Shasta™ Whole-Genome Amplification (WGA) Kit

Shasta WGA Kitは、illuminaプラットフォーム用の高品質なscDNA-Seqライブラリーを作製します。タカラバイオのPicoPLEX全ゲノム増幅（WGA）技術を用いることで、再現性の高いコピー数変異（CNV）解析、単一塩基変異（SNV）解析、インデル解析を行うことができます。 Shasta WGA Kit は、Shastaシングルセル自動調製システムを用いたハイスループットな自動化ワークフローに最適化されており、これまでのプレートベースのシングルセルWGAを大幅に上回る、1,000～1,500細胞からのscDNA-Seqライブラリー作製を可能にします。


図1. Shasta WGA Kitワークフロー

• ① ナノチップ上での細胞イメージングとシングルセルの選択
• ② オンチップでのDNA抽出
• ③ Quasi-random primerを含むpre-amplification mixの添加
• ④ forwardおよびreverseのindex primerを使用してDNAが増幅され、最終的なDNA-Seqライブラリーを構築

図2. 4つの異なる細胞株のシングルセルから作製したShasta WGAライブラリーのQC指標
ライブラリーのシーケンシングは、NextSeq 500/550 High Output Kitと150サイクルカートリッジ（リード長2 x 75 bp）を使用し、PhiXスパイクイン率は18.81％で実施した。96.56％のリードがバーコード化に成功し、バーコード化された単一細胞について、アダプタートリミング後、バーコード化されたリードの99.12％がユニークリードであり、バーコード化されたリードの94.06％がhg38参照ゲノムにユニークにマッピングされた。

図3. Shasta WGAキットを用いてシングルセルから作成したCNP解析例

• Cell 1（GM05067細胞）: 9p染色体における約45 Mbの特徴的なセグメント増幅が特異的に検出された。
• Cell 2（GM22601細胞）: 4p染色体での約25 Mbの欠失を検出した。
• Cell 3（GM12878細胞）: CNVのない2倍体を示し、15 pgのNA12878 gDNAを用いて作製したWGAライブラリーと同等の性能を示した。
• Cell 4（K562細胞）: 3倍体の予測された倍数性を示した。ハイパープロイディーは、急速に増殖するがん細胞において一般的な現象である。

図4. 単一の淡明細胞型腎細胞がん（ccRCC）からShasta WGAキットを用いて作成したCNPから、ccRCCに一般的に関連するCNVを同定
Cell 1とCell 2はともに3番染色体のp-armの欠損（-3p）、5番染色体のq-armの獲得（+5q）、16番染色体のp-armの部分的獲得（+16pter）を有する。-3pはccRCCの細胞遺伝学的特徴であり、2013年の研究では417人の患者の91％が-3pの変異を有していた（Nature 499, 43-49 (2013)）。この領域は、ccRCCで最もよく変異する4遺伝子を包含している（VHL、PBRM1、BAP1、SETD2）。また、+5qはccRCCでよくみられるCNVであり、2013年の研究では417人の患者の67％が+5qの変異を有していた。加えて、Cell 1では8番染色体のp-armが欠損（-8p）し、Cell 2では8番染色体全体が欠損していた。8番染色体の一部または全部の欠損は、以前に行われたccRCC患者の研究でも報告されており、典型的にはTCEB1異と関連している（Sato et al. Nature Genetics, (2013)45: 860-867）

Shasta Whole Genome Amplification Kit - 2 Chip（製品コード 640286）

Shasta Whole-Genome Amplification Reagents	1 Kit
Shasta Long Indexing Primer Set - A（製品コード 640283）	2 Chip
Single-Cell 350v Chip（製品コード 640019）	2 Chip
Single-Cell Loading Kit（製品コード 640206）	2 Kit
Single-Cell Collection Kit（製品コード 640212）	2 Kit

Shasta Whole-Genome Amplification Reagents　－20℃
その他　室温