各種シーケンサーの特長

NovaSeq 6000/MiSeqによる解析

物理的に数百baseに断片化したDNAからライブラリーを作製してフローセルに結合させ、Sequencing by Synthesis法による2色または4色蛍光検出により塩基配列を一挙に解析します。NovaSeq 6000 S4試薬の場合、1フローセルあたり約2,400 Gbase、および約160億リードの塩基配列データの取得が可能です。MiSeqの場合、最大9 Gbaseおよび3,000万リードの塩基配列データの取得が可能です。

PacBio Sequel IIによる解析

物理的に断片化した長鎖DNAからライブラリーを作製して、1分子リアルタイム(Single Molecule Real-Time; SMRT)DNAシーケンスを行います。長鎖の解析リード長を誇り、約50 kbのシーケンスデータを得ることが可能です(CLRモード)。約15~20 kbのライブラリーのインサート領域を複数passシーケンスして得られるQV20以上の精度の高いリードでの解析が可能です(CCSモード)。また、1分子を鋳型にシーケンスを行うため、増幅バイアスを無くすことができます。新規ゲノム配列解析だけでなく、スプライシングバリアントの検出目的としてcDNA配列解析などにも有効です。

<機器の特長>
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 NovaSeq 6000
(SP試薬使用)
NovaSeq 6000
(S4試薬使用)
MiSeq PacBio Sequel II
1リード長 150 base 150 base 150/250/300 base 約20,000 base~
リード数 約6.6億リード
(1レーンあたり)*1
約40億リード
(1レーンあたり)*1
約3,000万リード
(1ランあたり)*1
CCS 約150万リード
(1セルあたり)
データ量 約100 Gbase
(1レーンあたり)*1
約600 Gbase
(1レーンあたり)*1
約4.5~9 Gbase
(1ランあたり)*1
CLR 約100 Gbase
CCS 約20 Gbase
(1セルあたり)
解析手法 Sequencing by Synthesis法 SMRT*2 sequencing法
解析単位 ・1レーンから ・1レーンから
・相乗り
・1ランから
・相乗り(細菌叢解析)
・1セルから
・相乗り
アプリケーション例 ・全ゲノムシーケンス解析
・エクソーム解析
・ゲノム変異解析
・RNA-Seq解析
・全ゲノムメチル化解析
・癌遺伝子などの変異解析
・PCR産物のシーケンス
・細菌叢解析
・ゲノム配列解析
・cDNA配列解析
・Ampliconシーケンス
*1 ペアエンド解析を行います。
*2 SMRTはSingle Molecule Real-Timeの略になります。

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