cell free DNA解析に最適なライブラリー調製

ThruPLEX® Plasma-seq Kit

  • 1~30 ngのセルフリーDNAに最適化された、イルミナ社NGS用ライブラリー作製キット
  • 1チューブ、2時間の調製時間、3 stepの迅速でシンプルなワークフロー
  • 高範囲において再現性の高いGCカバー率を示すNGS用ライブラリーを作製
  • Beckman FXP Workstation(オートメーション)に対応可能
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN R400490 RB4490 ThruPLEX® Plasma-seq 12S Kit
12回 ¥123,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400491 RB4491 ThruPLEX® Plasma-seq 48S Kit
48回 ¥416,000
30%OFFクーポン配布中!
説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400492 RB4492 ThruPLEX® Plasma-seq 96D Kit
96回 ¥680,000
30%OFFクーポン配布中!
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プロトコール:採血・血漿の調製方法
プロトコール:SureSelect XTとの組合せ
プロトコール:SeqCap EZとの組合せ

製品説明

ThruPLEX Plasma-seqは、血漿由来のセルフリーDNAからThruPLEX技術によりNGS用ライブラリーを作製するキットである。エンドリペアとライゲーションの反応条件の改良により、血漿サンプルDNAのGC特性を保持し、多様性の高いライブラリー作製が可能である。さらに、作製されたライブラリーは、全ゲノムシーケンスに利用できるだけでなく、Agilent SureSelect、Roche NimbleGen SeqCap EZなどの主要なTarget Enrichmentプラットフォームにも利用できる。


製品名製品コードインデックスの種類
ThruPLEX Plasma-seq 12S KitR40049012種類シングルインデックス
ThruPLEX Plasma-seq 48S KitR40049148種類シングルインデックス
ThruPLEX Plasma-seq 96D KitR40049296種類デュアルインデックス

図1.ThruPLEX Plasma-seq Kitの1チューブワークフロー
ThruPLEX Plasma-seq Kitは、エンドリペア、アダプターライゲーション、ライブラリー増幅の3ステップで構成されており、1~30 ngセルフリーDNAからインデックスが付加されたライブラリーを調製できる。全操作は1チューブ内で行えるため、サンプルロスを防ぎ、約2時間でライブラリー作製が完了する。


図2.ThruPLEX Plasma-seq Kitのテクノロジー
Step 1:セルフリーDNA(1~30 ng)のエンドリペア
Step 2:Stem-LoopアダプターのBlunt-endライゲーション
Stem-Loopアダプターは5’末端がブロックされており一本鎖部分がないためアダプター同士のアニーリングやライゲーションは起こらず、バックグラウンドを抑えることができる。
Step 3:ライブラリー増幅
ライゲーション後にStem-Loopアダプターを切断することによってバックグラウンドを抑え、正確性の高いライブラリー増幅を行うことができる。

図3.セルフリーDNAのライブラリー多様性、duplicateの割合、非マップリードの比較
ThruPLEX Plasma-seq Kitでは、ライブラリーの多様性が高く、duplicateの割合やマップされないリードが非常に低いライブラリー作製ができる。血漿由来のセルフリーDNAを図に示す量を使用してライブラリーを作製した。Illumina NextSeq 500で1ライブラリー当り17~25Mリードを取得した。Duplicateの割合は1ライブラリー当り、17Mリードで算出した。


図4.Target Enrichmentシステムと組み合わせたパフォーマンス
5 ng、6.5 ng、10 ngのセルフリーDNAから本キットで作製されたライブラリーを、ClearSeq SS XT2 DNA Kinome(Agilent社)を用いてターゲット領域を濃縮後、Illumina MiSeqでシーケンスした。各ライブラリーから平均5Mリードが得られた。 30xカバレッジにおいても、平均77%の塩基カバー率が得られた。


図5.高い再現性とバイアスの低いGCカバー率
ThruPLEX Plasma-seq Kitでは、ヒトゲノム全体で再現性が良く、バイアスの低いGCカバー率のデータが得られた。本キットで得られたライブラリーでは、9種の血漿サンプル間で、変動は最少であった。ライブラリーは、1 ml血漿から精製されたセルフリーDNAから作製され、Illumina NextSeq 500でシーケンスした。但し、B社は4種の血漿サンプルからライブラリーを作製した。

内容

・Template Preparation Buffer (Red)
・Template Preparation Enzyme (Red)
・Library Synthesis Buffer (Yellow)
・Library Synthesis Enzyme (Yellow)
・Library Amplification Buffer (Green)
・Library Amplification Enzyme (Green)
・Nuclease-Free Water (Clear)
・Indexing Reagents (Blue)

本キット以外に必要な機器、試薬等

  • サーマルサイクラー
  • 微量高速遠心機
  • PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
  • ピペットチップ
  • 80% (v/v) エタノール
  • Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, CAT. no. A63880)

保存

-20℃

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