微量RNAサンプルからのribosomal RNA除去が可能

RiboGone™-Mammalian

  • ヒト、マウス、ラットtotal RNAからのリボゾームRNA(rRNA)やミトコンドリアRNAの除去に
  • 次世代シーケンス用RNAサンプルの前処理に最適
  • 微量total RNA(10~100 ng)からrRNAを効率的に除去(除去率95%以上)
  • FFPEサンプルなど分解RNAにも使用可能
  • random primerを用いたcDNA合成キットとの組み合わせを推奨
ribogone-mammalian
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別) 特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN 634846 Z4846N RiboGone™-Mammalian
6回 ¥80,000
説明書・データシート・ベクター情報
CLN 634847 Z4847N RiboGone™-Mammalian
24回 ¥280,000
説明書・データシート・ベクター情報

製品説明

RiboGone-Mammalianは、ヒト、マウス、ラットのtotal RNA(10~100 ng)からリボソームRNA(rRNA)とミトコンドリアRNA(mtRNA)を特異的に除去するキットである。RiboGone技術は、ハイブリダイゼーションとRNase Hによる分解に基づいており、5S、5.8S、18S、28S rRNAと12S mtRNA配列を特異的に除くことができる。
本製品は、次世代シーケンス(RNA-Seq、トランスクリプトーム解析)用RNAサンプル調製の前処理に適している。特に、random primerを用いるSMARTer Stranded RNA-Seq KitやSMARTer Universal Low Input RNA Kit for Sequencingなどの次世代シーケンス用cDNA調製キットと組み合わせて使用することを推奨する。
本製品で処理したRNAを用いた解析では、rRNA配列の出現率は全配列リード数の1~5%以下である。
FFPEサンプルなどの分解が進んだRNAサンプルも用いることができる。

プロトコルの概要

プロトコルの概要

表1.RiboGone-MammalianのrRNA除去効果
RiboGone-MammalianのrRNA除去効果
RiboGone-Mammalianを用いてHuman Universal Reference RNA(HURR;Agilent)、Human Brain Reference RNA(HBRR;Ambion)各10 ngからrRNAを除去後、SMARTer Stranded RNA-Seq KitでcDNA調製し、次世代シーケンスによるマッピングを実施した。RiboGone-Mammalianを使うことで、微量RNAサンプルから効率よくrRNAを除去できることが示された。

RiboGone- Mammalian処理したRNAのRNA-SeqデータとMAQC qPCRデータの相関性
図1. RiboGone-Mammalian処理したRNAのRNA-SeqデータとMAQC qPCRデータの相関性

RiboGone-MammalianでrRNAを除去したRNAのRNA-Seqデータと、同じreference RNAを使用したMAQC(MicroArray Quality Control)qPCRデータとの相関性を調べた。RNA-SeqとMAQC qPCRのデータは高い相関性(R=0.860)を示しており、RiboGone-MammalianによるrRNA除去はrRNA以外の遺伝子のRNA-Seqデータに影響を与えないことが示された。

内容

RiboGone-Mammalian 6回(製品コード 634846)
・5X RiboGone Hyb Buffer6 μl
・RNase H(5 U/μl)6 μl
・DNase I(5 U/μl)24 μl
・RNase Inhibitor(40 U/μl)24 μl
・Nuclease-Free Water84 μl
・RiboGone Purification Buffer300 μl

キット以外に必要なもの(主なもの)

・Agencourt AMPure PCR Purification Kit(Beckman Coulter社 5 ml 製品コード A63880;60 ml 製品コード A63881)
・Magnetic separation device for 0.2ml PCR tube(製品マニュアル参照)
・80% エタノール

保存

-20℃

用途

次世代シーケンス解析のためのtotal RNAからのrRNA除去

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