Virome（ウイルス叢）の網羅的解析

• DNA/RNAウイルスが混在した核酸からのライブラリー調製
• ヒト全ゲノムシーケンス（WGS）およびRNA-Seqデータから独自のノウハウで宿主ゲノムの除去・フィルタリングを行うことで、高精度なウイルス種の検出が可能に
• 宿主ゲノムに挿入されたウイルスの挿入位置を検出
• 取得済みヒトWGSまたはRNA-Seqデータを用いたウイルス検出も可能に

• 作業報告書
• シーケンスデータ（fastq形式）※シーケンスからご依頼の場合
• ウイルスカウント結果、マッピング結果等
  （※ウイルスやウイルス挿入が検出されなかった場合、下記ファイルは納品物に含まれません。）
  ・ウイルスカウント結果（xlsx形式）
  ・マッピング結果（bam形式）
  ・ウイルス挿入位置リスト（xlsx形式）
  
  （納品物例）
  ・ウイルスカウント結果
  

• メール注文
  ・検体送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載の検体名称と、実際の送付検体に記載の名称は必ず一致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  
  • 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
  • ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
    ※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
  • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
    ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
    「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• 検体送付
  ・解析検体またはシーケンスデータならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記検体送付先へご送付ください。
  ・検体は乾燥・漏れならびに容器破損がないようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・送付検体が核酸の場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便でお送りください。
  ・シーケンスデータはハードディスク等に保存した状態で破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。

• Total RNA/DNAなど
  以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。
  

  	サンプル量	濃度	液量 （目安）	純度
  				OD260/ OD280	OD260/ OD230
  DNA/RNA	50 ng以上	3 ng/μl以上	17 μl以上	1.6以上
  DNA	50 ng以上	3 ng/μl以上	17 μl以上
  RNA	50 ng以上	3 ng/μl以上	17 μl以上
  その他	核酸抽出からご希望の場合はご相談ください。 ウイルス濃縮作業はお受けしておりません。

  ※解析目的、目的ウイルス種によってライブラリー作製手法を選択します。ライブラリー作製方法によって必要な核酸量が変わる場合がございます。

  ※上記の核酸量は目安です。上記より少ない量からの解析も可能です。ウイルスが検出されるかは、検体中に含まれるウイルス由来核酸量・割合によります。

  ※宿主（ヒト）由来の核酸が混在した状態を想定しています。ウイルス核酸を濃縮されている場合は事前にご相談ください。

  • DNA/RNAが混在しているサンプル、RNAサンプルはRNase free水に溶解してください。
  • DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
  
  ■サンプル送付容器について
  ・核酸サンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
  　※24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。
  
  ＜推奨プレートおよびシール＞
  ・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
  ・タイタースティックHCフィルム（WATSON社, No. 547-KTS-HC）
  


• シーケンスデータ
  ヒト全ゲノムシーケンス解析・RNA-Seq解析で得られたシーケンスデータ（fastqファイル）またはマッピングデータ（bamファイル）
  ※ライブラリー作製手法に依存して検出されない、されにくいウイルス種もございます。

・ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わる検体は、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつ、お客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。

・お客様よりご提供いただいた検体・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

・解析依頼書にご記載いただく検体名称およびグループ名称には、文字種や命名方法に関する制約がございます。依頼書記載の命名規定に沿わない名称は解析エラーの原因となる可能性があるため、弊社にて修正させていただく場合がございます。あらかじめご了承ください。