ヒト全ゲノムシーケンス/ヒトエクソーム解析

ホールゲノムシーケンス、エクソーム解析がより身近に

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TEL:077-565-6999

特長

  • 次世代シーケンサーによるヒト全ゲノムおよびヒトエクソームの変異解析
  • 変異箇所(置換、欠失、挿入など)に加え染色体構造を迅速に検出!
  • ヒトだけでなく、マウス等も応用いただけます

概要

次世代シーケンサーを用いて、ヒトなどの大型ゲノムについて全ゲノムまたはエクソーム配列を迅速に取得いたします。検体は責任を持ってお預かりし、検体の前処理からシーケンシング、データ解析(情報処理)まで、蓄積した様々な技術やノウハウを生かして、解析いたします。 ヒトの他にマウスにも対応可能です。

微生物変異株解析、その他高等生物のゲノム変異解析は こちら
■チラシをご覧ください。
ゲノム変異解析サービス
がん関連遺伝子解析サービス
相乗りシーケンス(NGS)解析

サービス内容

<ヒト全ゲノムシーケンス解析(WGS)>
ゲノムDNA溶液をご提供いただき、PCRフリーライブラリーを調製し、NovaSeqを用いてペアエンド解析を行います。参照配列に対し、リード配列をマッピングし、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。さらに、ペアエンドリードのマッピング情報を利用して、大きなゲノムの構造変化(Structural Variants:SVs)、シーケンス冗長度情報を利用してコピー数変化(Copy Number Variations: CNVs)の候補領域を検出しリスト化することも可能です。
納品データ例

<ヒトエクソーム解析(WES)>
ゲノムDNAを送付いただき、SureSelect Target Enrichment(アジレント・テクノロジー社)を用いてターゲット領域を濃縮し、主にHiSeqを用いて網羅的にシーケンスを行います。自動化装置を用いたライブラリー作製も行っており、良好なシーケンスデータを短期間で大量にご提供できます。 取得した配列を参照配列にマッピングし、一塩基変異や短い挿入欠失部位の検出を行います。また、遺伝子位置が既知の生物種では、遺伝子との位置関係や変異による影響(アミノ酸置換など)についてアノテーションを付加することも可能です。
その他のキットでの濃縮をご希望の場合もお問い合わせください。

・Human All Exon V6 Kit (約58 Mb)
・Human All Exon V6+UTRs Kit (約89 Mb)
・Human All Exon V5 Kit (約50 Mb)
・Human All Exon V5+UTRs Kit (約71 Mb)
・SureSelect XT Mouse All Exon Kit (約50 Mb)

作業の流れ


<情報解析>
  • 変異解析(マッピング・変異検出)
    参照配列に対し、シーケンスにより得られたリード配列をマッピングし、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。

  • 変異アノテーション
    ヒトやマウスなど遺伝子情報が存在する生物種の場合は、検出した変異と遺伝子の位置関係、変異による影響(アミノ酸置換など)についてアノテーションを付加することも可能です。また、dbSNPなどの既知SNPs情報を付加することも可能です。
    ヒト検体を解析する場合は、以下の情報も付加されます。

    ・日本人および東アジア人変異頻度情報
    ・疾患情報(疾患影響度)
    ・変異影響度情報


  • 【オプション解析】
    • ヒトExon増幅用プライマー合成
      ヒトゲノムDNAを鋳型とした、Exon領域増幅用PCRプライマー合成受託サービスです。次世代シーケンサーによるExome解析で特定された塩基変異をサンガーシーケンスで確認される場合や、サンガー法により目的遺伝子のSNPを確認される場合に最適です。
    • 体細胞変異解析
      体細胞ゲノム変異、腫瘍組織特異的に存在する変異を高感度に検出します。
    • 家系変異解析
      家系情報をもとに、優性変異、劣性変異、de novo変異、複合ヘテロ接合体変異を選び、疾患に関わる変異を絞り込むことが可能です。
    • ゲノムシーケンスデータを用いたHLAタイピング解析
      ヒトエクソームシーケンスデータまたは全ゲノムシーケンスデータ(fastqファイル)からHLA-HDプログラムを用いてHLAタイピングを実施し、4桁および6桁のタイピング結果を納品いたします。
    • クラウド解析サービス VariantFilter
      サーバ上にアップロードした変異解析結果より、お客様自身で変異絞り込みや比較解析を簡単に行っていただけます。変異解析とあわせた「変異解析パッケージ」をご選択ください。
      目的遺伝子、既知SNP、変異クオリティ、人種別アレル頻度、疾患影響度、変異影響度などを使用した変異絞り込み、疾患群とコントロール群を指定し、疾患群特異的な変異の絞り込み等が可能です。
      クラウド解析は事前のWEB会員登録が必要です。納品後6ヵ月間ご利用いただけます。

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
相乗りシーケンス解析サービスページ記載の価格もご参照ください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ一式
  • 変異候補の抽出結果、マッピング結果等
  • ※ クラウド解析サービスをご利用の場合は、変異解析結果をクラウド上にアップロードし、納品時にクラウドURLをご連絡いたします。クラウドサービスは納品後6ヵ月間ご利用いただけます。

■クラウド解析サービスご利用環境について
クラウド解析サービスは、Google Chromeの使用を推奨いたします。Google Chrome 70.0.3538.77のバージョンで動作確認をしております。それ以外のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。

ご注文方法

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。
相乗り:短納期プランをご利用の場合は、必ずオンライン注文からご注文ください。

  • オンライン注文
    WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
    WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
    ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
    ご注文方法の概略については、こちらをご参照ください。
    「オンラインのご注文方法について」
    ※オンライン注文ページは Internet Explorer11.0のバージョンのブラウザで動作確認をしております。それ以前のブラウザでは正しく機能しないことがありますのでご注意ください。 また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。

  • メール注文
    ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
    ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
    ※WEB会員にログインした状態で、解析依頼書をダウンロードいただきますと、登録情報が依頼書に反映されます。

  • サンプル送付
    ・解析サンプルならびに依頼書(オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物)を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
    ・送付サンプルがRNAの場合には、凍結状態を維持するために十分量のドライアイスを同梱し冷凍便で、送付サンプルがDNAの場合には-20℃の状態の冷凍便でお送りください。

受入サンプル

  • 参照配列情報
  • ゲノムDNA
以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

サンプル量 濃度 純度
OD260/OD280 OD260/OD230
全ゲノムシーケンス解析 4 μg以上 80 ng/μl以上 1.6以上
エクソーム解析 1 μg以上 20 ng/μl以上

DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer:10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
電気泳動(1%ゲル)にて10~20 kbに明確なバンドが検出され、低分子の混入及び分解がないことをご確認ください。
上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

ご留意事項

ヒト生体試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託サービスについて」をお読みください。
お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。