低頻度変異解析用UMI付きライブラリー調製キット

ThruPLEX® Tag-Seq HV

  • サンプルを濃縮せずに使用できるシンプルな1チューブワークフロー
  • インプット量によらず、再現性が高く、均一なカバレッジ
  • 5~200 ng(インプット量:30 μl)のFFPE由来DNAおよびcfDNAを使用可能
  • GC含量の高い領域もバイアスの少ないパフォーマンス
  • 分子バーコード(UMI)搭載:
    - 高感度で信頼性の高い低頻度変異の検出
    - シーケンス及び増幅エラーの低減

UMIの解析方法
 

製品説明動画
メーカー
略称
製品コード TaKaRa
Code
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書
データシート
ベクター情報
参考
資料
CLN R400742 RB4742 ThruPLEX® Tag-Seq HV
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
24回 ¥135,000
¥108,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400743 RB4743 ThruPLEX® Tag-Seq HV
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
96回 ¥485,000
¥388,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400734 RB4734 ThruPLEX® Tag-Seq HV Core Components
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
24回 ¥130,000
¥104,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400735 RB4735 ThruPLEX® Tag-Seq HV Core Components
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
  • ライセンス
96回 ¥460,000
¥368,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400739 RB4739 ThruPLEX® HV UDI 1-24
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
24回 ¥30,000
¥24,000
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報
CLN R400738 RB4738 ThruPLEX® HV UDI SetA
  • NGS関連 -DNAシーケンス編-
96回 ¥154,000
¥123,200
2020/05/25~
2020/08/31

説明書・データシート・ベクター情報

※色文字での表示は、キャンペーン価格およびそのキャンペーン期間です。

製品説明

ThruPLEX Tag-Seq HVケミストリーは、最大30 μlのインプット量から、高い多様性と均一なGCカバレッジを備えたDNAライブラリーを作製するために最適化されている。
ライブラリー調製には、5~200 ngの断片化された二本鎖DNAを用いることが可能である。3ステップのワークフローは約2時間で、同一チューブまたは同一ウェルで行われ、操作途中の精製ステップやサンプルの移し替えは不要のため、取り扱いミスや貴重なサンプルの損失を防ぐことができる。ライブラリーの多様性が高いため、ThruPLEX Tag-Seq HVライブラリーは、ターゲット濃縮キットと組み合わせることができ、高品質のシーケンス結果を提供できる。
ThruPLEX Tag-Seq HVは個別の分子バーコード(UMI)を付加することにより、増幅およびシーケンスエラーの修正が可能であり、低頻度の変異を検出する際に有用である。本システムに含まれるUMIは均一な使用頻度になるように選択され、シーケンス結果において最も良い結果を提供できる。
ThruPLEX Tag-Seq HVとThruPLEX HV UDI(ユニークデュアルインデックス)を使用することにより、最大96個のライブラリーを混合できるように設計されている。精製および定量化されたライブラリーは、イルミナ社NGSに対応している。本キットはターゲット濃縮キットと組み合わせることにより、カバレッジの高いシーケンス結果を提供できる。血漿由来のセルフリーDNAやFFPEサンプルからの損傷DNAなどの断片化されたDNAでの使用に最適である。

注意)ThruPLEX HV UDIは、ThruPLEX DNA-Seq、ThruPLEX Tag-Seq、ThruPLEX Plasma-Seq Kitなど、従来のバージョンのThruPLEX Kitとは互換性がありません。ThruPLEX「HV」キットとのみ互換性があります。
すべてのインデックスは、ベースコール用の2または4チャンネルケミストリーを使用するイルミナシーケンサーシステム(例:MiSeq、NovaSeq、MiniSeq、NextSeq、およびHiSeqプラットフォーム)で機能することが検証されています。1チャンネルケミストリーを使用するシステム(例:iSeq)では検証されていません。
ThruPLEX Tag-Seq HV の1チューブライブラリー作製のワークフロー
図1.ThruPLEX Tag-Seq HV の1チューブライブラリー作製のワークフロー

ThruPLEX Tag-Seq HVのワークフローは、同一チューブ(または同一ウェル)で行われる3つの簡単なステップで構成されており、操作途中での精製ステップやサンプルの移し替えの必要がない。本キットは、高いインプット容量(30 μl)、最大200 ngまでのサンプルの使用が可能なため、サンプルの濃縮が不要で、多様性の高いライブラリーの作製が可能である。

144個の個別UMIが含まれるThruPLEX Tag-Seq HV
図2.144個の個別UMIが含まれるThruPLEX Tag-Seq HV

PCRとシーケンスエラーに起因する偽陽性のコールを減らすことができ、バリアントコールのあいまいさを排除することができる。

ThruPLEX Tag-Seq HV UMI設計ストラテジー
図3.ThruPLEX Tag-Seq HV UMI設計ストラテジー

Panel A.イルミナプラットフォームで高品質なシーケンスが確保できるUMIを選択
Panel B.50 ng(紫色)と5 ng(緑色)のDNAインプット量で、UMI使用頻度が均一に得られるように濃度を最適化


表1 UMIアルゴリズムを使用して同定されたバリアント
GeneAmino
acid
change
Expected allele
frequency 0%
Expected allele
frequency 1%
Expected allele
frequency 5%
EGFRG719S0.0%0.0%1.4%1.5%6.2%5.9%
EGFRL858R0.0%0.0%1.0%1.6%5.5%6.1%
EGFRL861Q0.0%0.0%0.7%1.6%2.2%2.2%
KRASG12D0.0%0.0%1.3%0.5%4.1%3.7%
NRASQ61K0.0%0.0%2.9%1.9%6.3%4.8%
PIK3CAE545K0.0%0.0%0.4%1.0%4.2%6.3%
10 ngのQuan-Plex Patient-like ctDNA Reference Standard(AccuRef Diagnostics社、Cat. No. ARF-1003CT)と本キットを使用してライブラリーを作製後、xGen Pan Cancer Panel(IDT社)を使用してターゲット遺伝子を濃縮した。NextSeq500でシーケンス後、total 3,000万リードになるようにダウンサンプリングし、Bowtie2を使用してhg19にアライメントした。UMIの解析はfgbio toolを使用し、バリアントはVarDictを使用してコールされ、SnpEffによりアノテーションされた。各アレル頻度(0、1、5%)のサンプルのオンターゲット率は各々79%(データ示さず)であり、UMIによるターゲットのカバレッジは506-583(データ示さず)の範囲であった。アレル頻度1%、5%のサンプルでは予想された頻度の変異が検出され、0%のサンプルでは変異は検出されず、Quan-Plex Patient-like ctDNA Reference Standardで検証済み置換バリアントのみが検出された。

内容

ThruPLEX Tag-Seq HV(製品コード R400742)(24回)
  • ThruPLEX Tag-Seq HV Core Components(製品コード R400734)
    Control Fragmented Human gDNA (5 ng/μl)
    PBT1
    PET1
    SBT1
    SET1
    ABT1
    AET1
    Nuclease-Free Water
  • ThruPLEX HV UDI 1-24(製品コード R400739)
    ThruPLEX HV UDI 001-024

ThruPLEX Tag-Seq HV (製品コード R400743) (96回)
  • ThruPLEX Tag-Seq HV Core Components(製品コード R400735)
    Control Fragmented Human gDNA (5 ng/μl)
    PBT1
    PET1
    SBT1
    SET1
    ABT1
    AET1
    Nuclease-Free Water
  • ThruPLEX HV UDI Set A(製品コード R400738)
    ThruPLEX HV UDI 001-096

保存

-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

・サーマルサイクラー
・微量高速遠心機
・PCRチューブまたは 96-well PCRプレートとシール
・1.5 ml低吸着遠心チューブ
・ピペットチップ
・80% (v/v) エタノール
・PBS
・Magnetic rack
・Agencourt AMPure XP beads (Beckman Coulter, Cat No.A63880)

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注意事項
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