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Application

ICELL8 シングルセル解析

ICELL8® Single-Cell Systemを用いた神経分化細胞プロファイリング

方法
ヒト神経幹細胞・培地キット Human Neural Cortex Stem Cell Line Kit(製品コード Y40050)を用いて神経幹細胞(NSC)から28日間の培養/分化誘導を行った後、ICELL8 Single-Cell Systemを用いて以下の細胞についてSmartChip一枚にナノディスペンシングを行い、シングルセルを取得した。

① NSC
② Neuron(NSCより分化誘導)
③ Astrocyte(NSCより分化誘導)
④ ①:②:③=1:1:1 混合細胞集団

得られたシングルセルかつ生細胞のウェルに逆転写反応液を添加してシーケンスライブラリーを調製し、イルミナ社次世代シーケンサーで遺伝子配列情報を取得した。各種サンプル由来のデータは主成分分析(t-SNE解析)し、遺伝子発現の類似度からグループ分けした。

結果
SmartChipへのナノディスペンシングにより、1,448ウェルにおいてシングルセルが確認され、そのうち1,444細胞が生細胞であると判断された(表1)。
①~④のそれぞれの条件において、シングルセル候補の中から250~300ウェルを選択してcDNA合成を行った。
t-SNEによるクラスター解析から、3種の細胞は異なる遺伝子発現パターンを有し、5つのクラスターに分類された。また、Astrocyteの細胞集団(cluster3, 4)では、特異的マーカーであるGFAPの発現が強く認められた(図1)。

表1. シングルセル分注後、CellSelectソフトウェアでウェルの画像取得および解析を行った結果




図1.NGS解析結果 (t-SNEによるクラスター解析)
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