シングルセル解析

シングルセルレベルでの遺伝子発現解析
<お知らせ>
2023.7.13
PacBio Revioを用いたロングリードscRNA-Seq解析開始!
2023.6.30
新サービス開始!シングルセル解析

特長

  • 最大100万個のシングルセルに分画して次世代シーケンサーで解析
  • シングルセル遺伝子発現Flexを用いることで固定化サンプルの解析が可能になり、細胞生存率がバイアスにならず、保管・輸送も容易に
  • 細胞、組織、FFPE検体など幅広いサンプルに対応
  • 18,000以上のヒト遺伝子と19,000以上のマウス遺伝子をカバーするプローブを使用
  • シングルセル3′ RNA-Seqにも対応
  • シングルセルレパトア解析(TCR/BCR)にも対応
  • ロングリードscRNA-Seq(scIso-Seq)にも対応

サービス内容

固定化組織または細胞(もしくは凍結組織または細胞)を送付いただき、Chromium Xを用いてシングルセルに分画後、シーケンスライブラリーを作製します。NovaSeq Xなどの次世代シーケンサーで解析後、機器付属のソフトウェアCell RangerやLoupe Browserを用いて解析した結果を納品いたします。
不均一な細胞集団をシングルセル解析することにより、新規の細胞マーカーや制御パスウェイの発見、新規の細胞タイプの発見や細胞タイプの明確化、発生過程や分化過程の理解につなげることが可能です。
サンプルの固定化処理から、最新の次世代シーケンサーを用いてハイスループットに配列を取得し、情報解析を含めたすべての工程をサポートします。


■シングルセル遺伝子発現Flexの特長
プローブベースのプロファイリングにより固定化サンプルの解析が可能になったため、細胞生存率によるバイアスが低減し、より実際の発現プロファイルに近いデータが取得できるようになりました。また、マルチプレックスが可能なアッセイとなっているため、スループット性も向上しています。
解析フローの比較


■Loupe Browserを用いた解析結果例

tSNE

tSNE

クラスタリングの結果を視覚的に確認可能です。

CD4の発現分布(PBMC)

CD4の発現分布(PBMC)

tSNE上において特定の遺伝子がどのセルにおいてどの程度
発現したかを確認することができます。



■サービスの詳細は技術資料をご覧ください(閲覧にはWEB会員ログインが必要です)。
シングルセル解析ウェブ会員限定技術資料


オプション
  • シングルセル 高次解析
    Cell Ranger/Loupe Browserの解析に加え、より高度な3次解析にも対応しています。オリジナルビューワで閲覧いただけます。

    <解析例>
    Trajectory解析
    各細胞の発現情報の類似度をもとに、細胞間に軌道を引くことができる解析。類似度を疑似的な時間に変換することができ、幹細胞分化を追跡する解析などにおすすめ!
    各細胞のPseudoTimeを色で表し、細胞の軌道を線で示している。
    細胞種予測
    データベースの情報を使用した細胞種の推定解析。
    予測された細胞種をtSNE上で色別で示している。

    ※生物種や組織によってはアノテーションを付けられない場合があります。


    バッチ補正
    実験的なノイズを補正して、より生物学的な差を検出しやすくする処理。
    補正前では明らかに検体毎の偏りが見られているが、バッチ補正によりそれが緩和されていることを示している。

    共発現ネットワーク
    細胞種やクラスタごとに、発現情報が似ている遺伝子をネットワークで可視化する解析。
    同じような発現パターンの遺伝子を探すことができる。
    発現パターンが似た遺伝子を線でつないで表示している。
    ※画像は開発中のものを含んでおり、変更される場合があります。
  • ロングリードscRNA-Seq
    Chromium Xを用いてシングルセルに分画、MAS-Seq for 10x Single Cell 3′ kitを用いてライブラリーを作製し、PacBioシーケンサーを用いて遺伝子全長配列をシーケンスします。細胞種特異的なアイソフォームの発現や新規アイソフォームの確認が可能です。
  • シングルセル3′ RNA-Seq
    Chromium Xを用いてシングルセルに分画、3′ Gene Expressionライブラリ―を作製し、NovaSeqシーケンサーを用いて3′ RNA-Seqをおこないます。ヒト・マウス以外にも幅広い生物種に対応可能です。
  • シングルセルレパトア解析
    Chromium Xを用いてシングルセルに分画、V(D)Jライブラリ―および5′ Gene Expressionライブラリ―を作製し、NovaSeqシーケンサーを用いてシーケンスを行います。シングルセル単位のレパトア解析データおよび5′ RNA-Seqでの遺伝子発現データを納品します。
    解析対象はTCRまたはBCRのいずれか、またはTCRおよびBCRの両方を選択いただけます。ヒト・マウスが対象です。

■チラシをご覧ください。
注目の受託サービス特集
注目の受託サービス特集パンフレット

価格・納期

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

納品物

  • 作業報告書
  • シーケンスデータ(fastq)
  • 解析データ(Cell Ranger解析結果) 一式

ご注文方法

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付下さい。

  • サンプル送付
    ・臨床検体の場合は、解析サンプル送付前に必ず、情報提供用紙を送付ください。弊社より臨床検体専用の輸送箱をご案内いたします。
    ・解析サンプルならびに依頼書を下記サンプル送付先へご送付ください。
    ・サンプルは乾燥・漏れならびに容器破損が無いようにご注意いただき、平日午前着指定でご送付ください。また遠隔地を除き、翌日必着でご送付ください。

受入サンプル

シングルセル解析サンプル提供の手引き
 ※事前に資料をご確認いただき、サンプル調製・保存を行ってください。ご不明点があれば事前にお問い合わせください。
提供サンプル種 必要量 基準※サンプル送付前にご確認の上、ご送付ください。 輸送温度 注意事項
凍結細胞 1.0×106 cells以上 生存率80%以上 -150 ℃
(ドライシッパー)
細胞サイズは直径30 μm以下
※-80℃輸送は生存率にご注意ください。
凍結組織 25 mg以上 -150℃
(ドライシッパー)
液体窒素保管(-150℃)推奨
※-80℃保管の場合はクライオチューブで霜を防いでください。
※-80℃輸送は霜にご注意ください。
FFPE検体 FFPEブロック 4℃
(保冷剤)
凍結組織などと比べると、検出遺伝子数が少なくなる傾向があります。
固定化細胞※固定化組織を分散したものも含む 2.0×105~2.0×106 cells -80℃
(ドライアイス)
※弊社ではサンプルの品質検定は行いません。事前にご確認ください。
※弊社からのドライシッパーの貸出も可能です。

ご留意事項

・ヒト試料の解析にあたり、個人情報に関わるサンプルは、お客様ご所属施設の倫理委員会等で遺伝子解析研究に用いられることの承認が得られており、かつ、お客様の元で匿名化されたものに限らせていただきます。
詳しくは、「ヒト試料・情報の取り扱いについて」をお読みください。

・お客様よりご提供いただいたサンプル・情報および納品物の複製物は、別途期限を定めている場合を除き、業務終了後3ヵ月を経過すると順次廃棄いたします。ご了承ください。

タカラバイオは10x Genomics社認定のサービスプロバイダーです。
10x Genomics社ロゴマーク
注意事項
  • 本受託サービスは、個別に合意した場合を除き、すべて研究目的として作業を行います。納品物を試験研究目的以外へご使用される場合、弊社では納品物に起因する損失・損害等については一切の責任を負いかねます。納品物によっては、その構成物(例えば、ベクター、蛍光色素など)の使用に制限がある場合がありますのでご注意ください。
  • 納品物に起因して、直接的もしくは間接的に発生したお客様の損害については、明らかに弊社の責に帰すべき事由による場合を除いて、弊社は一切その責任を負いません。
  • ウェブサイトに掲載している会社名および商品名などは、各社の商号、または登録済みもしくは未登録の商標であり、これらは各所有者に帰属します。