NucleoMag^® DNA Microbiome

NucleoMag DNA Microbiomeは、土壌、糞便、バイオフィルムなどからDNAを精製するキットで、細菌叢分析などに使用できる。磁性ビーズを使用したキットであるため、自動化装置に組み込むことが容易で、ハイスループットでのDNA精製使用することができる。本製品にはサンプル破砕用の器材は含まれておらずTubeタイプのMN Bead Tubes Type Aまたは96ウェルプレートタイプのMN 96 bead Plate Type Aを選択して使用することができる。これらの破砕用ビーズの製品と組み合わせて使用することにより、均一で効率的なサンプル破砕を行うことができる。さらに、マッハライ・ナーゲル社の独自の阻害剤除去テクノロジーにより、土壌や糞便サンプルからでもPCR阻害物質を効果的に除去することが可能である。NucleoMag DNA Microbiomeを使用することで、バイアスのかからない菌叢解析に最適なDNA精製を行うことができる。
NucleoMag DNA Microbiomeの操作手順を動画で紹介しています。（マッハライ・ナーゲル社公式）

原理	磁性ビーズ法
形状	高反応性超磁性ビーズ
操作	手動または自動化装置
サンプル	糞便、土壌、バイオフィルム(スワブまたはフィルター）
サンプル量	50～200 mg
回収量	サンプルの種類や品質に依存
溶出液量	50～100 μl
精製時間	40～120分／96サンプル（使用する装置に依存） 30分（KingFisher Flex使用時）（溶解ステップは除く）
理論上の結合容量	0.4 μg/μl ビーズ

土壌サンプルからのDNAの効率的なDNAの分離
各種の土壌サンプルをMN Bead Tubes Type Aを用いて物理的方法により破砕し、得られたライセートからNucleoMag DNA Microbiome（MN）または他社キット（O）を使用してDNAの精製を行った。精製DNAの吸光度を測定して、DNA収量と純度を検証するとともに、DNA溶出液を1/10希釈し、16S rRNA遺伝子のqPCRに使用した。NucleoMag DNA Microbiomeを用いて精製した場合、すべての土壌サンプルからのDNA収量、純度、qPCRパフォーマンスが他社キットより優れていた。

糞便サンプルからのDNAの効率的な分離
さまざまな動物（ウサギ、ヒツジ、ニワトリ、ラット）の糞便サンプルを、MN Bead Tubes Type Aを用いて物理的方法により破砕し、得られたライセートからNucleoMag DNA Microbiome（MN）または他社キット（Q）を用いてDNAの精製を行った。精製DNAの吸光度を測定して、DNA収量と純度を検証するとともに、DNA溶出液を16S rRNA遺伝子のqPCRに使用した。 NucleoMag DNA Microbiomeを用いて得られたDNA溶出液は、他社キットに比べてすべての種類の糞便サンプルに対して優れた純度を示し、収量についてはヒツジ糞便サンプルを除いて高かった。 qPCRのパフォーマンスは、他社キットに比べ同等で、ニワトリ糞便サンプルでは優れていた。

バイオフィルムサンプル中の細菌の分析
フラワーポット、台所のシンク、バスルームのシンク、食器洗い機のゴム製シールなどの表面からバイオフィルムサンプルを収集した。それらのサンプルをMN Bead Tubes Type Aを用いて物理的方法により破砕した。得られたライセートからNucleoMag DNA Microbiome（MN）または他社キット（Q）を用いてDNAの精製を行った。DNA溶出液を用いて16S rRNA遺伝子のqPCRを行ったところ、すべてのサンプルでほぼ同様の結果が得られた。NucleoMag DNA Microbiomeを使用することで各種バイオフィルムからも、問題なくDNA精製を行うことが示された。

・NucleoMag B-Beads
・Lysis Buffer MI1
・Enhancer SX
・Precipitation Buffer MIc
・Binding Buffer MI2
・Wash Buffer MI3
・Wash Buffer MI4
・Elution Buffer MI56

Buffer MI2：到着後4℃保存
その他：室温

NucleoMagはマッハライ・ナーゲル社の、KingFisherはThermo Fisher Scientific社の登録商標です。