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Application

EpiScope® Nucleosome Preparation Kit

Micrococcal Nuclease の使用量とDNAサイズ

EpiScope Nucleosome Preparation Kit(製品コード 5333)
【方法】
1×106 cellsのHeLa細胞を操作方法に従って処理した。ただし、Micrococcal Nuclease使用量を0.02 μl、0.05 μl、0.2 μlと変化させた。続いてNucleoSpin Gel and PCR Clean-upによるDNA抽出を行い、得られたDNA溶液50 μlのうち、5 μlをアガロースゲル電気泳動に供した。

【結果】
Micrococcal Nuclease量が少ない場合、切断が不十分になり、モノヌクレオソームの他、ジヌクレオソーム、トリヌクレオソーム由来のDNAバンドが検出された。Micrococcal Nuclease 0.2 μlの場合には、ほとんどがモノヌクレオソーム化していることが確認された。
また、Micrococcal Nuclease 使用量が多いほどモノヌクレオソーム由来のDNAサイズが小さくなった。この結果は、DNA両端からの削り込みが進んだためと考えられる(J. Biomol. Struct. Dyn. 2010;27 (6):781-93.参照)。

ヌクレオソームのサイズ分布確認
ヌクレオソームのサイズ分布確認
1.Micrococcal Nuclease0.02 μl
2.Micrococcal Nuclease0.05 μl
3.Micrococcal Nuclease0.2 μl
M.100 bp DNA Ladder 
2% Agarose L03 使用
* モノヌクレオソーム由来DNA
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