新型コロナウイルスゲノム配列解析

新型コロナウイルスの配列を網羅的に解析

特長

  • ウイルスゲノム全長をマルチプレックスPCRで増幅
  • 次世代シーケンサーを用いて網羅的に配列を取得
  • ウイルス型判別ツールのマニュアルをご用意

概要

昨今世界中で猛威を振るっている新型コロナウイルス(SARS-CoV-2)は、ゲノム配列により複数の型に大別されることが知られています。タカラバイオでは、研究分野で培ってきた先端的な次世代シーケンサー解析の技術を活かし、PCR検査では同定できない新型コロナウイルスの型判別のための網羅的配列取得を行います。

サービス内容

提供いただいたRNAについて、国立感染症研究所実施のプロトコールに準拠したマルチプレックスPCR法1)によりウイルスゲノム領域を特異的に増幅し、次世代シーケンサーMiSeqを用いて、ウイルスゲノム全長に由来する配列を取得します。

  • 作業の流れ
    作業の流れ
    ※マッピング～変異解析はオプションとなります。

  • 情報解析
    本サービスから得られたシーケンス結果は、新型コロナウイルス解析用の専用サイトを利用することにより、無償にて配列決定が可能です。変異コールやアセンブリ等の各種ソフトウェアも充実しておりますので、お問合せください。
    変異コールによる配列決定：Cutadaptソフトウェアを用いてアダプター配列および低品質なリードの除去を実施した後に、BWAソフトウェアにより参照配列（NM908947）にアラインメントを行います。その後、SAMtoolsのmpileupを使用して、参照配列と異なる塩基変異候補を検出します2)3)。その他、アセンブリ法での解析方法4)も紹介されております。

参考文献
  1. A proposal of an alternative primer for the ARTIC Network’s multiplex PCR to improve coverage of SARS-CoV-2 genome sequencing.
    Kentaro Itokawa, Tsuyoshi Sekizuka, Masanori Hashino, Rina Tanaka, Makoto Kuroda. bioRxiv 2020 March 10.
  2. Genomic Epidemiology of SARS-CoV-2 in Guangdong Province, China.
    Jing Lu et al. Cell 2020 May 28;181(5):997-1003.e9.
  3. An amplicon-based sequencing framework for accurately measuring intrahost virus diversity using PrimalSeq and iVar.
    Nathan D Grubaugh et al. Genome Biol. 2019 Jan 8;20(1):8.
  4. Viral and host factors related to the clinical outcome of COVID-19.
    Xiaonan Zhang et al. Nature 2020 Jul;583(7816):437-440.

価格・納期

お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
    　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付下さい。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

  • 【検体送付時の注意事項】　※必ずご確認ください！
    ① 事前に発送日をお知らせください。
    ② 検体の1次容器、2次容器は下記手順で消毒してください。
    　消毒液（消毒用エタノール等）を十分に染み込ませたペーパータオル等で1次容器を拭き取った後、2次容器に封入ください。
    ③ 2次容器内に本情報提供用紙及び依頼書を同梱してください。
    ※ ご依頼者様と送付伝票記載の発送元が異なる場合、情報提供用紙記載のご依頼者様のお名前、弊社見積書番号など、本解析の依頼であることが確認できる内容を品名欄に追記ください。

受入サンプル

  • RNAサンプル　10 ng/μl以上のものを10 μl以上

ご留意事項

  • 本サービスは研究目的として作業を行い、検査目的で実施するものではありません。
  • 送付サンプルに起因するシグナル検出不能の場合は、責任を負いかねますのであらかじめご了承ください。
  • ヒト生体試料の解析にあたり、インフォームド・コンセントを受けたものであること、個人情報が特定できないよう匿名化されているものに限らせていただきます。
    詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。