空間トランスクリプトーム解析（Spatial Transcriptomics）

＜お知らせ＞
CosMx SMI (Spatial Molecular Imager) （NanoString Technologies社）を使用した「シングルセル空間解析サービス」はこちら

• Visium HD Spatial Gene Expression またはVisium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE（10x Genomics社）を用いた解析
• Visium HD Spatial Gene Expressionの場合は、シングルセルスケールの解像度（2 ｘ 2 μm正方形スポット）で解析可能！
• Visium CytAssist（10x Genomics社）を用いることでFFPEからのライブラリー調製が最適化され、より精度の高いデータが取得可能！
• FFPEブロックを送付いただくだけで、情報解析までの全工程をサポート
• 組織中の形態学的位置情報と紐づいた遺伝子発現データの取得が可能。腫瘍微小環境、細胞型、細胞マーカーなどの空間的構成の解析に！
• ヒトまたはマウスに対応

FFPEブロックより切片スライドを作製し、HE染色を行い、画像を取得します。腫瘍マーキングも対応可能です。HE染色画像を確認いただき、解析領域を選択いただきます。シーケンスライブラリー調製、NovaSeqシーケンサーにてシーケンスを実施し、Space Rangerを用いて情報解析を実施します。解析結果はVisium空間的遺伝子発現解析の結果を可視化するLoupe Browser（10x Genomics社のウェブサイトから無償でダウンロード可能）で閲覧・追加解析いただけます。
※スライド作製等の一部作業は病理会社へ委託します。
※FFPEスライド（10x Genomics社推奨スライド使用）での受付も可能です。

■解析作業フロー



■キット一覧（2024年6月1日現在）

キット	解析エリア	スポットサイズ	スポット数
Visium CytAssist Spatial Gene Expression for FFPE	6.5 ｘ 6.5 mm	円形：直径55 μm	約5,000
	11 ｘ 11 mm		約15,000
Visium HD Spatial Gene Expression	6.5 ｘ 6.5 mm	正方形：2 ｘ 2 μm	約10,000,000

※ Visium HD Spatial Gene ExpressionもCytAssistを使用します。


■Visium専用スライドを用いた空間情報を保持したライブラリー作製
Visium専用スライドに転写物由来配列を写し取り、スポット固有のバーコードを取り込む形でライブラリーを作製します。
スポットサイズによって、解像度を選択することができます。



■肺がんFFPE検体を使用した解析結果閲覧例





■サービス詳細は技術資料をご覧ください（閲覧にはWEB会員ログインが必要です）。

■チラシをご覧ください。
空間トランスクリプトーム解析

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

お見積りについてはこちらよりご依頼ください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ（fastq）
• 解析データ（Space Ranger解析結果）　一式

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付ください。

• 空間トランスクリプトーム解析発注依頼書（Excel）

• サンプル送付
  ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
  ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。
  ・FFPEブロック／スライドは、冷蔵にて保管・ご送付ください。

FFPEブロック（組織サイズ　6.5 mm x 6.5 mm、11 mm x 11 mm）
・組織サイズが6.5 mm x 6.5 mm（または11 mm x 11 mm）をこえる場合は、解析領域をご選択いただきます。
・FFPEスライド（10x Genomics社推奨スライド使用）での受付も可能です。

・ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつお客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。

・お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。