制限酵素Genome DNA Analysis Grade

ゲノムの制限酵素処理に
Genome DNA Analysis

QC用Genome DNA一覧表・完全分解必要酵素量一覧表

各種Genome DNAを制限酵素で切断し、そのGenome DNAを解析する場合、その解析に適した制限酵素はGenome DNAの種類によって多種多様である。タカラバイオでは、各種Genome DNAの解析に適している制限酵素を選定し、その酵素で各Lotごとに適当なBacterial Genome DNA（Agarose embedded、0.5 μg DNA/50 μl Gel）に対して、20～150 Uの制限酵素を加えて24時間反応させ、その後パルスフィールド電気泳動を行い、DNA泳動パターンに乱れがないことを確認している。また、QC用Bacterial Genome DNAの完全分解に必要な酵素量を求めた。各酵素について、5、10、20、50 Uの酵素を5時間および20時間反応させ、それぞれの酵素の必要最小量を測定した。

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QC用Genome DNA一覧表 完全分解必要酵素量一覧表
制限酵素名 認識配列*1 QC用Genome DNA 反応液*2 反応温度（℃） 完全分解に必要な酵素(U)
5時間反応 20時間反応
Aat II GACGTC Staphylococcus aureus T＋BSA 37 50 5
Aor51H I AGCGCT Staphylococcus aureus M 37 50 20
Bgl I GCCNNNNNGGC Staphylococcus aureus Basal 37 10 5
Bln I CCTAGG Escherichia coli K 37 5 5
BspT104 I TTCGAA Arthrobacter luteus L 37 40 5
BssH II GCGCGC Staphylococcus aureus M 50 5 5
Bst 1107 I GTATAC Arthrobacter luteus K 37 5 5
Cla I ATCGAT Arthrobacter luteus M 30 50 20
Cpo I CGGWCCG Staphylococcus aureus K 30 5 5
Dra I TTTAAA Pseudomonas aeruginosa M 37 100*3 100*3
Eco 52 I CGGCCG Staphylococcus aureus Basal 37 10 5
Mlu I ACGCGT Staphylococcus aureus H 37 5 5
Mun I CAATTG Arthrobacter luteus M＋BSA 37 5 5
Nae I GCCGGC Staphylococcus aureus L 37 50 50
Nhe I GCTAGC Arthrobacter luteus M 37 50 20
Not I GCGGCCGC Escherichia coli H＋BSA＋Triton 37 5 5
Nru I TCGCGA Staphylococcus aureus Basal 37 50 5
Nsb I TGCGCA Arthrobacter luteus T＋BSA 37 5 5
PshB I ATTAAT Pseudomonas aeruginosa Basal 37 5 5
Psp 1406 I AACGTT Arthrobacter luteus T＋BSA 37 5 5
Pvu I CGATCG Flavobacterium okeanokoites K＋BSA 37 50 5
Sac II CCGCGG Staphylococcus aureus T＋BSA 37 10 5
Sal I GTCGAC Staphylococcus aureus H 37 150 50
Sfi I GGCCNNNNNGGCC Escherichia coli M 50 100 50
Sma I CCCGGG Staphylococcus aureus T＋BSA 30 5 5
SnaB I TACGTA Arthrobacter luteus Basal 37 10 10
Spe I ACTAGT Escherichia coli M 37 50 20
Sse8387 I CCTGCAGG Staphylococcus aureus M＋BSA 37 5 5
Ssp I AATATT Arthrobacter luteus Basal 37 5 5
Smi I ATTTAAAT Escherichia coli H 30 50 5
Xba I TCTAGA Escherichia coli M＋BSA 37 50 30
Xho I CTCGAG Escherichia coli H 37 50 30

*1　W：A or T、N：A or C or G or T
*2　0.5 μg DNA/50 μl Gel ＋ 100 μl反応液
*3　Dra I は、Agarose Gel中では、反応がきわめて進行しにくい。そこで、まず適当量を添加し、4℃で16時間放置する。その後、37℃に移し、5時間あるいは20時間反応を行った。

Protocols

TaKaRa's QC Protocol
　（制限酵素Genome DNA Analysis Grade）

Application

各種Bacterial Genome DNA Digestion Pattern代表例
完全分解必要酵素量代表例
GenBank® 登録各種DNA認識部位数一覧表

参考文献

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