微量RNAサンプルからのribosomal RNA除去が可能
- ヒト、マウス、ラットtotal RNAからのリボソームRNA（rRNA）やミトコンドリアRNAの除去に
- 次世代シーケンス用RNAサンプルの前処理に最適
- 微量total RNA（10～100 ng）からrRNAを効率的に除去（除去率95％以上）
- FFPEサンプルなど分解RNAにも使用可能
- random primerを用いたcDNA合成キットとの組み合わせを推奨
製品説明
RiboGone-Mammalianは、ヒト、マウス、ラットのtotal RNA（10～100 ng）からリボソームRNA（rRNA）とミトコンドリアRNA（mtRNA）を特異的に除去するキットである。RiboGone技術は、ハイブリダイゼーションとRNase Hによる分解に基づいており、5S、5.8S、18S、28S rRNAと12S mtRNA配列を特異的に除くことができる。
本製品は、次世代シーケンス（RNA-Seq、トランスクリプトーム解析）用RNAサンプル調製の前処理に適している。特に、random primerを用いるSMARTer Stranded RNA-Seq KitやSMARTer Universal Low Input RNA Kit for Sequencingなどの次世代シーケンス用cDNA調製キットと組み合わせて使用することを推奨する。
本製品で処理したRNAを用いた解析では、rRNA配列の出現率は全配列リード数の1～5％以下である。
FFPEサンプルなどの分解が進んだRNAサンプルも用いることができる。
本製品は、次世代シーケンス（RNA-Seq、トランスクリプトーム解析）用RNAサンプル調製の前処理に適している。特に、random primerを用いるSMARTer Stranded RNA-Seq KitやSMARTer Universal Low Input RNA Kit for Sequencingなどの次世代シーケンス用cDNA調製キットと組み合わせて使用することを推奨する。
本製品で処理したRNAを用いた解析では、rRNA配列の出現率は全配列リード数の1～5％以下である。
FFPEサンプルなどの分解が進んだRNAサンプルも用いることができる。
プロトコルの概要
表1．RiboGone-MammalianのrRNA除去効果
RiboGone-Mammalianを用いてHuman Universal Reference RNA（HURR；Agilent）、Human Brain Reference RNA（HBRR；Ambion）各10 ngからrRNAを除去後、SMARTer Stranded RNA-Seq KitでcDNA調製し、次世代シーケンスによるマッピングを実施した。RiboGone-Mammalianを使うことで、微量RNAサンプルから効率よくrRNAを除去できることが示された。
図1. RiboGone-Mammalian処理したRNAのRNA-SeqデータとMAQC qPCRデータの相関性
RiboGone-MammalianでrRNAを除去したRNAのRNA-Seqデータと、同じreference RNAを使用したMAQC（MicroArray Quality Control）qPCRデータとの相関性を調べた。RNA-SeqとMAQC qPCRのデータは高い相関性（R＝0.860）を示しており、RiboGone-MammalianによるrRNA除去はrRNA以外の遺伝子のRNA-Seqデータに影響を与えないことが示された。
内容
RiboGone-Mammalian 6回（製品コード 634846）
| ・5X RiboGone Hyb Buffer | 6 μl |
| ・RNase H（5 U/μl） | 6 μl |
| ・DNase I（5 U/μl） | 24 μl |
| ・RNase Inhibitor（40 U/μl） | 24 μl |
| ・Nuclease-Free Water | 84 μl |
| ・RiboGone Purification Buffer | 300 μl |
キット以外に必要なもの（主なもの）
・Agencourt AMPure PCR Purification Kit（Beckman Coulter社 5 ml 製品コード A63880；60 ml 製品コード A63881）
・Magnetic separation device for 0.2ml PCR tube（製品マニュアル参照）
・80％ エタノール
・Magnetic separation device for 0.2ml PCR tube（製品マニュアル参照）
・80％ エタノール
保存
－20℃
用途
次世代シーケンス解析のためのtotal RNAからのrRNA除去
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