FFPE DNA、cfDNA解析用のライブラリー調製キット

ThruPLEX® DNA-Seq HV

  • サンプルを濃縮せずに使用できるシンプルな1チューブワークフロー
  • インプット量によらず再現性が高く、均一なカバレッジ
  • 5~200 ng(インプット量 30 μl)のFFPE由来DNAおよびcfDNAが使用可能
  • GC含量の高い領域もバイアスの少ないパフォーマンス

  • 初めてお使いになる方には、お試し価格でご提供いたします。
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製品コード TaKaRa
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製品名 容量 価格(税別)
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資料
CLN R400741 RB4741 ThruPLEX® DNA-Seq HV
  • New
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
24回 ¥90,000
¥72,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400740 RB4740 ThruPLEX® DNA-Seq HV
  • New
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
96回 ¥330,000
¥264,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400737 RB4737 ThruPLEX® DNA-Seq HV Core Components
  • New
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
24回 ¥80,000
¥64,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400736 RB4736 ThruPLEX® DNA-Seq HV Core Components
  • New
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
96回 ¥280,000
¥224,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400739 RB4739 ThruPLEX® HV UDI 1-24
  • New
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
24回 ¥30,000
¥24,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400738 RB4738 ThruPLEX® HV UDI SetA
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  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
96回 ¥154,000
¥123,200
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

製品説明

ThruPLEX DNA-Seq HVケミストリーは、最大30 μlのインプット量から、高い多様性と均一なGCカバレッジを備えたDNAライブラリーを作製するために最適化されている。
ライブラリー調製には、5~200 ngの断片化された二本鎖DNAを用いることが可能である。3ステップのワークフローは約2時間で、同一チューブまたは同一ウェルで行われ、操作途中の精製ステップやサンプルの移し替えは不要のため、取り扱いミスや貴重なサンプルの損失を防ぐことができる。ThruPLEX DNA-Seq HVライブラリーは、ターゲット濃縮キットと組み合わせることができ、高品質のシーケンス結果を提供できる。ThruPLEX DNA-Seq HVとThruPLEX HV UDI (ユニークデュアルインデックス)を使用することにより、最大96個のライブラリーを混合できるように設計されている。精製および定量化されたライブラリーは多様性が高く、イルミナ社NGS装置に対応している。本キットは、全ゲノムシーケンス、全エクソームシーケンスまたはターゲット濃縮キットと組み合わせることにより、カバレッジの高いシーケンス結果を提供できる。血漿由来のセルフリーDNAやFFPEサンプルからの損傷DNAなど、断片化されたDNAの使用に最適である。

注意)ThruPLEX HV UDI Kitは、ThruPLEX DNA-Seq、ThruPLEX Tag-Seq、ThruPLEX Plasma-Seq Kitなど、従来のバージョンのThruPLEX Kitとは互換性がありません。 ThruPLEX「HV」キットとのみ互換性があります。
すべてのインデックスは、ベースコール用の2または4チャンネルケミストリーを使用するイルミナ社シーケンサーシステム(例:MiSeq、NovaSeq、MiniSeq、NextSeq、およびHiSeqプラットフォーム)で機能することが検証されています。1チャンネルケミストリーを使用するシステム(例:iSeq)では検証されていません。
ThruPLEX DNA-Seq HV の1チューブライブラリー作製のワークフロー
図1.ThruPLEX DNA-Seq HV の1チューブライブラリー作製のワークフロー

ThruPLEX DNA-Seq HVワークフローは、同一チューブ(またはウェル)で行われる3つの簡単なステップで構成されており、操作途中での精製ステップやサンプルの移し替えの必要がない。本キットは、高いインプット容量(30 μl)、最大200 ngまでのサンプルの使用が可能なため、サンプルの濃縮が不要で、多様性の高いライブラリーの作製が可能である。

さまざまなGC含量をもつサンプルから作製したライブラリーの均一なカバレッジ
図2.さまざまなGC含量をもつサンプルから作製したライブラリーの均一なカバレッジ

H. influenzae(インフルエンザ)51907D-5、E. coli(大腸菌)11303、またR.palustris(ロドプソドモナス)BAA-98D-5(ATCC)の各100、50、および5 ngを使用して、ThruPLEX DNA-Seq HVを用いてライブラリーを3連で作製した。AMPureビーズで精製後、NextSeq 150 Cycle Mid Output(2×75 bp)でペアエンドシーケンスを行った。正規化されたカバレッジは色付きの線で表され、各GC%で予想される100 bp領域の数は縦の線で表される。H. influenzaeゲノムのサイズは1.85 Mb、GC含有量は38%。大腸菌ゲノムのサイズは4.7 Mb、GC含有量は51%。R. palustrisゲノムのサイズは5.45 Mb、GC含有量は65%。
GC含量の異なるサンプルにおいても均一なGCカバレッジを示した。

優れたカバレッジの均一性
図3.優れたカバレッジの均一性

HCT116、RKO、およびSW48細胞からプールされたgDNA(Horizon Discovery)の5 ngおよび50 ngを使用してライブラリーを3連で作製した。ライブラリーは、ThruPLEX DNA-Seq HV(ThruPLEX HV)またはA社キットのプロトコールに従った。ペアエンドシーケンスは、NextSeq 500/550 Mid Output Kit v2.5(150サイクル)で行い、リード数はtotal 800万リードにダウンサンプリングした。縦の灰色のバーは、100 bp windowsを用いて予想されるGC含量分布を表している。 ThruPLEX DNA-Seq HVはA社キットより均一なカバレッジを示した。

ホルマリンにより損傷を受けた標準サンプルおよびFFPE由来の標準サンプルを用いたThruPLEX HVとA社キットの平均ターゲットカバレッジの比較
図4.ホルマリンにより損傷を受けた標準サンプルおよびFFPE由来の標準サンプルを用いたThruPLEX HVとA社キットの平均ターゲットカバレッジの比較

Formalin compromised DNA(Horizon Discovery、Cat. No. HD803)とformalin-fixed paraffin-embedded DNA(Horizon Discovery、Cat. No. HD200)を用いて、ThruPLEX DNA-Seq HVおよびA社キットでライブラリーを3連で作製した。作製したライブラリーはAMPureビーズで精製・プール後、ヒトゲノムの800 kbをカバーするIDT社のxGEN Pan Cancer Panelでターゲット領域を濃縮した。NextSeq 500/550 Mid Output Kit v2.5(150サイクル)を用いたペアエンドシーケンスを行い、各ライブラリーはtotal 500万リードにダウンサンプリングし、bowtie2を使用してhg19にアライメントした。バリアントコールにはVarDictを使用して、最小30×のカバレッジと0.5%以上のアレル頻度を含むように解析した。
Formalin compromised DNAを用いた場合はThruPLEX DNA-Seq HVの方が高いカバレッジを示し、formalin-fixed paraffin-embedded DNAの場合は、両キットにおいて同等の性能が示された。

ホルマリンにより損傷を受けた標準サンプルおよびFFPE由来の標準サンプルを用いたThruPLEX HVとA社キットの変異の検出比較
図5.ホルマリンにより損傷を受けた標準サンプルおよびFFPE由来の標準サンプルを用いたThruPLEX HVとA社キットの変異の検出比較

Formalin compromised DNA(Horizon Discovery、Cat. No. HD803)とformalin-fixed paraffin-embedded DNA(Horizon Discovery、Cat. No. HD200)を用いて、ThruPLEX DNA-Seq HVおよびA社キットでライブラリーを3連で作製し、xGEN Pan Cancer Panel(IDT)を使用してターゲット遺伝子の濃縮を行った。3連のうち、少なくとも2連でバリアントを確実に検出された場合に、ポジティブバリアント検出とした。
いずれのインプット量、サンプルにおいても、ThruPLEX DNA-Seq HVはA社キットより多くの変異を検出した。

内容

ThruPLEX DNA-Seq HV (製品コード R400741) (24回):
  • ThruPLEX DNA-Seq HV Core Components(製品コード R400737)
    Control Fragmented Human gDNA (5 ng/μl)
    PBD1
    PED1
    SBD1
    SED1
    ABD1
    AED1
    Nuclease-Free Water
  • ThruPLEX HV UDI 1-24(製品コード R400739)
    ThruPLEX HV UDI 001-024

ThruPLEX DNA-Seq HV (製品コードR400740) (96回):
  • ThruPLEX DNA-Seq HV Core Components(製品コード R400736)
    Control Fragmented Human gDNA (5 ng/μl)
    PBD1
    PED1
    SBD1
    SED1
    ABD1
    AED1
    Nuclease-Free Water
  • ThruPLEX HV UDI Set A(製品コード R400738)
    ThruPLEX HV UDI 001-096

保存

-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

  • サーマルサイクラー
  • 微量高速遠心機
  • PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
  • 1.5 ml 低吸着遠心チューブ
  • ピペットチップ
  • 80% (v/v) エタノール
  • PBS
  • Magnetic rack
  • Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, Cat. No. A63880)

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注意事項
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