プラスミドシーケンス解析

ロングリードシーケンサーによる環状プラスミドDNAの全長配列決定

特長

  • 300 kbまでの環状プラスミドDNAの全長シーケンスが可能
  • PCR増幅無しで、GCリッチやリピート配列も正確に解読
  • 専用パイプラインによりベクターマップを構築
  • 高カバレッジのコンセンサス配列から塩基置換や配列異常も確認可能

サービス内容

Oxford Nanopore Technologies（ONT）のロングリードシーケンサーを使用し、一度のシーケンスで環状プラスミドの全長配列を決定することができます。
従来のサンガーシーケンスのようなシーケンスプライマーやPCRによる増幅は不要で、クローニング遺伝子を含むプラスミドの全長配列が取得可能です。さらにEPI2MEアプリケーションを利用することで、de novoアセンブリによる高精度な環状プラスミド配列を構築することができます。

ONT社資料より


10 kb以上の長鎖マルチプレックスPCRを用いたロングリードシーケンス解析も可能です。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ（fastq）
  • アセンブル結果（EPI2ME解析結果、プラスミド構築配列、配列比較情報）

■納品物例
pLannotateによるアノテーション

プラスミドマップ
プラスミドマップ（納品物の例） プラスミドマップ（納品物の例）

アノテーション情報
アノテーション情報（納品物の例）

ご注文方法

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

受入検体

プラスミドDNA
以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。
横にスクロールできます
Plasmid Size DNA濃度*1 DNA量 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
Plasmid DNA 50 kbまで*2 10 ng/μl*3 20 μl 1.8以上 2.0～2.2
*1 二本鎖DNAを対象とした蛍光定量法での測定を推奨します。
*2 50～300 kbの場合、納品物の仕様が異なりますので、別途ご相談ください。
*3 弊社では受入DNAの品質検定は実施いたしません。10 ng/µlになるように濃度を調整して送付ください。溶媒はdH2O、Low-EDTA TE（pH8.0）でお願いします。

  • 界面活性剤、変性剤、キレート剤、高濃度の塩を効率的に除去する抽出Kitを選択ください。
  • NanoDropで測定する場合には、OD260
    /OD280が1.8以上、OD260
    /OD230が2.0～2.2が推奨値となります。
  • アガロース電気泳動またはパルスフィールドゲル等で想定サイズに明瞭なバンドがあることを送付前に確認ください。

プラスミド配列リスト（以下の情報を含むVCFまたはタブ区切りテキスト形式）
  • プラスミドサイズ（bp）
  • プライマー配列※
  • リファレンス全体配列※
  • インサート配列※
※任意となりますが、解析精度の向上や納品情報が豊富になります。

■送付容器について
  • ゲノムDNAサンプルは1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。

プライマー配列リストはファイル転送サービスもしくはクラウドストレージ経由でご送付ください。送付方法の詳細はご依頼時に相談ください。

ご留意事項

  • ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつ、お客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。
  • お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。