RiboGone™-Mammalian

RiboGone-Mammalianは、ヒト、マウス、ラットのtotal RNA（10～100 ng）からリボソームRNA（rRNA）とミトコンドリアRNA（mtRNA）を特異的に除去するキットである。RiboGone技術は、ハイブリダイゼーションとRNase Hによる分解に基づいており、5S、5.8S、18S、28S rRNAと12S mtRNA配列を特異的に除くことができる。
本製品は、次世代シーケンス（RNA-Seq、トランスクリプトーム解析）用RNAサンプル調製の前処理に適している。特に、random primerを用いるSMARTer Stranded RNA-Seq KitやSMARTer Universal Low Input RNA Kit for Sequencingなどの次世代シーケンス用cDNA調製キットと組み合わせて使用することを推奨する。
本製品で処理したRNAを用いた解析では、rRNA配列の出現率は全配列リード数の1～5％以下である。
FFPEサンプルなどの分解が進んだRNAサンプルも用いることができる。

表1．RiboGone-MammalianのrRNA除去効果

RiboGone-Mammalianを用いてHuman Universal Reference RNA（HURR；Agilent）、Human Brain Reference RNA（HBRR；Ambion）各10 ngからrRNAを除去後、SMARTer Stranded RNA-Seq KitでcDNA調製し、次世代シーケンスによるマッピングを実施した。RiboGone-Mammalianを使うことで、微量RNAサンプルから効率よくrRNAを除去できることが示された。


図1. RiboGone-Mammalian処理したRNAのRNA-SeqデータとMAQC qPCRデータの相関性

RiboGone-MammalianでrRNAを除去したRNAのRNA-Seqデータと、同じreference RNAを使用したMAQC（MicroArray Quality Control）qPCRデータとの相関性を調べた。RNA-SeqとMAQC qPCRのデータは高い相関性（R＝0.860）を示しており、RiboGone-MammalianによるrRNA除去はrRNA以外の遺伝子のRNA-Seqデータに影響を与えないことが示された。

RiboGone-Mammalian　6回（製品コード 634846）

・5X RiboGone Hyb Buffer	6 μl
・RNase H（5 U/μl）	6 μl
・DNase I（5 U/μl）	24 μl
・RNase Inhibitor（40 U/μl）	24 μl
・Nuclease-Free Water	84 μl
・RiboGone Purification Buffer	300 μl

・Agencourt AMPure PCR Purification Kit（Beckman Coulter社　5 ml 製品コード A63880；60 ml 製品コード A63881）
・Magnetic separation device for 0.2ml PCR tube（製品マニュアル参照）
・80％ エタノール

－20℃

次世代シーケンス解析のためのtotal RNAからのrRNA除去