Virome(ウイルス叢)の網羅的解析

ヒト検体に含まれるウイルス種の網羅的検出を行います。

特長

  • DNA/RNAウイルスが混在した核酸からのライブラリー調製
  • ヒト全ゲノムシーケンス(WGS)およびRNA-Seqデータから独自のノウハウで宿主ゲノムの除去・フィルタリングを行うことで、高精度なウイルス種の検出が可能に
  • 宿主ゲノムに挿入されたウイルスの挿入位置を検出
  • 取得済みヒトWGSまたはRNA-Seqデータを用いたウイルス検出も可能

サービス内容

ウイルスが混在した核酸から、目的ウイルス種(ssDNA/dsDNA/ssRNA/dsRNAウイルス)に合わせたライブラリー作製を行い、全ゲノムシーケンス・RNA-Seqを行います。
ヒト全ゲノムシーケンス・RNA-Seqデータから宿主ゲノム(ヒトゲノム)を除去した非宿主シーケンスデータを抽出し、メタゲノムデータベースを用いて生物種分類を行い、ウイルス種カウントリストを作成します。検出されたウイルス種のゲノム参照配列にシーケンスデータを再マッピングし、偽陽性でないことを確認することで解析結果の精度を高めます。同時にウイルスゲノムが宿主ゲノムに挿入されている場合(プロウイルス)、その挿入位置を検出します。
※事前に解析対象外ウイルス情報をいただければ、解析結果からの除外も可能です。
※ヒト以外の生物種由来サンプル、環境サンプル等の解析はご相談ください。

(情報解析の流れ)
独自のノウハウにて高精度なウイルス検出を実施します。
情報解析の流れ

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ(fastq形式)※シーケンスからご依頼の場合
  • ウイルスカウント結果、マッピング結果等
    (※ウイルスやウイルス挿入が検出されなかった場合、下記ファイルは納品物に含まれません。)
    ・ウイルスカウント結果(xlsx形式)
    ・マッピング結果(bam形式)
    ・ウイルス挿入位置リスト(xlsx形式)

    (納品物例)
    ・ウイルスカウント結果
    ウイルスカウント結果

ご注文方法

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルまたはシーケンスデータならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損がないようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルが核酸の場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。
    ・シーケンスデータはハードディスク等に保存した状態で破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。

受入サンプル

  • Total RNA/DNAなど
    以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
      サンプル量 濃度 液量
    (目安)
    純度
    OD260/
    OD280
    OD260/
    OD230
    DNA/RNA 50 ng以上 3 ng/μl以上 17 μl以上 1.6以上
    DNA 50 ng以上 3 ng/μl以上 17 μl以上
    RNA 50 ng以上 3 ng/μl以上 17 μl以上
    その他 核酸抽出からご希望の場合はご相談ください。
    ウイルス濃縮作業はお受けしておりません。

    ※解析目的、目的ウイルス種によってライブラリー作製手法を選択します。ライブラリー作製方法によって必要な核酸量が変わる場合がございます。

    ※上記の核酸量は目安です。上記より少ない量からの解析も可能です。ウイルスが検出されるかは、検体中に含まれるウイルス由来核酸量・割合によります。

    ※宿主(ヒト)由来の核酸が混在した状態を想定しています。ウイルス核酸を濃縮されている場合は事前にご相談ください。

    • DNA/RNAが混在しているサンプル、RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
    • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。

    ■サンプル送付容器について
    ・核酸サンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
     ※24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

    <推奨プレートおよびシール>
    ・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates(Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
    ・WATSON タイタースティック HCフィルム(547-KTS-HC)

  • シーケンスデータ
    ヒト全ゲノムシーケンス解析・RNA-Seq解析で得られたシーケンスデータ(fastqファイル)またはマッピングデータ(bamファイル)
    ※ライブラリー作製手法に依存して検出されない、されにくいウイルス種もございます。

ご留意事項

・ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつ、お客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。

・お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。