CASE 02 食品・発酵・フードテック：
当局申請を見据えて、保有菌株の機能的特徴や近縁株との比較による系統的位置づけを整理するための基礎情報を取得します。菌株ゲノムを構築し、ANI解析やGTDBによる分類確認、pangenome解析を通じて、近縁株との関係や遺伝子保有状況を評価します。
Keyword: probiotics、スターター菌、自社保有株、ANI解析、GTDB、pangenome解析
Garcia-Gonzalez, N., Bottacini, F., van Sinderen, D., Gahan, C. G. M., & Corsetti, A. (2022). Comparative genomics of Lactiplantibacillus plantarum: Insights into probiotic markers in strains isolated from the human gastrointestinal tract and fermented foods. Frontiers in Microbiology, 13, 854266.
解析の進め方
- de novoゲノム構築後、Prokkaなどによるアノテーション、FastANIを用いたANI解析、GTDB-Tkによる分類確認を実施します。
- pangenome解析などでcore/accessory/菌株特異的遺伝子クラスターの比較を行い、菌株の由来や特徴に関する基礎情報を取得します。
解決が期待される課題
- 保有菌株と近縁株との関係や菌株特異的な遺伝子候補を確認することで、菌株の特徴説明に必要な基礎情報を整理できます。
- スターター菌や有用菌株の選定、社内報告や申請資料に向けた情報整理に活用できます。
Keyword: probiotics、スターター菌、自社保有株、ANI解析、GTDB、pangenome解析
参考文献
食品由来・ヒト由来の有用菌株をゲノム比較し、機能性や安全性の候補情報を評価した実例です。Garcia-Gonzalez, N., Bottacini, F., van Sinderen, D., Gahan, C. G. M., & Corsetti, A. (2022). Comparative genomics of Lactiplantibacillus plantarum: Insights into probiotic markers in strains isolated from the human gastrointestinal tract and fermented foods. Frontiers in Microbiology, 13, 854266.
解析結果イメージ
ANIヒートマップ: 保有菌株と近縁株の類縁性や差異を比較するゲノム解析図の例
pangenome解析図: パンゲノム解析により、共通遺伝子群と菌株特異的遺伝子群を可視化する図の例
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