SNPタイピング（ビーズアレイ）

全ゲノムジェノタイピングやカスタムSNPジェノタイピング

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特長

  • ヒトのゲノムワイドなジェノタイピングとCNV解析（250万以上のマーカー搭載）に
  • 動植物SNPアレイをはじめ、カスタムSNPアレイでのターゲットSNPのタイピングが可能
  • ホルマリン固定パラフィン包埋組織（FFPE）サンプルからの解析も可能

概要

イルミナ社ビーズアレイを用いたSNP解析を行います。ゲノムワイドなSNPタイピングにより、CNV/LOH解析、アソシエーションスタディ、連鎖解析等を行うことにより、様々な疾患研究への応用が期待されます。
タカラバイオでは遺伝子工学に熟練した技術者と充実した設備により、精度の高いサービスを提供いたします。

解析対象ビーズアレイ

≪全ゲノムSNPジェノタイピングおよびCNV解析≫
ビーズアレイ種類 搭載
マーカー数		 概要
Asian Screening Array ＞650,000 ゲノムワイド関連解析（GWAS）研究に最適な、コストメリットが高いイルミナ社アレイ。日本人2,000人を含む約9,000人分のアジア人ゲノムデータを基に設計し、従来より高いインピュテーション精度を実現
HumanOmni5-Quad ＞4,300,000 HapMapプロジェクト、1000人ゲノムプロジェクトから得られた約430万のマーカーを搭載。マイナーアレル頻度1％までのSNPをターゲットとした最もゲノム網羅的な解析ツール
HumanExome ＞250,000 12,000以上のエクソーム、全ゲノムシーケンスより得られたエクソン上SNPを搭載したエクソームコンソーシアムとの共同デザイン製品
HumanOmni2.5-8 ＞2,300,000 1000人ゲノムプロジェクトのデータから得られたマイナーアレル頻度2.5％以上のコモンおよび希少SNPを選択し、多様な人種での解析に対応
HumanOmniExpress ＞715,000 1000人ゲノムプロジェクトによって解明されたタグSNPを搭載
HumanCore-12 v1.0 ＞240,000 24万以上の全ゲノムを対象とするtagSNP、2万のインデル、エクソームマーカーを搭載


≪フォーカスコンテント（カスタムSNP解析等）≫
-Infinium Assay-
・BovineHD BeadChip　 （ウシの777,000以上のSNP）
・BovineSNP50v2 BeadChip 　（ウシの54,000以上のSNP）
・CanineHD BeadChip　 （イヌの170,000以上のSNP）
・PorcineSNP60 BeadChip　 （ブタの62,000以上のSNP）
・OvineSNP50 BeadChip　 （ヒツジの54,000以上のSNP）
・MaizeSNP50 BeadChip　（トウモロコシの50,000以上のSNP）
・iSelect Custom Panel （カスタムビーズアレイ：3,000から200,000のカスタムマーカーが搭載可能）
※iSelect Custom Panelは、サンプルあたり3,000から20万のカスタムマーカーを搭載可能です。
その他ビーズアレイ種類、ビーズアレイ詳細についてはイルミナ社ホームページをご覧ください。

■チラシをご覧ください。
ゲノム変異解析サービス

サービス内容

ゲノムDNAをご送付いただき、イルミナ社の推奨する方法に従い、ターゲットの作製、ハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行い、GenomeStudio Data Analysisソフトウェアを用いた解析データを納品いたします。

価格・納期

お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 解析データ（記録メディア）
    GenomeStudio解析データ（ジェノタイピング結果txtファイル、CNVs解析結果txtファイル）
    Rawデータ（idat ファイル、sdfファイル、DMAPファイル）
解析データ例はこちらをご覧ください。

ご注文方法

・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。
  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがDNAの場合には－20℃の状態の冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • ゲノムDNA

    • 以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    		サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 2 μg以上 100 ng/μl以上 1.6以上
    • DNAサンプルは、標準的なDNA調製キットを用いて調製されたものが使用できます。Reduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0などに溶解の上、規定濃度以上に調製してください。
    • RNAの混入により反応阻害が生じる可能性があります。必ずRNase処理を実施したサンプルをご提供ください。
    • 48サンプル以上の場合は96ウェルプレートでご提供ください。プレートはハーフスカートプレートもしくはフルスカートプレートをご使用ください。
      ※推奨：Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates　Eppendorf社 Cat no. 0030128648

      （プレート例：クリックで拡大します）
    • DNAサンプルは、電気泳動（1％ゲル）にて10～20 kbに明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。電気泳動写真を依頼書に添付してください。
    • サンプル受領後に、二本鎖DNAの定量および電気泳動による濃度・純度等の確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いさせていただく場合があります。あらかじめご了承ください。

ご留意事項

・ ご送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
・ 本解析作業は研究目的のみです。得られた結果は診断目的には利用できません。
・ ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・ お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはイルミナ社認定のサービスプロバイダーです。
イルミナ社認定

SNPタイピング（ビーズアレイ）解析データ例

関連製品・受託

ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて
ヒト全ゲノムシーケンス／ヒトエクソーム解析
SNP検出用リアルタイムPCRプライマー・プローブ合成

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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