Ligation & Recuttingのための制限酵素一覧表

この一覧表は、制限酵素で切断したDNA断片と、そのままライゲーションし得る対合末端を生じる制限酵素を示したものである。また、ライゲーションによって生じた新しい配列を認識し得る制限酵素もあげている。ただし、認識配列中に非固定塩基（表外*）を４個以上持つ制限酵素（Bgl I、BstX I、Eam1105 I、Fok I、Mbo II、PshA I、Sfi I、Tth111 I、Van91 I）および対合末端形成とライゲーション後の配列認識がそれぞれ単一の制限酵素（Afl II、BspT107 I、BstP I〔EcoO65 I〕、Fse I、Hha I、Hinf I、SnaB I、SphI）は省略した。また、Mbo I、Msp IはそれぞれSau3A I、Hap IIで代用しており省略している。
平滑末端は、どのような平滑末端ともライゲーションできるが、ここではライゲーション後の配列を認識する酵素が存在するものについてのみ、記載した。AGCKG K ＝ T；Alu I、TGGNCC N ＝ W；Ava II等は、塩基配列中それぞれKがTのときのみAlu Iが、NがAまたはTのときAva IIが、その配列を認識し得ることを示す。

* R：A or G　　
Y：C or T　D：A or G or T
W：A or TH：A or C or T
S：G or C　　
K：G or TN：A or C or G or T
M：A or C　　

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制限酵素 認識配列* 切断後の
末端構造*		 対合末端を生じる
制限酵素		 対合末端との
ライゲーション後の配列*		 ライゲーション後の配列を
認識する制限酵素
Aat II GACGT↓C 
GACGT3'
C    5'
 Aat II GACGTC Aat II, Hin1 I
Acc I GT↓MKAC 
GT  3'
CATC5'
 Acc I GTAGAC Acc I
GT  3'
CATA5'
 Acc I GTATAC Acc I, Bst1107 I
GT  3'
CAGC5'
 Acc I GTCGAC Acc I, Hinc II, Sal I, Taq I
BspT104 I, Cla I, Taq I GTCGA Taq I
Hap II GTCGG -
Hin1 I GTCGYC -
GT  3'
CAGA5'
 Acc I GTCTAC Acc I
Acc II CG↓CG CG3'
GC5'		 Acc II, Nru I CGCG Acc II
Bst1107 I CGTAC Afa I
EcoR V CGATC Sau3A I
Acc III T↓CCGGA 
T    3'

AGGCC5'
 Acc III, Aor13H I TCCGGA Acc III, Aor13H I, Hap II
Ava I, BmeT110 I TCCGGG Bcn I, Hap II
Cfr10 I TCCGGY Hap II
Afa I GT↓AC GT3'
CA5'		 Afa I, Sca I GTAC Afa I
Nru I CTCGA Taq I
Afl II C↓TTAAG 
C    3'
GAATT5'
 Afl II CTTAAG Afl II, RspRS II
Alu I AG↓CT AG3'
TC5'		 Alu I, Pvu II AGCT Alu I
Bst1107 I AGTAC Afa I
EcoR V AGATC Sau3A I
Aor13H I T↓CCGGA 
T    3'
AGGCC5'
 Acc III, Aor13H I TCCGGA Acc III, Aor13H I, Hap II
Ava I, BmeT110 I TCCGGG Bcn I, Hap II
Cfr10 I TCCGGY Hap II
Aor51H I AGC↓GCT AGC3'
TCG5'		 Aor51H I AGCGCT Aor51H I, Hae II, Hha I
Avi II AGCGCA Hha I
Bst1107 I AGCTAC Alu I
Apa I GGGCC↓C 
GGGCC3'
C    5'
 Apa I, Ban II, Bsp1286 I GGGCCC Apa I, Ban II, BmgT120 I, Bsp1286 I, Cfr13 I, Hae III
ApaL I G↓TGCAC 
G    3'
CACGT5'
 ApaL I GTGCAC ApaL I, Bsp1286 I
Bal I TGG↓CCA TGG3'
ACC5'		 Bal I TGGCCA Bal I, Eae I, Hae III
Bst1107 I TGGTAC Afa I
EcoR V TGGATC Sau3A I
Hae III, Stu I TGGCC Hae III
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制限酵素 認識配列* 切断後の
末端構造*		 対合末端を生じる
制限酵素		 対合末端との
ライゲーション後の配列*		 ライゲーション後の配列を
認識する制限酵素
BamH I G↓GATCC 
G    3'
CCTAG5'
 BamH I GGATCC BamH I, Mfl I, Sau3A I
Bgl II GGATCT Mfl I, Sau3A I
Fba I, Sau3A I GGATC Sau3A I
Mfl I GGATCY Mfl I, Sau3A I,
Y=C:BamH I
Ban II GRGCY↓C 
GAGCT3'
C    5'
 Ban II, Bsp1286 I, Sac I GAGCTC Alu I, Apa I, Ban II, Bsp1286 I, Sac I 
GGGCC3'
C    5'
 Apa I, Ban II, Bsp1286 I GGGCCC Apa I, Ban II, BmgT120 I, Bsp1286 I, Cfr13 I, Hae III
Bcn I CC↓SGG 
CC 3'
GGG5'
 Bcn I CCCGG Bcn I, Hap II
Tth111 I CCCNGTC N=G:Bcn I, Hap II 
CC 3'
GGC5'
 Bcn I CCGGG Bcn I, Hap II
Tth111 I CCGNGTC N=A:Hinf I
N=C:Acc II
N=G:Bcn I, Hap II
Bgl II A↓GATCT 
A    3'
TCTAG5'
 BamH I AGATCC Mfl I, Sau3A I
Bgl II AGATCT Bgl II, Mfl I, Sau3A I
Fba I, Sau3A I AGATC Sau3A I
Mfl I AGATCY Mfl I, Sau3A I
Y=T:Bgl II
Bln I C↓CTAGG 
C    3'
GGATC5'
 Bln I, EcoT14 I CCTAGG Bln I, EcoT14 I
Nhe I, Spe I, Xba I CCTAG -
BmeT110 I C↓YCGRG 
C    3'
GGGCT5'
 Ava I, BmeT110 I CCCGAG Ava I, BmeT110 I
C    3'
GGGCC5'
 Acc III, Aor13H I, Cfr10 I CCCGGH Bcn I, Hap II
Ava I, BmeT110 I CCCGGG Ava I, BmeT110 I, Bcn I, Hap II, Sma I
C    3'
GAGCT5'
 Ava I, BmeT110 I, Xho I CTCGAG Ava I, BmeT110 I, Taq I, Xho I
Sal I CTCGAC Taq I
C    3'
GAGCC5'
 Ava I, BmeT110 I CTCGGG Ava I, BmeT110 I
Bpu1102 I GC↓TNAGC 
GC   3'
CGANT5'
 Bpu1102 I GCTNAGC Bpu1102 I
Eco81 I GCTNAGG -
BspT104 I TT↓CGAA 
TT  3'
AAGC5'
 Acc I, Cla I, Taq I TTCGA Taq I
Hap II TTCGG -
Hin1 I TTCGYC -
BspT104 I TTCGAA BspT104 I, Taq I
Bsp1286 I GDGCH↓C 
GAGCA3'
C    5'
 Bsp1286 I GAGCAC Bsp1286 I
GAGCC3'
C    5'
 Ban II, Bsp1286 I GAGCCC Bsp1286 I
GAGCT3'
C    5'
 Ban II, Bsp1286 I, Sac I GAGCTC Alu I, Ban II, Bsp1286 I, Sac I
GGGCA3'
C    5'
 Bsp1286 I GGGCAC Bsp1286 I
GGGCC3'
C    5'
 Apa I, Ban II, Bsp1286 I GGGCCC Apa I, Ban II, BmgT120 I, Bsp1286 I, Cfr13 I, Hae III
GGGCT3'
C    5'
Ban II, Bsp1286 I GGGCTC Bsp1286 I
GTGCA3'
C    5'
 Bsp1286 I GTGCAC ApaL I, Bsp1286 I
EcoT22 I GTGCAT -
Pst I, Sse8387 I GTGCAG -
GTGCC3'
C    5'
 Bsp1286 I GTGCCC Bsp1286 I
GTGCT3'
C    5'
 Bsp1286 I GTGCTC Bsp1286 I
Bsp1407 I T↓GTACA 
T    3'
ACATG5'
 Bsp1407 I TGTACA Afa I, Bsp1407 I
BssH II G↓CGCGC 
G    3'
CGCGC5'
 BssH II GCGCGC Acc II, BssH II, Hha I
Mlu I GCGCGT Acc II, Hha I
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制限酵素 認識配列* 切断後の
末端構造*		 対合末端を生じる
制限酵素		 対合末端との
ライゲーション後の配列*		 ライゲーション後の配列を
認識する制限酵素
Cfr10 I R↓CCGGY 
R    3'
YGGCC5'
 Acc III, Aor13H I RCCGGA Hap II
Ava I, BmeT110 I RCCGGG Bcn I, Hap II
Cfr10 I RCCGGY Cfr10 I, Hap II
R/Y=G/C:Nae I
Cla I AT↓CGAT 
AT  3'
TAGC5'
 Acc I, BspT104 I, Taq I ATCGA Taq I
Cla I ATCGAT Cla I, Taq I
Hap II ATCGG -
Hin1 I ATCGYC -
Cpo I CG↓GWCCG 
CG   3'
GCCWG5'
 Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, EcoO109 I CGGWCC Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I
Cpo I CGGWCCG Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, Cpo I
Dra I TTT↓AAA TTT3'
AAA5'		 Dra I TTTAAA Dra I, RspRS II
Nru I TTTCGA Taq I
Swa I TTTAAAT Dra I, RspRS II
Eae I Y↓GGCCR 
Y    3'
RCCGG5'
 Eae I YGGCCR Eae I, Hae III
Y/R=C/G:Eco52 I
Y/R=T/A:Bal I
Eco52 I,Not I YGGCCG Eae I, Hae III
Y/C:Eco52 I
EcoO109 I RG↓GNCCY 
RG   3'
YCCTG5'
 Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, Cpo I RGGACC Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I
EcoO109 I RGGACCY Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, EcoO109 I 
RG   3'
YCCGG5'
 BmgT120 I, Cfr13 I RGGCCC BmgT120 I, Cfr13 I, Hae III
R=G:Apa I, Ban II, Bsp1286 I
EcoO109 I RGGCCCY BmgT120 I, Cfr13 I, EcoO109 I, Hae III
R=G:Apa I, Ban II, Bsp1286 I		 
RG   3'
YCCCG5'
 BmgT120 I, Cfr13 I RGGGCC BmgT120 I, Cfr13 I, Hae III
R=G:Apa I, Ban II, Bsp1286 I
EcoO109 I RGGGCCY BmgT120 I, Cfr13 I, EcoO109 I, Hae III
Y=C:Apa I, Ban II, Bsp1286 I		 
RG   3'
YCCAG5'
 Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, Cpo I RGGTCC Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I
EcoO109 I RGGTCCY Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, EcoO109 I
EcoR I G↓AATTC 
G    3'
CTTAA5'
 EcoR I GAATTC EcoR I
Mun I GAATTG -
EcoR V GAT↓ATC GAT3'
CTA5'		 Acc II, Alu I, Bal I, Hae III, Pvu II, Stu I GATC Sau3A I
EcoR V GATATC EcoR V
Nru I GATCGA Sau3A I, Taq I
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制限酵素 認識配列 切断後の末端構造* 対合末端を生じる制限酵素 対合末端とのライゲーション後の配列* ライゲーション後の配列を認識する制限酵素
EcoT14 I C↓CWWGG 
C    3'
GGTTC5'
 EcoT14 I CCAAGG EcoT14 I 
C    3'
GGTAC5'
 EcoT14 I, Nco I CCATGG EcoT14 I, Nco I 
C    3'
GGATC5'
 Bln I, EcoT14 I CCTAGG Bln I, EcoT14 I
Nhe I, Spe I, Xba I CCTAG - 
C    3'
GGAAC5'
 EcoT14 I CCTTGG EcoT14 I
EcoT22 I ATGCA↓T 
ATGCA3'
T    5'
 Bsp1286 I, Pst I, Sse8387 I ATGCA -
EcoT22 I ATGCAT EcoT22 I
Eco52 I C↓GGCCG 
C    3'
GCCGG5'
 Eae I CGGCCR Eae I, Hae III
R=G:Eco52 I
Eco52 I, Not I CGGCCG Eae I, Eco52 I, Hae III
Eco81 I CC↓TNAGG 
CC   3'
GGANT5'
 Bpu1102 I CCTNAGC -
Eco81 I CCTNAGG Eco81 I
Fba I T↓GATCA 
T    3'
ACTAG5'
 BamH I, Bgl II, Mfl I, Sau3A I TGATC Sau3A I
Fba I TGATCA Fba I, Sau3A I
Hae II RGCGC↓Y 
RGCGC3'
Y    5'
 Bbe I RGCGCC Hae II, Hha I
R=G:Bbe I, Hin1 I
Hae II RGCGCY Hae II, Hha I
R/Y=A/T:Aor51H I
R/Y=G/C:Bbe I, Hin1 I
Hae III GG↓CC GG3'
CC5'		 Bal I, Hae III, Stu I GGCC Hae III
Bst1107 I GGTAC Afa I
EcoR V GGATC Sau3A I
Hap II
(Msp I)		 C↓CGG 
C  3'
GGC5'
 Acc I CCGAC -
BspT104 I CCGAA -
Cla I CCGAT -
Hap II CCGG Hap II
Hin1 I CCGYC -
Taq I CCGA -
Hinc II GTY↓RAC GTC3'
CAG5'		 Bst1107 I GTCTAC Acc I
Hinc II GTCRAC R=G:Acc I, Hinc II, Sal I, Taq I
GTT3'
CAA5'		 Hinc II GTTRAC Hinc II
R=A:Hpa I
Hpa I GTTAAC Hinc II, Hpa I, RspRS II
Nru I GTTCGA Taq I
Hind III A↓AGCTT 
A    3'
TTCGA5'
 Hind III AAGCTT Alu I, Hind< III
Hpa I GTT↓AAC GTT3'
CAA5'		 Hinc II GTTRAC Hinc II
R=A:Hpa I
Hpa I GTTAAC Hinc II, Hpa I, RspRS II
Nru I GTTCGA Taq I
Kpn I GGTAC↓C 
GGTAC3'
C    5'
 Kpn I GGTACC Afa I, Kpn I
Mbo I →Sau3A I
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制限酵素 認識配列* 切断後の
末端構造*		 対合末端を生じる
制限酵素		 対合末端との
ライゲーション後の配列*		 ライゲーション後の配列を
認識する制限酵素
Mfl I R↓GATCY 
R    3'
YCTAG5'
 BamH I, Sau3A I RGATCC Mfl I, Sau3A I
R=G:BamH I
Bgl II RGATCT Mfl I, Sau3A I
R=A:Bgl II
Fba I RGATCA Sau3A I
R=T:Fba I
Mfl I RGATCY Mfl I, Sau3A I
R/Y=A/T:Bgl II
R/Y=G/C:BamH I
Mlu I A↓CGCGT 
A    3'
TGCGC5'
 BssH II ACGCGC Acc II, Hha I
Mlu I ACGCGT Acc II, Mlu I
Msp I→Hap II
Mun I C↓AATTG 
C    3'
GTTAA5'
 EcoR I CAATTC -
Mun I CAATTG Mun I
Nae I GCC↓GGC 
GCC3'
CGG5'
 Nae I GCCGGC Cfr10 I, Hap II, Nae I
Sma I GCCGGG Bcn I, Hap II
Nco I C↓CATGG 
C    3'
GGTAC5'
 EcoT14 I, Nco I CCATGG EcoT14 I, Nco I
Nde I CA↓TATG 
CA  5'
GTAT5'
 Nde I CATATG Nde I
PshB I CATAA -
RspRS II CATAG -
Xsp I CATAG -
Nhe I G↓CTAGC 
G    3'
CGATC5'
 Bln I, EcoT14 I, Spe I, Xba I GCTAG -
Nhe I GCTAGC Nhe I
Not I GC↓GGCCGC 
GC    3'
CGCCGG5'
 Eae I GCGGCCR Hae III
R=G:Eae I, Eco52 I
Eco52 I GCGGCCG Eae I, Eco52 I, Hae III
Not I GCGGCCGC Eae I, Eco52 I, Hae III, Not I
Nru I TCG↓CGA TCG3'
AGC5'		 Acc II TCGCG Acc II
Afa I, Dra I, Hpa I, Sca I, Ssp I TCGA Taq I
Bst1107 I TCGTAC Afa I
EcoR V TCGATC Sau3A I, Taq I
Hinc II TCGRAC R=A:Taq I
Nru I TCGCGA Acc II, Nru I
Nsp V→BspT104 I
PmaC I CAC↓GTG CAC3'
GTG5'		 PmaC I CACGTG PmaC I
SnaB I CACGTA -
Psp1406 I AA↓CGTT 
AA  3'
TTGC5'
 Acc I, BspT104 I, Cla I, Taq I AACGA -
Hap II AACGG -
Hin1 I AACGYC -
Psp1406 I AACGTT Psp1406 I
Pst I CTGCA↓G 
CTGCA3'
G    5'
 Bsp1286 I, EcoT22 I CTGCA -
Pst I, Sse8387 I CTGCAG Pst I
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制限酵素 認識配列* 切断後の
末端構造*		 対合末端を生じる
制限酵素		 対合末端との
ライゲーション後の配列*		 ライゲーション後の配列を
認識する制限酵素
Pvu I CGAT↓CG 
CGAT3'
GC  5'
 Pvu I CGATCG Pvu I, Sau3A I
Pvu II CAG↓CTG CAG3'
GTC5'		 Alu I CAGCT Alu I
Bst1107 I CAGTAC Afa I
EcoR V CAGATC Sau3A I
Pvu II CAGCTG Alu I, Pvu II
RspRS II T↓TAA 
T3'
AAT5'
 Nde I TTAT -
RshB I TTAA RspRS II
RspRS II TTAA RspRS II
Xsp I TTAG -
Sac I GAGCT↓C 
GAGCT3'
C    5'
 Ban II, Bsp1286 I, Sac I GAGCTC Alu I, Ban II, Bsp1286 I, Sac I
Sac II CCGC↓GG 
CCGC3'
GG  5'
 Sac II CCGCGG Acc II, Sac II
Sal I G↓TCGAC 
G    3'
CAGCT5'
 Ava I, BmeT110 I, Xho I GTCGAG Taq I
Sal I GTCGAC Acc I, Hinc II, Sal I, Taq I
Sau3A I
(Mbo I)		 ↓GATC 
    3'
CTAG5'
 BamH I, Bgl II, Fba I, Mfl I, Sau3A I GATC Sau3A I
Sca I AGT↓ACT AGT3'
TCA5'		 Afa I AGTAC Afa I
Nru I AGTCGA Taq I
Sca I AGTACT Afa I, Sca I
Sma I CCC↓GGG CCC3'
GGG5'		 Nae I CCCGGC Bcn I, Hap II
Sma I CCCGGG Ava I, BmeT110 I, Bcn I, Hap II, Sma I
Smi I ATTT↓AAAT 
ATTT3'
TAAA5'
 Dra I ATTTAAA Dra I
Nru I ATTTCGA Taq I
Swa I ATTTAAAT Dra I, Swa I, RspRS II
Spe I A↓CTAGT 
A    3'
TGATC5'
 Bln I, EcoT14 I, Nhe I, Xba I ACTAG -
Spe I ACTAGT Spe I
Sse8387 I CCTGCA↓GG 
CCTGCA3'
GG    5'
 Bsp1286 I, EcoT22 I CCTGCA -
Pst I CCTGCAG Pst I
Sse8387 I CCTGCAGG Pst I, Sse8387 I
Ssp I AAT↓ATT AAT3'
TTA5'		 Nru I AATCGA Taq I
Ssp I AATATT Ssp I
Stu I AGG↓CCT AGG3'
TCC5'		 Bal I, Hae III AGGCC Hae III
Bst1107 I AGGTAC Afa I
EcoR V AGGATC Sau3A I
Stu I AGGCCT Hae III, Stu I
Taq I T↓CGA 
T  3'
AGC5'
 Acc I, BspT104 I, Cla I, Taq I TCGA Taq I
Hap II TCGG -
Hin1 I TCGYC -
VpaK11B I G↓GWCC 
G   3'
CCWG5'
 Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, Cpo I, EcoO109 I, VpaK11B I GGWCC Ava II, BmgT120 I, Cfr13 I, VpaK11B I
Xba I T↓CTAGA 
T    3'
AGATC5'
 Bln I, EcoT14 I, Nhe I, Spe I TCTAG -
Xba I TCTAGA Xba I
Xho I C↓TCGAG 
C    3'
GAGCT5'
 Ava I, BmeT110 I, Xho I CTCGAG Ava I, BmeT110 I, Taq I, Xho I
Sal I CTCGAC Taq I
Xsp I C↓TAG 
C  3'
GAT5'
 Nde I CTATG -
PshB I CTAGT -
RspRS II CTAA -
Xsp I CTAG Xsp I
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