de novo ゲノム解析
参考文献
バクテリアを各種アセンブラでアセンブルした結果の比較
・Benchmarking of long-read assemblers for prokaryote whole genome sequencing.
Wick RR, Holt KE. F1000Res. 2019;8:2138. Published 2019 Dec 23. doi:10.12688/f1000research.21782.2
Flyeアセンブラ(200 Mb以下のゲノムに使用)
・Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs.
Kolmogorov M, Yuan J, Lin Y, Pevzner PA. Nat Biotechnol. 2019;37(5):540-546. Published 2019 Apr 01. doi:10.1038/s41587-019-0072-8
Hifiasmアセンブラ(200 Mb以上)
HiFi Readを使用することによるナノポアシーケンスに対する優位性(精度の違い)についても評価されています。
・Comparison of the two up-to-date sequencing technologies for genome assembly: HiFi reads of Pacbio Sequel II system and ultralong reads of Oxford Nanopore
Dandan Lang, Shilai Zhang, Pingping Ren, Fan Liang, Zongyi Sun, Guanliang Meng, Yuntao Tan, Jiang Hu, Xiaokang Li, Qihua Lai, Lingling Han, Depeng Wang, Fengyi Hu, Wen Wang, Shanlin Liu
bioRxiv 2020.02.13.948489; doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.13.948489
・Benchmarking of long-read assemblers for prokaryote whole genome sequencing.
Wick RR, Holt KE. F1000Res. 2019;8:2138. Published 2019 Dec 23. doi:10.12688/f1000research.21782.2
Flyeアセンブラ(200 Mb以下のゲノムに使用)
・Assembly of long, error-prone reads using repeat graphs.
Kolmogorov M, Yuan J, Lin Y, Pevzner PA. Nat Biotechnol. 2019;37(5):540-546. Published 2019 Apr 01. doi:10.1038/s41587-019-0072-8
Hifiasmアセンブラ(200 Mb以上)
HiFi Readを使用することによるナノポアシーケンスに対する優位性(精度の違い)についても評価されています。
・Comparison of the two up-to-date sequencing technologies for genome assembly: HiFi reads of Pacbio Sequel II system and ultralong reads of Oxford Nanopore
Dandan Lang, Shilai Zhang, Pingping Ren, Fan Liang, Zongyi Sun, Guanliang Meng, Yuntao Tan, Jiang Hu, Xiaokang Li, Qihua Lai, Lingling Han, Depeng Wang, Fengyi Hu, Wen Wang, Shanlin Liu
bioRxiv 2020.02.13.948489; doi: https://doi.org/10.1101/2020.02.13.948489
