RNA-Seq解析／SMART-Seq解析

次世代シーケンサーを用いたWhole Transcriptome解析

■お問い合わせ窓口

お問い合わせ
※2020年8月より、遺伝子発現量の解析方法を変更いたしました。
・解析に使用するツールをDragenに変更しました。
・解析に使用する標準の参照配列をEnsembl (GENECODE)に変更しました。
　過去データとの比較をご希望の場合は弊社担当にご相談ください。

特長

  • 既知遺伝子の発現定量解析に
  • 微量検体の遺伝子発現定量解析が可能
  • スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応

概要

次世代シーケンサーによるRNA-Seq解析を行い、遺伝子単位だけではなく転写産物単位での発現定量解析を行います。また、1～1,000細胞またはpgオーダのtotal RNAなどの微量検体からcDNAを調製することができるSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencingを用いて、微量組織、ソーティング細胞などから調製されたtotal RNAをバイアス少なく増幅し、遺伝子発現解析も可能です。FFPE組織／LCM由来など分解の進んだRNAにはSMART-Seq Stranded Kitを用いることで対応可能です。

■チラシをご覧ください。

相乗りシーケンス（NGS）解析

SMART-Seq解析受託サービス
SMART-Seq解析受託サービス

遺伝子発現解析受託
遺伝子発現解析受託

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等のサンプルを提供いただき、RNA量や納期のご要望に応じて最適な方法でライブラリー作製を行います。作製したライブラリーはNovaSeq 6000（イルミナ社）を用いてシーケンスし、シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で発現解析を行います。必要に応じて融合遺伝子の検出も可能です。本解析では、エキソン間をまたぐリードやマルチヒットリードの取り扱いなどを工夫することにより、正確な遺伝子発現解析を可能にしています。

  • 作業の流れ

  • 配列情報、発現情報
    遺伝子単位またはtranscript単位での発現情報（TPM）とそのリード数などをExcel表示形式で納品いたします。 SMART-Seq相乗り短納期解析をご依頼いただいた場合は、追加費用不要で発現解析結果まで納品いたします＊。
    ＊ヒト、マウスの場合のみ、BAMファイルは納品されません。ヒト、マウス以外の生物種またはBAMファイルが必要な場合は別途情報解析費用が必要です。

    遺伝子発現解析結果例
    RNA-seq解析 新規遺伝子発現解析例

    *アノテーション情報には以下が含まれます。
    　Gene Name
    　Gene Type
    　各ID（Entrez Gene ID,Trasncript ID）
    　Description
    　Gene Ontology情報
    　パスウェイ情報

【オプションサービス】
  • マッピング結果
    マッピング結果をIGV等でご確認いただけます。
    ※ 情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。

    Mapping結果表示例（IGV）
    RNA-seq解析 Mapping結果表示例

  • 細胞・組織からのRNA調製
  • 融合遺伝子解析
    癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-Seqの配列データから行います。
  • rRNA除去作業
    polyAの付与されていないRNAを解析する際に、total RNAよりrRNAを予め除去します。生物種によって対応できない場合もございます。お問い合わせください。
  • データマイニング
    各種統計検定による変動遺伝子抽出（群間比較、クラスタリング、パターン解析）、GOやパスウェイ解析による遺伝子機能解析など、実験デザイン・ご希望に応じた手法での解析を実施します。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
相乗りシーケンス解析ページをご参照ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 発現情報、マッピング結果ファイル等
    ※2020年8月より、遺伝子発現量の解析方法を変更いたしました。
    ・解析に使用するツールをDragenに変更しました。
    ・解析に使用する標準の参照配列をEnsembl (GENECODE)に変更しました。
    　過去データとの比較をご希望の場合は弊社担当にご相談ください。

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」
    ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
    　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • total RNAなど

    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
    横にスクロールできます

    		サンプル量 液量（目安） 純度
    OD260/OD280 OD260/OD230
    total RNA 50 ng以上 25 μl以上 1.6以上
    cDNA 5 ng以上 10 μl以上
    組織・細胞 別途ご相談ください
    ・TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit （イルミナ社）での解析を希望の場合は哺乳類の場合4 μg以上、
    　それ以外の生物種の場合8 μg以上のtotal RNAをご提供ください。
    ・cDNAはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit/SMART-Seq HT Kit/SMART-Seq Single Cell Kitで増幅した産物を送付ください。
    　分解の進んだサンプルの場合はSMART-Seq Stranded Kitにて調整したライブラリーをご送付ください。
    ・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    ・DNase処理を実施してください。
    ・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
    ・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことを予めご確認ください。
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■サンプル送付容器について
・RNAサンプルは1.5 mlチューブでご送付ください。
　24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・SEAL ＆ SAMPLE　Aluminium foil Lid(Biomek社, No. 538619)

ご留意事項

・ ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・ ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・ お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
KEGGデータベース利用に関するライセンスについてはこちらをご確認ください。

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注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。