティグ配列情報、サンプル毎の発現量情報および各種アノテーション情報などをまとめたリストを納品いたします。
    配列情報、発現量情報

    さらに、コンティグや相同性検索結果の詳細情報を納品いたします。

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【オプションサービス】

  • 細胞・組織からのRNA調製
  • rRNA除去作業
    polyAの付与されていないRNAを解析する際に、totalRNAよりrRNAを予め除去します。
  • 微量RNA増幅作業

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 配列データ(コンティグ配列)
  • 解析データ一式(発現量情報ファイル、詳細情報ファイル)

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」
    ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • total RNAなど
  • 以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。 横にスクロールできます

    サンプル量 濃度 純度*2
    OD260/OD280 OD260/OD230 28S/18S
    total RNA*1 4 μg以上 200 ng/μl以上 1.6以上 2.0以上
    組織・細胞(オプション) 別途ご相談*3

    *1 ヒト・ラット・マウス以外の生物種については8 μg以上のtotal RNAをご準備いただく場合がございます。
    すでにpolyA+ RNAの状態でサンプルをご用意されている場合は、別途ご相談ください。
    *2 電気泳動にてrRNAの明瞭なバンドが検出され、分解していないことをあらかじめご確認ください。
    *3 送付サンプルの採取方法によっては良質なRNAが抽出できない場合がございます。

    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
    ・ご希望の作業に応じて、以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

ご留意事項

ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200TapeStationなどを用いて品質検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。