ヒト全ゲノムシーケンス／ヒトエクソーム解析

次世代シーケンサーを用いて、ヒトなどの大型ゲノムについて全ゲノムまたはエクソーム配列を迅速に取得いたします。検体は責任を持ってお預かりし、検体の前処理からシーケンシング、データ解析（情報処理）まで、蓄積した様々な技術やノウハウを生かして、解析いたします。 ヒトの他にマウスにも対応可能です。

微生物変異株解析、その他高等生物のゲノム変異解析は こちら

＜ヒト全ゲノムシーケンス解析（WGS）ショートリードシーケンス＞
ゲノムDNA溶液をご提供いただき、PCRフリーライブラリーを調製し、NovaSeq 6000システム（イルミナ社）を用いてペアエンド解析を行います。参照配列に対し、リード配列をマッピングし、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。さらに、ペアエンドリードのマッピング情報を利用して、大きなゲノムの構造変化（Structural Variants：SVs）、シーケンス冗長度情報を利用してコピー数変化（Copy Number Variations：CNVs）の候補領域を検出しリスト化することも可能です。


＜ヒト全ゲノムシーケンス解析（WGS）ロングリードシーケンス＞
ゲノムDNA溶液をご提供いただき、PacBio Sequel II（パシフィックバイオサイエンス社）を用いてロングリードシーケンス解析を行います。シーケンスデータは高精度のHiFiリード（平均長15～20 kb・QV20以上）またはリード長の長いCLRリード（平均長20～30 kb・精度89%）から選択いただきます。シーケンスデータは参照ゲノム配列に対しマッピングし、染色体構造変異の検出が可能です。一塩基多型（SNV）や小規模な挿入・欠失（Short Indel）の検出はイルミナ社シーケンサーを用いたショートリードでのWGSでも可能ですが、より高精度かつ網羅的な検出を目的とされる場合はSequel IIを用いたロングリードでのWGSをおすすめします。

全ゲノムシーケンス解析で得られる変異タイプ	Short read	Long read
		HiFi Read	CLR Read
生殖細胞系列　変異(SNV・Short Indel)	◎	◎	×
生殖細胞系列　構造変異(SV)	○	◎	◎
生殖細胞系列　コピー数変異(CNV)	○	○	○
体細胞　変異(SNV, Short Indel)	○	×	×
Phasing解析	×	◎	×
トランスジーン解析	△	○	◎

＜ヒトエクソーム解析（WES）ショートリードシーケンス＞
ゲノムDNAを送付いただき、プローブを用いてエクソン領域を濃縮し、主にNovaSeq 6000システム（イルミナ社）を用いて網羅的にシーケンスを行います。自動化装置を用いたライブラリー作製も行っており、良好なシーケンスデータを短期間で大量にご提供できます。 取得した配列を参照配列にマッピングし、一塩基変異や短い挿入欠失部位の検出を行います。また、遺伝子位置が既知の生物種では、遺伝子との位置関係や変異による影響（アミノ酸置換など）についてアノテーションを付加することも可能です。
その他のキットでの濃縮をご希望の場合もお問い合わせください。

・Human All Exon V6 Kit （約58 Mb）
・Human All Exon V6+UTRs Kit （約89 Mb）
・Twist Comprehensive Exome Panel（約37 Mb）

＜情報解析＞

• ショートリード変異解析（マッピング・変異検出）
  参照配列に対し、シーケンスにより得られたリード配列をマッピングし、一塩基置換や短い挿入欠失部位を検出します。
  


• 変異アノテーション
  ヒトやマウスなど遺伝子情報が存在する生物種の場合は、検出した変異と遺伝子の位置関係、変異による影響（アミノ酸置換など）についてアノテーションを付加することも可能です。また、dbSNPなどの既知SNPs情報を付加することも可能です。
  ヒト検体を解析する場合は、以下の情報も付加されます。
  
  ・日本人および東アジア人変異頻度情報
  ・疾患情報（疾患影響度）
  ・変異影響度情報
  
  


• ロングリード変異解析（マッピング・変異検出）
  オプションでpbsv（パシフィックバイオサイエンス社）を用いた変異解析結果（variant_table）を納品します。
  
  Integrative Genomics Browser （IGV）
  
  
  変異解析結果（variant_table.xlsx）
  pbsvを用いて検出された変異に対し、オーバーラップ遺伝子、集団アレル頻度（gnomAD）・健常者（DGV）・疾患（dbVar）など既知SVデータベースからの情報、ACMG59遺伝子やOMIMに登録されている疾患関連遺伝とのオーバーラップ、変異許容スコア（ClinGen, ExAC）、変異の影響度予測（AnnotSV）などのアノテーション情報を付与いたします。ヒト以外の生物の場合、オーバーラップする遺伝子情報やアミノ酸配列への影響がアノテーション情報として付与されます。
  


• 【オプション解析】
  
  • 体細胞変異解析
    体細胞ゲノム変異、腫瘍組織特異的に存在する変異を高感度に検出します。
  • ゲノムシーケンスデータを用いたHLAタイピング解析
    ヒトエクソームシーケンスデータまたは全ゲノムシーケンスデータ（fastqファイル）からHLA-HDプログラムを用いてHLAタイピングを実施し、4桁および6桁のタイピング結果を納品いたします。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。
相乗りシーケンス解析サービスページ記載の価格もご参照ください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式
• 変異候補の抽出結果、マッピング結果等

オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。
相乗り：短納期プランをご利用の場合は、必ずオンライン注文からご注文ください。

• オンライン注文
  WEB会員登録後、必要事項を入力してご注文ください。オンライン注文へ
  WEB会員登録していただくと、簡単にウェブからご注文いただけます。注文履歴の確認やウェブ納品などのサービスもご利用いただけます。
  ※ 生物種、サンプル形態によっては対応していないものがございます。その場合は見積書をご用意の上、ご依頼方法をご案内いたしますので、お問い合わせください。
  ご注文方法の概略については、「オンラインのご注文方法について」をご参照ください。
  ※オンライン注文ページはChromeで動作確認しております。それ以外のブラウザでは正しく機能しない場合があります。ご注意ください。
  　また、JavaScriptを無効にしている場合やポップアップブロックを有効にしている場合は、一部の画面が表示できません。


• メール注文
  ・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
  ・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
  ※WEB会員にログインした状態で解析依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
  
  • 高速シーケンス(NGS)解析依頼書（Excel）
  • ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
    ※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
  • 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
    ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
    「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。


• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・送付サンプルがDNAの場合には、ロングリード用サンプルは保冷剤梱包の冷蔵便（4℃）で、ショートリード用サンプルは－20℃の状態の冷凍便でお送りください。

• 参照配列情報
• ゲノムDNA

以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

・	DNAは滅菌水もしくはReduced EDTA TE buffer：10 mM Tris-HCl、0.1 mM EDTA pH8.0に溶解してください。
・	ロングリードでの解析の場合、DNA抽出は長鎖DNA抽出用キットを使用してください。抽出後は凍結せず冷蔵（4℃）で、できるだけ早くサンプルをご送付ください。上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。
・	電気泳動（1％ゲル）にて10～20 kb以上に明確なバンドが検出され、低分⼦の混⼊および分解がないことをご確認ください。
・	上記基準に満たない場合は別途お問い合わせください。

■サンプル送付容器について
・ゲノムDNAサンプルは、1.5 mlチューブでご提供ください。0.2 ml、0.5 ml、8連チューブでのご提供はご遠慮ください。
　※ショートリードシーケンス　24検体以上の場合は96 well plateでご提供ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates（Eppendorf社, No. EP-0030128.648）
・WATSON タイタースティック HCフィルム（547-KTS-HC）

タカラバイオはパシフィックバイオサイエンス社認定のサービスプロバイダーです。


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