de novo ゲノム解析

• ロングリードシーケンサーを用いた高精度なゲノム配列構築が可能
• 微生物から高等生物まで豊富な実績
• 有用遺伝子の探索や比較解析など情報解析も充実

ゲノムDNAをご提供いただき、PacBioロングリードシーケンサーを用いてシーケンスデータを取得します。HiFiリード^*1を用いた解析により、高精度なコンティグ配列を取得します。アセンブルにより非モデル生物のゲノム配列を構築します。
構築されたゲノム配列は、参照ゲノム配列として、また有用遺伝子の探索や遺伝子クラスターの解明、変異解析など様々な解析にご利用いただけます。

＊1 HiFiリード（CCS：Circular Consensus Sequencing）
約15～20 kbのライブラリーのインサート領域を複数回読み取り、精度99％以上（QV20以上）を満たす配列のみを抽出した、高精度な塩基配列データ。

◆ゲノムサイズとアセンブルソフトウェア
生物種のゲノムサイズや解析の目的に応じて、取得データ量を選択していただけます。

ゲノムサイズ	ゲノムサイズに対する 推奨冗長度	アセンブル ソフトウェア	納品配列
～20 Mb	約50倍	Flye	コンティグ配列
～100 Mb	約50倍	IPA
100 Mb～	約20倍	Hifiasm

※シーケンスのデータ量は、検体のゲノム品質によって変わるため、データ量の保証は行っておりません。

【オプションサービス】

• ゲノムDNA抽出
• 遺伝子予測解析
  CDS領域、non-coding領域、tRNA領域の予測、アノテーション情報取得などを行います。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ（BAM形式、fastq形式）
• アセンブル結果^＊2（fasta形式、HTML形式）
• K-merゲノムプロファイル^＊2（PNG形式）

＊2 情報解析をご依頼の場合

検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記⼊の上、電⼦メールにてこちらへご送付ください。

依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

• 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
• 解析生物に関する情報提供用紙（Excel）
  ※細菌、真菌、ウイルス、原虫および寄生虫を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「解析生物に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。弊社ではバイオセーフティーレベル3以上の生物および安全性が確認できない検体については受け入れできません。ご了承ください。

検体送付
・解析検体ならびに依頼書を下記検体送付先へご送付ください。
・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
・DNA検体の場合は保冷剤梱包の冷蔵便（4℃）で、組織・菌体等の検体の場合は凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便で送付ください。

• 組織、菌体、酵母
  40 mg以上、100 mg程度
  
  • 核酸抽出・精製を参考にしてください。


• ゲノムDNA
  以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。

  検体量	濃度	純度
  		OD260/ OD280	OD260/ OD230
  13 μg以上	50 ng/μl以上	1.6 以上

  • DNAはReduced EDTA TE buffer（10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0）もしくは滅菌水に溶解してください。
  • DNA抽出はフェノール／クロロフォルム法または長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、できるだけ早く検体をご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
  • パルスフィールドゲルまたは0.3％アガロースゲル電気泳動にて50 kb以上に明瞭なバンドが検出され、分解および低分子の混入がみられないことをご確認ください。
  • 上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■検体送付容器について
　ゲノムDNA検体は1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。