長時間反応における活性量は制限酵素の種類によりさまざまである。そこで、それぞれの酵素について、活性測定用DNA1 μgを完全分解させるのに必要な酵素量を検討した。この表はTaKaRa活性測定条件で0.13、0.25、0.50、1.00 Uの酵素を16時間反応させ、完全分解に至った最小酵素量を示している。
| 制限酵素 | 完全分解必要酵素量(U) |
| Aat II | 0.50 |
| Acc I | 0.25 |
| Acc II | 0.13 |
| Acc III | 0.13 |
| Afa I | 0.25 |
| Afl II | 0.13 |
| Alu I | 0.13 |
| Aor13H I | 0.13 |
| Aor51H I | 0.13 |
| Apa I | 0.25 |
| ApaL I | 0.13 |
| Bal I | 0.13 |
| BamH I | 0.50 |
| Ban II | 0.50 |
| BciT130 I | 0.25 |
| Bcn I | 0.50 |
| Bgl I | 0.25 |
| Bgl II | 0.50 |
| Bln I | 0.13 |
| BmeT110 I | 0.50 |
| Bpu1102 I | 0.13 |
| BspT104 I | 0.50 |
| BspT107 I | 0.13 |
| Bsp1286 I | 0.25 |
| Bsp1407 I | 0.13 |
| BssH II | 0.13 |
| BstP I | 0.13 |
| BstX I | 0.25 |
| Cfr10 I | 0.13 |
| Cla I | 0.13 |
| Cpo I | 0.50 |
| 制限酵素 | 完全分解必要酵素量(U) |
| Dde I | 0.13 |
| Dra I | 0.13 |
| Eae I | 1.00 |
| EcoO65 I | 0.25 |
| EcoO109 I | 0.13 |
| EcoR I | 0.50 |
| EcoR V | 0.13 |
| EcoT14 I | 0.50 |
| EcoT22 I | 0.50 |
| Eco52 I | 0.25 |
| Eco81 I | 0.25 |
| Fba I | 0.13 |
| Fok I | 0.50 |
| Hae II | 0.50 |
| Hae III | 0.13 |
| Hap II | 0.13 |
| Hha I | 0.13 |
| Hinc II | 0.50 |
| Hind III | 0.50 |
| Hinf I | 0.25 |
| Hpa I | 0.25 |
| Kpn I | 0.50 |
| Mbo I | 0.13 |
| Mbo II | 0.50 |
| Mfl I | 0.13 |
| Mlu I | 0.25 |
| Msp I | 0.13 |
| Mun I | 0.13 |
| Nae I | 0.50 |
| Nco I | 0.13 |
| 制限酵素 | 完全分解必要酵素量(U) |
| Nde I | 0.50 |
| Nhe I | 0.13 |
| Not I | 0.13 |
| Nru I | 0.13 |
| PmaC I | 0.50 |
| Psp1406 I | 0.25 |
| Pst I | 0.50 |
| Pvu I | 0.13 |
| Pvu II | 0.13 |
| RspRS II | 0.13 |
| Sac II | 0.13 |
| Sac I | 0.50 |
| Sac II | 0.13 |
| Sal I | 0.13 |
| Sau3A I | 0.25 |
| Sca I | 1.00 |
| Sfi I | 0.13 |
| Sma I | 0.25 |
| Smi I | 0.13 |
| SnaB I | 0.50 |
| Spe I | 0.13 |
| Sph I | 0.50 |
| Sse8387 I | 0.50 |
| Ssp I | 0.50 |
| Stu I | 0.50 |
| Taq I | 0.13 |
| Van91 I | 0.50 |
| VpaK11B I | 0.25 |
| Xba I | 0.13 |
| Xho I | 0.13 |
| Xsp I | 0.50 |