SMART法を用いたシングルセルRNA-seqライブラリー構築と、ICELL8システムの細胞分離と細胞選択能力を組み合わせることで、最大8種類のサンプルからのシングルセルの遺伝子差発現解析のためのIlluminaシーケンスライブラリーの調製が行えます。
細胞サンプルの染色および希釈後、ICELL8 cxシステムを用いて細胞をICELL8 cx 3' DE Chip上の5,184個のナノウェルに分注します。その後、付属の専用ソフトウエアCellSelect Softwareを使用して、生存しているシングルセルを含むウェルを選択します。解析を行う細胞を選択後、対象となるウェルにRT-PCR試薬を分注し、1回のランでcDNA合成および増幅の両方をチップ内で行います。RT-PCR後、cDNA産物をプール、精製し、transposaseに基づく方法でmRNA 3'末端のcDNAを濃縮した後、イルミナインデックス配列を組み込んだPCR増幅を行いシーケンス用ライブラリーの調製を行います。
表1.1枚のChipの解析に必要な試薬
製品名 | 容量 | 製品コード | 必要数 |
ICELL8 cx 3' DE Chip | 1 Chip | 640199 | 1 |
ICELL8 3' DE Reagent Kit | 1 Kit | 640167 | 1 |
ICELL8 Collection Kit-L | 1 Kit | 640212 | 1 |
ICELL8 cx Loading Kit | 1 Kit | 640197 | 1 |
MSND 384-well Source Plate and Sealsは細胞懸濁液の分注に用いるソースプレートとシールのセットです。表1の必要試薬に加えてご購入ください。
細胞調製の条件検討で分注テストを行う際には、各ウェルにpreprinted oligo(dT)プライマーが付加されていない
Blank Chipをご利用ください。