特長
- sgRNA配列からゲノム中のオフターゲット領域を予測
- エクソーム・全ゲノムシーケンスデータからターゲット領域およびオフターゲット領域の変異検出
- ゲノム編集による細胞株作製・動物作製と併せると効果的
概要
ゲノム編集技術を用いた細胞株作製や動物作製時に、意図していないゲノム領域（オフターゲット領域）への変異導入が生じることが問題視されています。このオフターゲット領域はsgRNA配列と相同なゲノム配列を検索することによって予測可能です。さらにはエクソームシーケンスまたは全ゲノムシーケンスを行うことによって、ターゲット領域の変異確認だけでなくオフターゲット領域の変異の有無を確認することも可能です。
サービス内容
CRISPR/Cas9などのsgRNA配列情報をご提供いただき、ゲノム配列中のオフターゲット領域を予測します。また解析対象細胞株または動物のエクソームシーケンスデータまたは全ゲノムシーケンスデータを利用して、ターゲット領域およびオフターゲット領域の変異を検出します。
- オフターゲット領域予測
ご提供いただいたsgRNA配列をもとに、検出感度の高いソフトウェアを用いてゲノム配列中のオフターゲット領域候補を検出いたします。 - ターゲット領域およびオフターゲット領域変異確認
クローン化されたゲノム編集細胞株またはゲノム編集動物のDNAから得られたエクソームシーケンスデータまたは全ゲノムシーケンスデータ（fastqファイルまたはbamファイル）を用いて、ターゲット領域およびオフターゲット領域の変異を検出いたします。
価格・納期
納品物
- 作業報告書
- オフターゲット領域および変異解析結果、マッピング結果等
オフターゲット領域予測ファイル（xlsx形式）
変異解析結果（xlsx形式）
上記オフターゲット領域予測ファイルに以下の情報が付加
マッピング結果(bam形式)
ご注文方法
※お見積りをご用意いたしますので、事前にお問い合わせください。
生物種、サンプル情報、送付データ形式、解析内容のご希望などをご連絡ください。
オンライン注文とメール注文の2種類からお選びください。
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オンライン注文
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メール注文
・サンプル送付の前に、以下のフォーマットに必要事項をご記入の上、電子メールにてこちらへご送付ください。
・依頼書記載のサンプル名称と、実際の送付サンプルに記載の名称は必ず一致させてください。
※WEB会員にログインした状態で依頼書をダウンロードいただくと、WEB会員登録情報が依頼書に反映されます。
- 次世代シーケンス（NGS）解析発注依頼書（Excel）
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ヒトゲノム・遺伝子解析情報提供用紙（Excel）
※弊社「個人情報としてのゲノムデータの取り扱い」の詳細はこちらをご参照ください。
- サンプル送付
・シーケンスデータならびに依頼書（オンライン注文の場合は注文依頼完了画面の印刷物）を下記サンプル送付先へご送付ください。
・シーケンスデータはハードディスク等に保存した状態で破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。
受入サンプル
- sgRNA配列
ゲノム編集に利用したsgRNA配列情報 - シーケンスデータ
エクソーム解析や全ゲノムシーケンス解析で得られたシーケンスデータ（fastqファイル）またはマッピングデータ（bamファイル）
ご留意事項
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ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。 詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。 |
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