SMART-Seq^® Pro Application Kit - 2 Chip（cxシステム用）

遺伝子の全長配列を得ることは、遺伝子発現差解析だけでなく融合遺伝子解析や選択的スプライシングなどの様々な解析を可能にする。本製品はSMART-Seq Pro技術を採用しており、自動化シングルセルRNA-Seq解析としては、これまでで最高の遺伝子検出感度を実現している。本製品とICELL8 cxシステム、および最適化された専用情報解析ツールを組み合わせることで、1回の解析で1,200～1,500個のシングルセルからの全長トランスクリプトームのプロファイリングを極めて効率的に行うことができる。

ICELL8 cxシステムを用いて、5,184個のナノウェルが搭載されたICELL8 Chipに細胞サンプルを分注した後、専用のCellSelectソフトウェアを用いて生きたシングルセルを含むウェルを選択する。選択したウェルのみにRT-PCR試薬を分注し、ICELL8 ChipをChip Cycler（ICELL8システムに含まれる）に移し、ICELL8 Chip上でOne step RT-PCRにより完全長cDNAを合成する。完全長cDNAはオンチップでBLT（Illumina社より別途購入が必要）によりタグメンテーションされる。その後、SMART-Seq Pro Indexing Primer Set - Aを用いて標識されたcDNAを増幅できる。全長の増幅産物はオフチップにてプールされ、精製されたcDNAを増幅して、イルミナ社NGS装置用の高品質なライブラリーを得ることができる。
RNA-Seq後の出力データは、Cogent NGSソフトウェアに直接インポートして情報解析を行うことが可能である。

SMART-Seq Pro Application Kit - 2 Chipは、2回のRNA-Seq解析を行うために必要なSingle-Cell 350v Chip、試薬、Index Primer Set、その他消耗品が含まれたキットである。
詳細は【内容】をご確認ください。

情報解析のためのCogent NGS Analysis PipelineおよびCogent NGS Discovery SoftwareはTakara Bio USAのウェブサイトから無料でダウンロードできます。

図1. SMART-Seq Pro KitまたはSmart-Seq2 (SS2)を用いたPBMCサンプルからの遺伝子検出数の比較
SMART-Seq Pro KitまたはSS2を用いてヒトPBMCサンプルよりシングルセルRNA-Seqを行い、各手法での遺伝子検出数を比較した。SS2を用いた場合（赤色）の中央値が1,747であるのに対して、SMART-Seq Pro Kitを用いた場合（青色）の中央値は3,195であり、より多くの遺伝子が同定できた。


図2. ヒトPBMCサンプルでのProtein Tyrosine Phosphatase Receptor Type C (PTPRC)遺伝子のアイソフォームPTPRC-201およびPTPRC-209の検出例
Panel A：シングルセルRNA-Seqデータを元にしたPTPRC-201およびPTPRC-209アイソフォームを含む細胞クラスターを示すUMAPプロット（DemultiplexingにはCogentAPを使用し、UMAPクラスタリング解析にはCogentDSを使用した）。クラスター1（赤色で示す）とクラスター5（灰色で示す）は、それぞれPTPRC-201とPTPRC-209が豊富なクラスターを示す。
Panel BおよびC：バイオリンプロットは、各UMAPクラスターの細胞全体での転写産物発現の全体的な分布と密度を示す。PTPRC-201は、クラスター1でより高い転写産物の発現を示し、クラスター5でより低い発現を示したが、PTPRC-209は反対の傾向を示した。
Panel DおよびE：CogentDSのUMAPオーバーレイ機能を用いて、PTPRC-201（D）およびPTPRC-209アイソフォーム（E）のプロファイルに一致するセルを強調表示した。

本ウェビナーでは、新規バイオマーカー探索の点からSMART-Seq Proキットを用いたシングルセル全長トランスクリプトーム解析の重要性について解説しています。下記リンクからご覧ください。

SMART-Seq Pro Application Kit - 2 Chip（製品コード 640257）

SMART-Seq Pro Reagent Kit	1 Kit
SMART-Seq Pro Indexing Primer Set - A（製品コード 640258）	1 Set
SMART-Seq Pro Indexing Primer Set - B（製品コード 640260）	1 Set
Single-Cell 350v Chip（製品コード 640019）	2 Chip
Single-Cell Loading Kit（製品コード 640206）	2 Kit
Single-Cell Collection Kit（製品コード 640212）	2 Kit

SMART-Seq Pro Reagent Kit

Box 1	Control K-562 RNA (1 μg/μl)
Box 2	Second Diluent (100×) BSA (1％) RNase Inhibitor (40 U/µl) SMART-Seq Pro CDS (100 µM) SMART-Seq Pro Oligonucleotide (100 µM) SMART-Seq Pro RT Buffer SMART-Seq Pro Lysis Buffer SMARTScribe Reverse Transcriptase (200 U/µl) SMART-Seq Pro PCR 1 Buffer Terra PCR Direct Polymerase Mix (1.25 U/µl) MgCl2 SeqAmp CB PCR Buffer (2×) 5×Primer Mix Elution Buffer (10 mM) Nuclease-Free Water SMART-Seq Pro Index Resuspension Buffer
Box 3	SMART-Seq Pro Tagmentation Buffer

SMART-Seq Pro Indexing Primer Set - A（製品コード 640258）

384ウェルプレート（72種類のForwardおよびReverse Indexing Primerの分注済み凍結乾燥品）

SMART-Seq Pro Indexing Primer Set - B（製品コード 640260）

384ウェルプレート（72種類のForwardおよびReverse Indexing Primerの分注済み凍結乾燥品）

Single-Cell Loading Kit（製品コード 640206）

Optical Imaging Film
RC Film
Blotting Paper

Single-Cell Collection Kit（製品コード 640212）

Collection Fixture-L
Collection Tube（2.0 ml）
Collection Film