SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR™ Mammalian)

シングルセルまたはtotal RNA 10 pgからの方向性情報を持ったtotal RNA-Seq解析
  • ヒト、マウス、ラットの1~1,000個の細胞または微量(10 pg~10 ng)のtotal RNAから7時間でRNA-Seq用ライブラリーを調製
  • シングルセルから方向性情報を持った全長total RNAシーケンスが可能
  • コーディング/ノンコーディングのトランスクリプトを再現性高く正確に検出
  • 分解を受けたRNAからもライブラリー調製可能
  • rRNA除去試薬の改良により、rRNAのリードの除去効率が向上
  • Unique Dual Index Kit(製品コード 634752~634756)と組み合わせることにより、最大384サンプルのマルチプレックス解析に対応可能
注: SMART-Seq Total RNA Single Cell (ZapR Mammalian)は、SMART-Seq Stranded Kit(製品コード 634442~634444)のリニューアル製品で、rRNA除去試薬の性能が向上しています(図5参照)。既存製品とは異なりインデックスが別売りとなっていますので、必ず別途ご購入ください。(Unique Dual Index Kit参照)
新製品と既存製品の対応表はこちら(TB USA社のサイト)
製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
634360

CLN

Clontech
SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR™ Mammalian)
-RNAシーケンス編- total RNA-Seq用 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
24回 ¥360,000
¥288,000
2024/11/25~
2025/03/31

30%OFFモニターキャンペーン実施中!
説明書・データシート・ベクター情報
Z4360N
634361

CLN

Clontech
SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR™ Mammalian)
-RNAシーケンス編- total RNA-Seq用 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
96回 ¥960,000
¥768,000
2024/11/25~
2025/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4361N
634362

CLN

Clontech
SMART-Seq® Total RNA Single Cell (ZapR™ Mammalian)
-RNAシーケンス編- total RNA-Seq用 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付 ライセンス
96回×4 ¥3,300,000
¥2,640,000
2024/11/25~
2025/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4362N
634756

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (1-24)
24回 ¥38,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4756N
634752

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (1-96)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4752N
634753

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (97-192)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4753N
634754

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (193-288)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4754N
634755

CLN

Clontech
Unique Dual Index Kit (289-384)
96回 ¥96,000
説明書・データシート・ベクター情報
Z4755N
※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。
※本キットにはIndexが含まれていません。Unique Dual Index Kit(製品コード 634752/634753/634754/634755/634756)を別途ご購入ください。
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製品説明

SMART-Seq Total RNA Single Cell (ZapR Mammalian)は、1~1,000個のインタクトな細胞または10 pg~10 ngのtotal RNAからイルミナ社次世代シーケンサー対応のライブラリー調製ができるキットで、シングルセルから高感度に再現性の高いデータが取得できるようにデザインされています。本キットは、SMART(Switching Mechanism at 5’ End of RNA Template)テクノロジーを用いており、逆転写およびPCR増幅ステップでインデックスとアダプターを組み込むシームレスなワークフローによって、7時間以内に方向性情報を保持したライブラリーが調製できます。また、ランダムプライマーを用いてcDNA合成を行うため、polyAの有無に関わらず全てのトランスクリプトをキャプチャーでき、分解の進んだ低品質RNAでも使用可能です。さらに、本キットのワークフローにはrRNA特異的プローブを使用した独自技術によってrRNA(および一部ミトコンドリアRNA)由来のcDNAを除去する工程が含まれているため、別途リボゾームRNA除去試薬を用意する必要はなく、rRNAへのマッピングが低い再現性の高いデータが得られます。既存製品と比べてrRNA除去試薬の性能が向上しているため、より高精度の解析が行えます(図5)。
別売りのUnique Dual Index Kit(製品コード 634752~634756)と組み合わせることにより、最大384サンプルのマルチプレックス解析に対応可能です。
実験フローチャート
図1.実験フローチャート

SMART-Seq Total RNA-Seq Single Cell (ZapR Mammalian)を用いて調製された最終ライブラリーの構造
図2.SMART-Seq Total RNA Single Cell (ZapR Mammalian)を用いて調製された最終ライブラリーの構造
Unique Dual Index Kit(製品コード 634752~634756)を用いて付加された配列には、イルミナ社シーケンサーのフローセルでクラスタリングできる配列(P7、P5、Index 1 [i7]、Index 2 [i5])と、シーケンスプライマーRead 2およびRead 1を認識する領域が含まれている。Read 1では元のRNAのアンチセンス側の配列が得られ、Read 2では元のRNAのセンス側の配列が得られる。Read 2の最初の3塩基(XXX)はSMART Adapter由来の配列となるため、paired-end sequencingを行った場合、この3塩基はマッピングの前にトリミングする必要がある。

A

異なるRNAインプット量から調製したライブラリーのrRNA由来cDNA除去効果
B

横にスクロールできます
ZapR treatment
RNA input amount10 pg10 pg10 pg10 pg10 ng10 ng10 ng10 ng
Discarded reads (%)3.051.763.613.650.540.542.832.91
Unmapped reads (%)2.9412.337.9413.410.730.623.213.31
Multimapped reads (%)0.800.584.314.090.760.764.454.79
Exonic reads (%)7.345.3842.9840.656.796.4646.9846.50
Intronic reads (%)5.043.6330.4927.934.594.3133.1832.29
Intergenic reads (%)0.950.695.755.410.810.765.645.57
rRNA reads (%)79.8975.624.924.8685.7886.553.714.64
図3.異なるRNAインプット量から調製したライブラリーのrRNA由来cDNA除去効果
本製品に含まれるSMART-Seq Total RNA Single Cellを用いて10 pgおよび10 ngのヒト脳total RNAからライブラリーを調製後、キットに含まれるZapR Mammalian rRNA Depletion KitによるrRNA由来cDNA除去処理(ZapR treatment)を実施したものと実施しないもので比較した。ZapR treatmentしたものはPCR増幅による濃縮後、ZapR treatmentしないものはそのままシーケンスに使用した。それぞれのライブラリーについて、2×106ペアエンドリードをCogentAPで解析し、その結果を棒グラフ(パネル A)と表(パネル B)に示した。10 pg、10 ngのいずれのインプット量でも、ZapR treatment処理後のrRNA readsの割合は5%以下となっており、幅広いレンジでrRNA由来cDNAが効率よく除去されることが示された。

A

異なるRNAインプット量から調製したライブラリーの遺伝子数とトランスクリプト数の評価
B

横にスクロールできます
ZapR treatment
RNA input amount10 pg10 pg10 pg10 pg10 ng10 ng10 ng10 ng
Gene count11,35210,55013,45313,41513,21413,12320,20519,976
Transcripts (TPM≥0.1)16,59715,21122,72622,87419,50619,17835,35235,409
Transcripts (TPM≥1)15,61514,64918,75618,79618,49618,35625,57825,703
図4.異なるRNAインプット量から調製したライブラリーの遺伝子数とトランスクリプト数の評価
SMART-Seq Total RNA Single Cellを用いて10 pgおよび10 ngのヒト脳total RNAからライブラリーを調製後、キットに含まれるZapR Mammalian rRNA Depletion KitによるrRNA由来cDNA除去処理(ZapR treatment)を実施したものと実施しないもので比較した。ZapR treatmentしたものはPCR増幅による濃縮後、ZapR treatmentしないものはそのままシーケンスに使用した。それぞれのライブラリーについて、2×106ペアエンドリードをCogentAPで解析し、得られた遺伝子数(パネル A)、およびトランスクリプト数(パネル B)を示した。ZapR treatmentしたライブラリーでは、遺伝子数、トランスクリプト数が増加しており、キットの有効性が示された。

<参考データ>
本製品に含まれるrRNA除去試薬ZapR Mammalian rRNA Depletion Kitは、SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian)(製品コード 634354)に含まれるものと同じ製品です。SMART-Seq Total RNA Pico Input with UMIs (ZapR Mammalian)のアプリケーションデータの一つとして取得されたrRNA除去試薬の新旧比較データを図5として示します。

rRNA除去試薬の新/既存製品比較
図5.rRNA除去試薬の新/既存製品比較
SMART-Seq Total RNA Pico Input (with UMIs)(新製品)を用いて、250 ngのヒト脳total RNAからライブラリーを調製後、キットに含まれるZapR Mammalian rRNA Depletion KitによるrRNA由来cDNA除去処理(ZapR treatment)を実施し、PCR増幅により濃縮した。コントロールとしてZapR treatmentしていないライブラリーをそのまま用いた(No depletion)。更に、SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalian(既存製品)を用いて、250 ngのヒト脳RNAからライブラリーを調製した。
それぞれのライブラリーについて、3×106ペアエンドリードをCogentAPで解析し、リード分布を比較した。
ZapR Mammalian rRNA Depletion Kitで処理したライブラリーのリード分布は、SMARTer Stranded Total RNA-Seq Kit v3 - Pico Input Mammalianで調製したライブラリーと比較したところ、rRNAのリードの割合が減少してExonのリードの割合が増加し、rRNA除去試薬の性能向上が示された。

内容

SMART-Seq Total RNA Single Cell (ZapR Mammalian)
  • SMART-Seq Total RNA Single Cell
    Package 1
    • SMART scTSO Mix
    Package 2
    • SMART scN6
    • scRT Buffer
    • SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
    • RNase Inhibitor (40 U/μl)
    • SeqAmp DNA Polymerase
    • SeqAmp CB PCR Buffer (2X)
    • Tris Buffer (5 mM)
    • PCR2 Primers
    • Nuclease-Free Water
    • 10X Lysis Buffer

  • ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit
    Package 1
    • R-Probes
    • Control Total RNA (1 μg/μl)
    Package 2
    • ZapR Enzyme
    • ZapR Buffer (10X)

    SMART-Seq Total RNA Single Cell、ZapR Mammalian rRNA Depletion Kitそれぞれの単品販売はありません。

保存

SMART-Seq Total RNA Single Cell
Package 1:-70℃
Package 2:-20℃
(10X Lysis Buffer:融解後は4℃保存)

ZapR Mammalian rRNA Depletion Kit
Package 1:-70℃
Package 2:-20℃
(R-Probesは3回以上凍結融解しないでください。凍結融解を避けるため小分け分注することをおすすめします。)

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替できないため、ご注意ください。

Index Kit
Unique Dual Index Kit (1-24)(製品コード 634756)
UDI No, U001-U024
Unique Dual Index Kit (1-96)(製品コード 634752)
UDI No, U001-U096
Unique Dual Index Kit (97-192)(製品コード 634753)
UDI No, U097-U192
Unique Dual Index Kit (193-288)(製品コード 634754)
UDI No, U193-U288
Unique Dual Index Kit (289-384)(製品コード 634755)
UDI No, U289-U384

サンプル調製(セルソーティング)
  • 8-tube strips(Thermo Fisher Scientific, Cat. No. AB0264)またはセルソーティングに適したPCR tube strips、96 well plates
  • (オプション)BD FACS Pre-Sort Buffer(BD Cat. No. 563503)
  • Microplate film(USA Scientific, Cat. No. 2920-0010) for sealing tubes/plates before sorting
  • Aluminum single tab foil seal(USA Scientific, Cat. No. 2938-4100)または cap strips(Thermo Fisher Scientific, Cat. No. AB0784/AB0850)for sealing tubes/plates after sorting
  • ドライアイス(細胞の凍結用)
  • (オプション) SMART-Seq HT Kit Lysis Components(製品コード 634439)または10×Lysis Buffer(製品コード 635013)
  • 96-well plate用卓上低速遠心機

cDNA合成、PCR増幅
  • PCRサーマルサイクラー 2台(cDNA合成用、PCR増幅用)
  • Nuclease-free, PCR-grade, thin-wall PCR strips (0.2 ml PCR 8-tube strip; USA Scientific, Cat. No.1402-4700)または同様のPCR-grade, thin-wall PCR tubes, strips、96-well plates
  • Nuclease-free, low-adhesion 1.5 ml tubes(USA Scientific, Cat. No. 1415-2600)、DNA LoBind tubes(Eppendorf, Cat. No. 022431021)または同様の核酸低吸着性チューブ
  • Thermo Scientific Adhesive PCR Plate Seals (Thermo Fisher Scientific, Cat. No. AB0558)for 96-well plates or cap strips(Thermo Fisher Scientific, Cat. No. AB0784/AB0850)for 8-tube strips

Beads精製
  • NucleoMag NGS Clean-up and Size Select(5 ml size:製品コード 744970.5;50 ml size:製品コード 744970.50;500 ml size:製品コード 744970.500)
    NucleoMagの代わりにAMPure XP PCR purification kit(Beckman Coulter 5 ml size:Cat. No. A63880;60 ml size:Cat. No. A63881)も使用可能
  • 80%エタノール(用時調製)
  • Magnetic Separation Device
  • 24~96サンプルの場合:Magnetic Stand 96(Thermo Fisher Scientific Cat. No. AM10027)、V-bottom plates (500 μl; VWR, Cat. No. 47743-996)、adhesive PCR Plate Seals(Thermo Fisher Scientific, Cat. No. AB0558)と組み合わせて使用
  • 1.5 mlチューブ(ライブラリーのプール用)の場合:Magnetic Stand (2 tubes)(製品コード 631964)、8-tube strips (Thermo Fisher Scientific, Cat. No. AB0264)、またはnuclease-free, PCR-grade, thin-wall PCR tubes、strips、96-well plates

cDNA定量、ライブラリー定量(必要に応じて選択)
  • High Sensitivity DNA Kit(Agilent Technologies, Cat. No. 5067-4626)、High Sensitivity D5000 ScreenTape (Agilent Technologies, Cat. No. 5067-5592)、または同等の高感度電気泳動法
  • Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay Kit(Thermo Fisher Scientific, Cat. No. P11496)または Qubit dsDNA HS Assay Kit(Thermo Fisher Scientific, Cat. No. Q32851 or Q32854)
  • Library Quantification Kit(製品コード 638324)

その他
  • シングルチャンネルピペット:10 μl、20 μlおよび200 μl、1,000 μl
  • 8連、あるいは12連チャンネルピペット:20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ:2 μl、10 μl、20 μl、200 μl、および1,000 μl
  • 1.5 mlチューブ用微量遠心機
  • 0.2 mlチューブまたはstrip用微量遠心機
  • IsoFreeze PCR Rack(MIDSCI, Cat. No. 5640-T4)または96-Well Aluminum Block(Light Labs, Cat. No. A-7079)等の96-well PCR chiller rack
  • VWR CryoCoolers(VWR, Cat. No. 414004-286)等の卓上クーラー
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
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