RNA-Seq解析／SMART-Seq解析

次世代シーケンサーを用いたWhole Transcriptome解析

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※2020年8月より、遺伝子発現量の解析方法を変更いたしました。
・解析に使用するツールをDragenに変更しました。
・解析に使用する標準の参照配列をEnsembl (GENECODE)に変更しました。
　過去データとの比較をご希望の場合は弊社担当にご相談ください。

特長

微量検体の遺伝子発現解析も可能
スプライシングバリアントや融合遺伝子の検出にも対応
ヒト・マウスの発現量算出は無償（SMART-Seq解析のみ）

サービス内容

total RNAまたは組織・細胞等のサンプルを提供いただき、RNA量や納期のご要望に応じて最適な方法でライブラリー作製を行います。作製したライブラリーはNovaSeq 6000（イルミナ社）を用いてシーケンスし、シーケンスデータは参照ゲノム配列にマッピングし、遺伝子単位・transcript単位で発現解析を行います。必要に応じて融合遺伝子の検出も可能です。

■サービス詳細は技術資料をご覧ください（閲覧にはWEB会員ログインが必要です）。
RNA-Seq解析、SMART-Seq解析ウェブ会員限定資料

オプション　サンプル調製

細胞・組織からのRNA調製
rRNA除去作業
polyAの付与されていないRNAを解析する際に、total RNAよりrRNAを予め除去します。生物種によって対応できない場合もございます。

オプション　情報解析（バイオインフォマティクス）

マッピング
マッピング結果はBAM形式ファイルで納品します。BAM形式ファイルはIGV等でご確認いただけます。
※情報解析の内容によっては、ビューワの種類が異なる場合があります。
データマイニング
各種統計検定による変動遺伝子抽出（群間比較、クラスタリング、パターン解析）、GOやパスウェイ解析による遺伝子機能解析など、実験デザイン・ご希望に応じた手法での解析を実施します。
クラウドデータマイニング解析（Expression Miner 2.0）
クラウド上にアップロードしたRNA-Seqの発現解析結果から、比較解析、統計検定を自身で簡単に行えるクラウド解析サービスです。比較解析結果から変動遺伝子を抽出、エンリッチメント解析を行うことも可能で、バイオインフォマティクスの知識がなくても簡単に解析できます。
Fusion Gene解析
癌などの疾患に関与する網羅的な融合遺伝子の検出を、mRNA-Seqの配列データから行います。

価格・納期

【シーケンス解析】　※作製済みライブラリー提供シーケンスのみのご依頼を希望の場合はこちら

サービス内容	ライブラリー	データ量	参考価格	納期
SMART-Seq解析短納期プラン	◎mRNA対象 SMART-Seq v4 Ultra Low Input Kit＋ Nextera XT DNA Library Prep Kit	4,000万リード／検体	4検体まで：￥120,000／検体 8検体：￥66,250／検体 16検体：￥50,625／検体	約2週間～ ★短納期
SMART-Seq解析通常納期プラン		4,000万リード／検体	32検体：￥44,063／検体 48検体：￥40,500／検体 ※17検体以上の場合、短納期プランより価格がお得になります。	約6～8週間
RNA-Seq解析一定データ量プラン	◎mRNA対象 TruSeq Stranded mRNA Library Prep Kit	6.6億リード	2検体：￥354,000 4検体：￥458,000 8検体：￥666,000 16検体：￥1,082,000	約5～7週間
RNA-Seq解析一定データ量プラン	◎total RNA対象 SMART-Seq Stranded Kit	6.6億リード	2検体：￥322,000 4検体：￥394,000 8検体：￥538,000	約6～8週間

※シーケンス解析ではFastqファイルを納品いたします。情報解析はオプションでお申し込みください。
※データ量はあくまでも目安となります。保証するものではございません。
※短納期プランご依頼で、情報解析のオプション無しの場合、「WEB納品」にご依頼いただけます。通常価格より5,000円お値引きさせていただきます。注意事項をご確認の上、ご選択ください。

【既知遺伝子発現解析】　※2020年8月より解析方法を変更いたしました。
参照配列にシーケンスリードをマッピングし、既知遺伝子の発現量を算出したファイルを納品いたします。

サービス内容	情報解析	検体数／データ量	参考価格	参考納期	備考
SMART-Seq解析短納期プラン	既知遺伝子発現解析	4,000万リード／検体	無償（シーケンス解析に付属しています。）	追加納期は発生しません。	対象生物種：ヒト、マウス
SMART-Seq解析短納期プラン	既知遺伝子発現解析	16検体／6.6億リード	￥140,000	＋10営業日	対象生物種：ヒト、マウス以外
RNA-Seq解析一定データ量プラン	既知遺伝子発現解析	16検体／6.6億リード	￥140,000	＋10営業日	対象生物種：ヒト、マウス、ラット、イネ、シロイヌナズナ等

※既知遺伝子発現解析の価格は、解析に使用する参照配列により変動いたします。

＜短納期プランについて＞

・オンライン注文限定のサービスです。一度に最大96検体をご依頼いただけます。
・カレンダーをご確認の上、オンライン注文にてご依頼ください。オンライン注文はこちら

短納期カレンダー2021年10月

短納期カレンダー2021年11月

短納期カレンダー2021年12月

短納期カレンダー2022年1月

◆ … サンプル到着期限日（この日の午前中までの必着で送付してください。オンライン注文は、到着期限の前営業日の12時までに行ってください。）
● … データ発送予定日（発送予定日は状況により前後する場合がございます。）

＜短納期プラン　注意事項＞
・SMART-Seq解析をご依頼の場合、RNAの品質検定は実施せず、記載いただいたサンプル情報にて作業を進めます。品質検定をご希望の場合は、オプション（無償）の「提供サンプルの品質検定」をご依頼ください。ランスケジュール2回分の納期をいただきます。
・核酸抽出からご依頼の場合は、核酸抽出作業が終了後、直近のランスケジュールにて対応します。
・情報解析をあわせてご依頼の場合は、カレンダー発送予定日より＋10営業日程度お時間をいただきます。
・オンライン注文時の情報入力に不備があった場合や受入れ検体数(※サンプル到着順)が上限に達した場合、次のランスケジュールで実施となります。
・解析中止となりました場合には、それまでの作業代金を申し受けます。
・納品予定カレンダーは、その他受託状況により変更することがございます。

納品物

作業報告書
シーケンスデータ一式
発現解析結果、マッピング結果ファイル等
※2020年8月より、遺伝子発現量の解析方法を変更いたしました。

※ WEB納品ご選択時の注意事項
・WEB納品システムの対応ブラウザは、Google Chromeです。
・各ファイルのダウンロードは1回のみです。
・シーケンスデータはサイズが大きいため時間を要する場合がございます。
　事前に回線速度を測定し、ご確認の上、ご依頼ください。

・推奨回線速度計測サイト：https://www.musen-lan.com/speed/speed-img.html
・測定結果が20 Mbpsの場合：20分／サンプル、50 Mbpsの場合：10分／サンプルが目安です。
・複数サンプルのご依頼の場合はこの数倍の時間を要しますのでご注意ください。
・シーケンスデータはエクソソームシーケンスやRNA-Seqでは5 GB／サンプル
　全ゲノムシーケンスでは数十GB／サンプルが目安です。

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。

オンライン注文
WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

メール注文
・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
- 次世代シーケンス（NGS）解析依頼書（Excel）
- 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
  ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
  「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

サンプル送付
・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。

受入サンプル

total RNAなど

以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量液量（目安）純度

OD₂₆₀/OD₂₈₀ OD₂₆₀/OD₂₃₀

total RNA 50 ng以上 25 μl以上 1.6以上

cDNA 5 ng以上 10 μl以上

組織・細胞別途ご相談ください

・TruSeq Stranded mRNA Sample Prep Kit （イルミナ社）での解析を希望の場合は哺乳類の場合4 μg以上、
　それ以外の生物種の場合8 μg以上のtotal RNAをご提供ください。
・cDNAはSMART-Seq v4 Ultra Low Input RNA Kit/SMART-Seq HT Kit/SMART-Seq Single Cell Kitで増幅した産物を送付ください。
　分解の進んだサンプルの場合はSMART-Seq Stranded Kitにて調整したライブラリーをご送付ください。
・RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
・DNase処理を実施してください。
・サンプル調製時にエタノール沈殿を実施する場合は、共沈剤としてグリコーゲンを添加しないでください。
・電気泳動にてrRNAのバンドが検出され、分解していないことを予めご確認ください。
・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

	サンプル量	液量（目安）	純度
OD₂₆₀/OD₂₈₀	OD₂₆₀/OD₂₃₀
total RNA	50 ng以上	25 μl以上	1.6以上
cDNA	5 ng以上	10 μl以上
組織・細胞	別途ご相談ください

■サンプル送付容器について
・RNAサンプルは1.5 mlチューブでご送付ください。
　24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・SEAL ＆ SAMPLE　Aluminium foil Lid(Biomek社, No. 538619)

ご留意事項

・	ご送付いただいたRNAサンプルはアジレント2200 TapeStationなどを用いて検定を行います。この時点で量・純度が次の作業に十分でない場合はご連絡し、対応方法についてご相談いたします。
・	ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・	お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

タカラバイオはKEGGの正規サービスプロバイダーです。
KEGGデータベース利用に関するライセンスについてはこちらをご確認ください。

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注意事項

本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
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