NovaSeq6000 (SP試薬使用) |
NovaSeq6000 (S4試薬使用) |
PacBio Sequel II | |
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1リード長 | 150 base | 150 base | 約20,000 base~ |
リード数 | 約6.6億リード (1レーンあたり) *1 |
約40億リード (1レーンあたり) *1 |
約400万リード (1セルあたり) |
データ量 | 約100 Gbase (1レーンあたり) *1 |
約600 Gbase (1レーンあたり) *1 |
CLR約130 Gbase CCS約24 Gbase (1セルあたり) |
解析手法 | Sequencing by Synthesis法 | SMRT*2 sequencing法 | |
解析単位 | ・1レーンから | ・1レーンから ・相乗り |
・1セルから ・相乗り |
アプリケーション例 | ・全ゲノムシーケンス解析 ・エクソーム解析 ・ゲノム変異解析 ・RNA-Seq解析 ・cDNA配列解析 |
・ゲノム配列解析 ・cDNA配列解析 ・Ampliconシーケンス |
Ion PGMシステム | Ion GeneStudio S5 | MiSeq | |
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Ion 318 chip | Ion 540 chip | ||
1リード長 | ~200 base | ~200 base | 150/250/300 base |
リード数 | 約400万リード (1ランあたり) |
約7,000万リード (1ランあたり) |
約3,000万リード (1ランあたり) *1 |
データ量 (リード長 200 baseの場合) |
約800 Mbase (1チップあたり) |
約12.5 Gbase (1チップあたり) |
約4.5~9 Gbase (1ランあたり) *1 |
解析手法 | Ion semiconductor sequencing法 | Ion semiconductor sequencing法 | Sequencing by Synthesis法 |
解析単位 | ・1チップから | ・1チップから | ・1ランから ・相乗り(細菌叢解析) |
アプリケーション例 | ・癌遺伝子などの変異解析 (50遺伝子をターゲットとしたCancer Panelなど) |
・癌遺伝子などの変異解析 (400遺伝子をターゲットとしたCancer Panelなど) |
・微生物の新規ドラフト配列決定 ・癌遺伝子などの変異解析 ・PCR産物のシーケンス ・細菌叢解析 |
ゲノム配列解析
ゲノム変異解析
融合遺伝子解析
ヒト全ゲノムシーケンス/ヒトエクソーム解析
トランスジーンの挿入位置同定
RNA-Seq解析/SMART-Seq解析
クロマチン免疫沈降サンプルの解析(ChIP-Seq)
16S rRNA PCRサンプルの解析(細菌叢解析)
プレート単位塩基配列解析
DNAメチル化解析(NGS)
メタゲノム解析
Amplicon Sequence解析
SMART-Seq解析
miRNAシーケンス解析
相乗りシーケンス解析
ロングリードRNA-Seq解析(Iso-Seq)
ゲノムシーケンスデータを用いたHLAタイピング解析
de novo RNA-Seq解析(cDNA配列解析)
ICELL8 シングルセル解析
ATAC-Seq解析