空間解析 ユーザーズボイスのご紹介

今回は、小細胞肺癌検体を対象にTrekkerを用いて解析を行った。煩雑なセグメンテーション作業を必要とせず、シングルセル解析に近い操作感でアノテーションまで一連の解析を非常にスムーズに進めることができた。その結果、腫瘍内不均一性の明確な存在と特定クローンの拡大を捉えるとともに、組織切片上でのRNA velocity解析により、クローンが形成されていくダイナミックなプロセスを可視化することに成功した。さらに、マルチオーム解析やTCR/BCR解析への拡張、FFPE検体への適応といった技術開発も進んでおり、今後は“シングルセル解析の感覚で使える空間解析ツール”として大きな発展が期待される。

Trekkerは、肝細胞癌（HCC）組織における腫瘍微小環境内のマクロファージ（TAM）に着目した解析において非常に有用でした。空間情報を保持したまま、TAMと腫瘍細胞の局在や近接関係を可視化・解析できる点が大きな利点です。
今回、マクロファージとHCC細胞株の共培養モデルから見出した因子を臨床検体で検証したところ、これまでのシングルセル解析で推定されていた細胞間相互作用に加え、空間情報を活かすことで、TAM近傍か非近傍かによって腫瘍細胞のシグナル経路活性が異なることを明らかにできました。
従来のバルク解析やシングルセル解析では得られなかった新たな知見が得られ、空間解析の有用性を実感しました。既存のシングルセル解析と同様の手順でスムーズに解析を進められた点も魅力的でした。

マウス胎生期の骨組織を対象にSeekerを用いて解析を行った。従来のシングルセル解析では捉えにくかった発生過程における細胞の空間的配置を保持したまま、遺伝子発現パターンを可視化・比較できる点が非常に有用であった。今回、WTマウスと遺伝子改変マウスを比較することで、骨組織内における遺伝子発現の空間的な違いを明確に捉えることができ、遺伝子改変が発生過程の組織構築や細胞状態に与える影響をより深く理解することにつながった。解析は比較的スムーズに進めることができ、空間情報を活かしながら発生学的な表現型を評価できるツールとして、今後さらに幅広い応用が期待されると感じた。