ChIP-Seq解析

タンパク質とクロマチンの相互作用研究に
＜お知らせ＞2022.7.11
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特長

  • 経験豊富なActive Motif社による作業
  • 細胞や組織からクロマチン免疫沈降サンプルの解析（ChIP-Seq）を実施。バリデーション済み抗体も多数ご用意
  • RNA polymerase II結合サイトや、特殊修飾核酸（5 hmC）の検出なども対応可能

概要

転写調節因子やヒストン修飾研究で利用されるクロマチン免疫沈降サンプルの網羅的解析を行います。
高感度で微量サンプルから解析可能な次世代シーケンサーを用いる手法は、DNAとタンパク質の相互作用を解明するツールとしても大変注目されています。転写調節因子の相互作用領域推定、修飾ヒストンのゲノム上へのマッピングやDNAメチル化領域の推定などにご利用いただけます。また、標的タンパク質とともに免疫沈降したその他タンパク質の解析も可能です。
■チラシをご覧ください。
ATAC-Seq／ChIP-Seq解析受託サービス
ATAC-seq解析受託サービス

サービス内容

培養細胞、組織をご提供いただき経験豊富なActive Motif社でChIP反応を実施いたします。ChIP産物はHiSeq等を用いて網羅的にシーケンスを行います。取得した配列は参照ゲノムにマッピングし、リードの集中する箇所をエンリッチ領域として検出、アノテーション情報を付与してリスト化します。コントロールサンプル（input）の解析を加えることで、バックグラウンドノイズを抑えた高精度の解析が可能です。さらに、マッピングの様子はUCSCゲノムブラウザにて閲覧可能な形式で納品いたします。

  • 作業の流れ
    1. お問い合わせ・・・Active Motif社担当者と実験計画を相談可能です。
    2. 検体送付・・・固定化した培養細胞、または凍結組織を送付いただきます。お客様が準備される抗体でも対応可能です。
    3. ChIP反応・・・クロマチンの調製、およびChIP反応をActive Motif社にて実施いたします。ChIP反応の成功をqPCRにて確認いたします。
    4. シーケンス・・・イルミナ社シーケンサーを用いてシーケンスいたします。 検体あたり数千万tagを取得します。
    5. データ解析・・・研究内容に合わせて、解析ソフトを使い分けます。検体間比較結果も納品いたします。

    【オプション解析】
    インタラクトーム解析（RIME）
    RIME (Rapid Immunoprecipitation Mass spectrometry of Endogenous proteins) は、標的タンパク質と一緒に免疫沈降されるタンパク質を質量分析により推定する手法です。

    作業の流れ
    1. 核の単離およびソニケーション
    2. 免疫沈降
    3. タンパク質の精製およびトリプシン消化
    4. 質量分析
    5. データ解析

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • Summary Report
  • シーケンスデータ一式（fastq）
  • マッピング情報（bam）
  • ChIP解析結果一式（Excel）
  • UCSC閲覧ファイル（BED,bigWigURL）
    • ＜納品データ例＞
    納品データ例1
    納品データ例2

ご注文方法

・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

受入サンプル

  • ChIP解析の場合
    提供物 サンプル量 処理方法
    培養細胞 5×106～2×107 cells 別途固定方法をご連絡いたします。
    組織（B細胞・T細胞含む） 100～200 mg 液体窒素で凍結後、－80℃保存した組織
    FFPEサンプルも対応可能
    抗体 10 μg以上 ActiveMotif社にてバリデーション済み抗体の場合は提供不要
    ・上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

・ 供与核酸の品質によっては再提供をお願いすることがあります。
・ ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
・ お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

使用文献・参考文献

関連製品・受託

ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて
修飾ヒストンH3/H2B抗体
DNA SMART™ ChIP-Seq Kit
RNA-Seq解析

注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物（例えば、ベクター、蛍光色素など）の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。