製品説明
イルミナ社次世代シーケンス解析で質の高いデータを得るには適切な量のライブラリーDNAを用いることが不可欠である。使用するライブラリーDNAの量が不十分だとクラスター密度が低くなり、得られるシーケンスデータ量が少なくなる。ライブラリーDNAの量が多すぎるとクラスター密度が高くなり、得られるデータの質が下がる。電気泳動や分光光度測定に基づく一般的なNGSライブラリー定量方法は感度が低く、アダプターが付加された配列だけを特異的に測定することができない。また、多くの場合、定量には大量のライブラリーサンプルが必要となる。
Library Quantification Kitは、qPCR法に基づいて、イルミナ社NGS反応に使用されているアダプター配列を特異的に検出する高感度なライブラリーDNA定量キットである。本製品は、ライブラリー中にアダプターが付加されていないDNA分子が混じっている場合も、特異的にライブラリー濃度を測定することができる。また、ライブラリー作製の過程で、アダプターライゲーションの確認に利用することも可能である。
本製品はTB Greenを用いたqPCR法のキットで、増幅した二本鎖DNA量に応じてTB Greenの蛍光が検出される。本製品には濃度既知の検量線作成用のスタンダードDNAが含まれており、ライブラリーDNAの絶対定量を行うことが可能である。また、スタンダードDNA(DNA Standards for Library Quantification、製品コード 638325)のみの販売も行っている。
図1.様々なGC含量および鎖長のDNAをターゲットとした場合のqPCR効率
クロンテックのLibrary Quantification Kitに含まれるTerra qPCR Direct TB Green Premix、ならびに他社同タイプキットのqPCR試薬を用いて、様々なGC含量および鎖長を持つDNAをターゲットとした反応を行った。各キットに含まれているスタンダードDNAのqPCR効率を100%として、それぞれのqPCR効率を示した。
他社同タイプキットのqPCR試薬では、GC含量の変動や鎖長が長くなるのに伴いqPCR効率の低下がみられたが、Terra qPCR試薬の効率はほぼ一定であり、ターゲットの種類によるqPCRのバイアスが少ないことが示された。
内容
Library Quantification Kit(製品コード 638324)
- Terra qPCR Direct TB Green Premix
2X Terra qPCR Direct TB Green Premix | 1 ml×5 |
ROX Reference Dye LSR(50X) | 200 μl |
ROX Reference Dye LMP(50X) | 200 μl |
- Primer Mix Kit
5X Primer Mix | 1 ml×2 |
EASY Dilution Buffer | 1 ml×3 |
RNase-Free Water | 1 ml×3 |
- DNA Standards for Library Quantification(製品コード 638325)
DNA Standard(10 pM) | 50 μl×2 |
DNA Standard(1 pM) | 50 μl×2 |
DNA Standard(0.1 pM) | 50 μl×2 |
DNA Standard(0.01 pM) | 50 μl×2 |
反応を確認しているリアルタイムPCR装置
- Thermal Cycler Dice Real Time Systemシリーズ(製品コード TP950/TP980ほか)
- LightCycler(キャピラリータイプ)(Roche Diagnostics社)
- Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System
Applied Biosystems StepOnePlus Real-Time PCR System(以上、Thermo Fisher Scientific社)
※その他の装置についてはお問い合わせください。
保存
Terra qPCR Direct TB Green Premix:-70℃(融解後は4℃で6ヵ月保存可能)
その他:-20℃