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TaKaRa LA Taq®

二次構造をとりやすいフラグメントの増幅例

GC richな場合と同様に、テンプレートが二次構造をとりやすい場合においても、従来のTaqを用いたPCRでは増幅しにくいことがよくある。
以下に、二次構造をとりやすい断片をテンプレートに、約2.7 kbのフラグメントを増幅した例を示す。図1からもわかるように、従来のTaqでは非特異的産物しか増幅されなかったが、TaKaRa LA Taq (LA PCR Buffer II)では良好に増幅されている。
PCRで増幅バンドがみられない場合、一般的にサイクル条件の検討や、プライマーデザインの変更等を行うが、増幅効率の優れたTaKaRa LA Taq (LA PCR Buffer II)を使用するだけで増幅の向上がみられることがあるので、是非一度使用することをお勧めする。

Template 二次構造をとりやすいcDNA
(EcoR Iで切断したpBluescript IIに挿入したもの)
増幅サイズ 約2.7 kb
Primer Custom long primer (30~32 mer)
(各10 pmol/50 μlPCR) 配列はApplication (GC richなフラグメントの増幅例) の実験と同じ。
dNTP Mixture dGTPの代わりに7-deaza-dGTP使用
PCR条件 94℃、1 min
 ↓
98℃、20 sec
68℃、3 min
30 cycles
(TaKaRa PCR Thermal Cycler 480使用)

※サンプルは慶応大学・分子生物学講座の高柳先生より提供していただきました。

図1 二次構造をとりやすいフラグメントの増幅の比較

1% L 03 Agarose gel (製品コード 5003)
8 μl泳動

Lane 1:Taq
Lane 2:TaKaRa Ex Taq
Lane 3:TaKaRa LA Taq (LA PCR Buffer II)
を用いて増幅
M:λ-Hind III digest
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