SNPタイピング（マイクロアレイ）

ハイスループットジェノタイピング

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特長

  • 日本人のために設計されたジャポニカアレイNEOに対応
  • アジア人対応アレイ、ヒト疾患指向性アレイ、家畜用アレイなど豊富な種類がラインナップ
  • 既存アレイに追加することや、カスタムアレイの対応も可能

概要

サーモフィッシャーサイエンティフィック社（旧アフィメトリクス社）Axiomアレイを用いたSNP解析を行います。96アレイを搭載したプレート単位で解析を行うことにより、ゲノムワイドなSNPタイピングをハイスループットに対応します。ゲノムワイド関連解析（genome-wide association study：GWAS）から原因変異の同定のためのカスタムSNPタイピングまで幅広くご利用いただけます。

解析対象Axiomアレイ

・ジャポニカアレイ
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom ジャポニカアレイ NEO ヒト 東北大学東北メディカル・メガバンク機構で設計された日本人向けSNPアレイであり、日本人に対して高性能なゲノムインピュテーションが可能
約3500人の日本人全ゲノム配列情報を基に設計された65万のtagSNPおよび疾患関連因子として日本人で報告または多型がある2.8万のプローブを搭載
※ジャポニカアレイ®は、国立大学法人東北大学の登録商標です。
ジャポニカアレイロゴ

疾患関連プローブ搭載数
関連疾患分類搭載数（概数）関連疾患分類搭載数（概数）関連疾患分類搭載数（概数）
精神神経系疾患5,500ミトコンドリア病60遺伝子性疾患900
循環器系疾患1,100泌尿器系疾患300薬剤代謝1,800
呼吸器系疾患2,000消化器系疾患400HLA6,700
代謝系疾患2,900産婦人科系200KIR500
免疫系疾患6,400悪性新生物（腫瘍）900　　
眼科疾患400　　　　


・Axiom Genome-Wide Human Array
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom Asia Precision Medicine Research Array Kit ヒト 1,000ゲノムプロジェクトで取得されたアジア人のゲノム情報を基に設計GWAS用プローブ54万、疾患関連プローブ20万、HLA/KIR関連プローブ1万等を含む。
カスタムで5万プローブを入れ替えることが可能
Axiom Precision Medicine Diversity Array Kit ヒト 遺伝性疾患、薬物動態関連遺伝子関連SNPが充実した疾患指向性SNPアレイ1,000ゲノムプロジェクトで取得された幅広い人種のゲノム情報を基に設計。
GWAS用プローブ80万、ACMG59 actionable SNPより1.5万、GWAScatalogより1.6万、Clinverより2.4万、ADME関連0.5万、HLA関連1.4万等を含む


・Axiom Genome-Wide Non-Human Array（その他の生物種）
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom Genome-Wide BOS1 Array Plate ウシ 肉牛、乳牛の10のウシ品種において限られたSNP数で最大の遺伝学的カバレージを得るため、独自のプロセスによりデザインされたアレイ
Axiom Genome-Wide Chicken Genotyping Array Plate ニワトリ ブロイラーや採卵用の鶏の複数の品種をカバーした、市販ではじめての鶏用ゲノムワイドジェノタイピングアレイ。アカデミックおよび家禽業界のリーダーによる共同研究によりデザイン
Axiom Buffalo Genotyping Array Plate
（ご注文は2セット以上から承ります）		 スイギュウ 複数の種にわたるWater BuffaloのSNPのゲノムワイドなカバレージを最大化されたアレイ
Axiom Maize Genotyping Array Plate
（ご注文は2セット以上から承ります）		 トウモロコシ Maize（Zea mays L.）の約60万SNPを搭載
Axiom Strawberry Genotyping Array Plate
（ご注文は2セット以上から承ります）		 イチゴ 8倍体であるイチゴのジェノタイピングを可能にした、初めてのアレイ
Axiom Salmon Genotyping Array Plate
（ご注文は2セット以上から承ります）		 サケ Atlantic salmonの約13万SNPを搭載
Axiom Wheat HD Genotyping Array Plate A&B
（2種類のアレイプレートで1セットの製品です）		 コムギ 2アレイ合計で、コムギの約817,000SNPを搭載


・Axiom カスタムパネル
Axiomアレイ種類 対象生物 概要
Axiom myDesign - 1,500から260万SNPまで、フレキシブルにデザイン。様々な生物種と多倍体に対応可能

アレイ詳細についてはサーモフィッシャーサイエンティフィック社ホームページをご覧ください。
■チラシをご覧ください。
SNPタイピング（Axiom Array）

サービス内容

ゲノムDNAをご送付いただき、サーモフィッシャーサイエンティフィック社の推奨する方法に従い、ターゲットの作製、全自動化装置*によるハイブリダイゼーション、スキャニングなどの一連の作業を行い、シグナルデータおよびタイピング結果をお返しいたします。解析にはサーモフィッシャーサイエンティフィック社が推奨する試薬・ソフトウェアを使用します。連鎖解析などの統計解析については、提携会社と協力してサポートいたします。
組織・細胞からのDNA抽出などのオプション作業も充実しております。

＊ サーモフィッシャーサイエンティフィック社GeneTitan MC Instrumentを使用します。96アレイプレートについて、ハイブリダイゼーション・洗浄・染色・スキャンまで完全自動化を実現したスループット装置です。

価格・納期

お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • 解析データ（記録メディア）
    　ジェノタイピング結果（txtファイル）
    　SNP結果の要約（txtファイル）
    　Rawデータ、QCデータ

ご注文方法

・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがDNAの場合には－20℃の状態の冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • ゲノムDNA
    • 以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

    		サンプル量 濃度 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    ゲノムDNA 1 μg以上 50 ng/μl以上 1.8以上 1.5以上
    細胞・組織（オプション） 別途ご相談
    • 96ウェルプレートでご提供ください。プレートはハーフスカートプレートもしくはフルスカートプレートをご使用ください。
      推奨：Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates　Eppendorf社　Cat.No. 0030128648

      （プレート例：クリックで拡大します）
    • DNAサンプルは、標準的なDNA調製キットを用いて調製されたものが使用できます。Reduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0などに溶解の上、規定濃度以上に調製してください。
    • RNAの混入により反応阻害が生じる可能性があります。必ずRNase処理を実施したサンプルをご提供ください。
    • DNAサンプルは、電気泳動（1％ゲル）にて10～20 kbに明瞭なバンドが検出され、分解がないことをご確認ください。電気泳動写真を依頼書に添付してください。
    • サンプル受領後に、二本鎖DNAの定量および電気泳動による濃度・純度等の確認を行います。その結果によっては、DNAサンプルの再送をお願いさせていただく場合があります。あらかじめご了承ください。

ご留意事項

・ ご送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
・ 本解析作業は研究目的のみです。得られた結果は診断目的には利用できません。
・ ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・ お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

関連製品・受託

ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて
ヒト全ゲノムシーケンス／ヒトエクソーム解析
SNP検出用リアルタイムPCRプライマー・プローブ合成

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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