プライマー設計について

リアルタイムPCRを効率的に行うには、反応性の良いプライマーを設計することが重要です。以下のガイドラインに沿って、増幅効率がよく、非特異的反応が起こらないプライマーを設計してください。

増幅産物

増幅サイズ80~150 bpが最適 (300 bpまでは増幅可能)

プライマー

長さ17~25 mer
GC含量40~60%(望ましくは、45~55%)
TmForward primerとReverse primerのTm値が大きく異ならないこと
Tm値の計算は、専用のソフトウェアで行う
OLIGO*1 : 63~68℃
Primer3 : 60~65℃
配列全体的に塩基の偏りがない配列にする
部分的にGCリッチあるいはATリッチな配列は避ける (特に3'末端)
T/Cの連続(polypyrimidine)は避ける
A/Gの連続(polypurine)は避ける
3'末端配列3'末端がGCリッチあるいはATリッチな配列は避ける
3'末端塩基は、GまたはCが望ましい
3'末端塩基がTであるプライマーは避けたほうがよい
相補性プライマー内部およびプライマー間での3 base以上の相補的配列を避ける
プライマー3'末端が2 base以上相補する配列を避ける
特異性BLAST検索でプラマ-の特異性を確認する*2
*1 OLIGO Primer Analysis Software (Molecular Biology Insights社)
*2 http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/

設計位置

Genomic DNAとの区別エキソンジャンクションに設計する。Genomic DNAを検出しないように、エキソンジャンクションを挟む位置に設計する。

この製品を見た人は、こんな製品も見ています。

注意事項
  • 弊社の取扱い製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
  • タカラバイオの承認を得ずに製品の再販・譲渡、再販・譲渡のための改変、商用製品の製造に使用することは禁止されています。
  • タカラバイオ製品に関連するライセンス・パテントについては、ライセンスマークをクリックして内容をご確認ください。
    また、他メーカーの製品に関するライセンス・パテントについては、各メーカーのウェブサイトまたはメーカー発行のカタログ等でご確認ください。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。

▲このページのトップへ