RNA-Seq解析

次世代シーケンサーを用いたWhole Transcriptome解析
＜お知らせ＞

2024/08/16
mRNA対象（polyA RNA対象）のRNA-Seqで使用していたライブラリーキット「SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit」が終売になり、後継品「SMART-Seq mRNA」を用いた解析となります。
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特長

  • SMART-Seq mRNA使用で微量検体の遺伝子発現解析も可能
  • SMART-Seq Stranded Kitで、FFPE由来など分解が進んだRNAの解析に対応
  • スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等の検体を提供いただき、RNAの品質や納期のご要望に応じて最適な方法でライブラリー作製を行います。作製したライブラリーはNovaSeq（イルミナ社）を用いてシーケンスし、シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で発現解析を行います。

■サービス詳細は技術資料をご覧ください（閲覧にはWEB会員ログインが必要です）。
RNA-Seq解析、SMART-Seq解析ウェブ会員限定資料

■RNA-Seq納品データと解析例の動画をご覧ください。



オプション　検体調製

  • 細胞・組織からのRNA調製
  • rRNA除去作業
    polyAの付与されていないRNAを解析する際に、total RNAよりrRNAを予め除去します。Human, mouse, rat, bacteriaに対応しています。
  • グロビン除去作業
    ヒト全血由来のRNAより、グロビンmRNAの除去を行います。


オプション　情報解析（バイオインフォマティクス）

  • マッピング
    マッピング結果はBAM形式ファイルで納品します。BAM形式ファイルはIGV等でご確認いただけます。
    ※情報解析の内容によっては、ビューアーの種類が異なる場合があります。
    RNA-seq解析 Mapping結果表示例
  • クラウドデータマイニング（Expression Miner 2.0）
    クラウド上にアップロードしたRNA-Seqの発現解析結果から、比較解析、統計検定を自身で簡単に行えるクラウド解析サービスです。比較解析結果から変動遺伝子を抽出、エンリッチメント解析を行うことも可能で、バイオインフォマティクスの知識がなくても簡単に解析できます。
  • 融合遺伝子解析
    癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、RNA-Seqの配列データから行います。
  • Virome（ウイルス叢）の網羅的解析
    ヒトRNA-Seqデータより、シーケンスデータに含まれるRNAウイルスを検出します。検出されるウイルス種は、ライブラリー作製手法に依存します。

■チラシをご覧ください。
注目の受託サービス特集
注目の受託サービス特集パンフレット

価格・納期

【ライブラリー作製＋シーケンス解析】　※作製済みライブラリー提供シーケンスのみのご依頼を希望の場合はこちら
ライブラリー データ量 参考価格 納期
◎mRNA対象（polyA RNA対象）
SMART-Seq mRNA
　　　　＋
Nextera XT DNA Library Prep Kit 		4,000万リード／検体 1～5検体まで：￥235,000／一式
6～48検体：￥47,000／検体		 約2週間～
★短納期
◎total RNA対象（non polyA RNAも含む）
SMART-Seq Stranded Kit
※FFPE由来の分解が進んだRNAにも対応		 6.6億リード 2検体：￥332,000
4検体：￥404,000
8検体：￥548,000		 約6～8週間
※ライブラリー作製＋シーケンス解析ではfastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
※上記試薬以外でのライブラリ―作製をご希望の場合は、別途お問い合わせください。

【遺伝子発現量解析】
参照ゲノム配列にシーケンスリードをマッピングし、各遺伝子・transcriptの発現量を算出したファイルを納品いたします。
検体数／データ量 参考価格 参考納期 備考
4,000万リード／検体 1～48検体　無償
（シーケンス解析に付属しています。）		 追加納期は発生しません。 対象生物種： ヒト、マウス
※49検体以上はお問い合わせください。
16検体／6.6億リード ￥140,000 ＋10営業日 対象生物種： ヒト、マウス以外
※遺伝子発現量解析の価格は、解析に使用する参照ゲノム配列により変動いたします。


＜短納期プランについて＞
・オンライン注文限定のサービスです。
・カレンダーをご確認の上、オンライン注文にてご依頼ください。オンライン注文はこちら

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短納期カレンダー

◆ … 検体到着期限日（この日の午前中までの必着で送付してください。オンライン注文は、到着期限の前営業日の12時までに行ってください。）
● … データ発送予定日（発送予定日は状況により前後する場合がございます。）

◆の午前中までの検体到着で、●発送予定
※発送予定日は前後する場合がございます。
※オプションをご依頼の場合は、納期が変わります。
※受け入れ検体数が上限に達した場合、次のランスケジュールでの実施となります。

＜短納期プラン　注意事項＞
・RNAの量・品質に問題がない場合は、そのまま解析を進めます。
・核酸抽出からご依頼の場合は、核酸抽出作業が終了後、直近のランスケジュールにて対応します。
・情報解析をあわせてご依頼の場合は、カレンダー発送予定日より追加のお時間をいただきます。
・オンライン注文時の情報入力に不備があった場合や受入れ検体数(※検体到着順)が上限に達した場合、次のランスケジュールで実施となります。
・解析中止となりました場合には、それまでの作業代金を申し受けます。
・納品予定カレンダーは、その他受託状況により変更することがございます。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式（fastq）
  • 発現解析結果、マッピング結果ファイル等

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やWEB納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、検体の形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
    　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文　※短納期プランの場合はオンライン注文にてお申込みください。
    ・検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • 検体送付
    ・解析検体ならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記の検体送付先へご送付ください。
    ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。
    ・RNA検体送付手順は下記をご確認ください。
    短納期RNA-Seq解析をご依頼の場合：送付キットを利用したRNA検体送付手順
    その他のRNA-Seqをご依頼の場合：RNA検体送付手順

受入検体

  • total RNAなど

    以下の点にご注意の上、解析検体を調製してください。
    横にスクロールできます

    		アプリケーション種類 RNA量 濃度（目安） 液量（目安） 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA ｍRNA対象
    SMART-Seq mRNA＋Nextera XT
    DNA Library Prep Kit    		 50 ng以上 1.7 ng/μl以上＊1
    100 ng/μL以下    		 30 μl以上＊1 1.6以上
    total RNA対象
    SMART-Seq Stranded Kit    		 50 ng以上 3 ng/μl以上 17 μl以上
    組織・細胞 組織：～5 mg または 5～30 mg（目安）＊2
    細胞：～105 cells または 105～5×106 cells（目安）＊2

    ＊1 短納期プランでは、自動分注機を使用し、プレート単位で作業を実施します。液量調整のため加水処理を実施し作業を行います。RNA量・濃度が基準に満たない場合は事前にご相談ください。

    ＊2 組織重量または細胞数によって使用する試薬が変わる場合がございますので、別途お問い合わせください。


    ・RNA検体はRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・検体調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    ・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことを予めご確認ください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■検体送付容器について
・RNA検体は1.5 mlチューブでご送付ください。0.5 mlチューブ、PCRチューブ、8連チューブでの提供はご遠慮ください。
　9検体以上の場合は、96 wellプレートでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
　※プレートは弊社より提供可能（無償）です。ご希望の方はお問い合わせください。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）

ご留意事項

・ ご送付いただいたRNA検体はアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・ ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。
・ お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

関連製品・受託

ヒト試料・情報の取り扱いについて
次世代シーケンス（NGS）解析受託
各種シーケンサーの特長
NGSオンライン注文対応サービス
ライブラリー受入シーケンス（NGS）解析
核酸抽出・精製
データマイニング
クラウドデータマイニング（Expression Miner 2.0）
融合遺伝子解析
ロングリードRNA-Seq解析（Iso-Seq）
シングルセル解析
de novo RNA-Seq解析（cDNA配列解析）
空間トランスクリプトーム解析（Spatial Transcriptomics）
リアルタイムPCR用プライマー・プローブ合成
miRNA-Seq解析
ネオアンチゲン予測解析
メタボローム解析
Virome（ウイルス叢）の網羅的解析
シングルセル空間解析
空間トランスクリプトーム解析（全トランスクリプトーム空間解析）
空間トランスクリプトーム解析（シングルセル空間マッピング）

RNA-Seq解析 Q&A

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。