ICELL8 シングルセル解析

シングルセル解析は、1細胞レベルでmRNA解析を行うことで、細胞集団の平均的な解析ではなく、個々の細胞の変化を動的に追い、システマチックな理解へ繋げることが可能になる技術です。
タカラバイオでは、調製した目的細胞をICELL8 cxシステムにてICELL8 Chipに分注し、シングルセルを取得、遺伝子発現差解析に利用します。

※シングルセル化装置ICELL8 cx Single-Cell Systemの詳細はこちら

調製したシングルセルに対して、SMART-Seq Pro Application Kit - 2 Chipを用いてChip上で完全長のcDNA合成を実施します。ICELL8 chipから回収したライブラリーから次世代シーケンサーにて遺伝子の全長配列を取得し、Cogent NGSソフトウェアツールにて全長トランスクリプトームの発現プロファイリングを行います。全長配列を解析することにより、遺伝子単位の発現差解析だけでなく、トランスクリプトーム単位の発現差解析や選択的スプライシングの解析を行います。
※3'RNA-Seq法（ICELL8 3'DE解析）での遺伝子発現差解析（Seuratソフトウェアでの解析）のメニューにつきましては、別途お問い合わせください。

• バルク細胞からのシングルセル単離
  バルク細胞^＊1（細胞懸濁液）を懸濁調整後、ICELL8 cxシステムにより細胞をICELL8 Chipに分注します^＊2。
  ＊1　ご提供いただく細胞、細胞の解離・剥離方法については事前にご相談ください。
  ＊2　事前にBlank Chipでのテストランを行います。
  
  


• 生細胞の選択、cDNA調製
  専用ソフトウェアを用いて、生きたシングルセルを含むウェルを選択します。
  選択した細胞について、Chip上で、細胞を溶解後、逆転写反応およびPCR反応を行い、二本鎖cDNAを取得します。この際に細胞識別のバーコードWBC（Nano-well barcode or cell specific barcode）を付与します。


• ライブラリー作製
  二本鎖cDNAを鋳型にし、PCR増幅を行いシーケンスに供するライブラリーの調製を行います。


• 次世代シーケンス解析
  調製したライブラリーから、次世代シーケンサーを用いて、WBC配列の取得および150塩基の遺伝子配列の取得を行います。得られたデータは、WBCに基づき細胞ごとの配列データに分類します。
  ※次世代シーケンス（NGS）解析 単独の受託も承っております。詳細はこちら
  


• 情報解析（ICELL8 FLA解析）
  取得した配列データを参照ゲノム配列へマッピングし、Cogent NGSソフトウェアツールを用いて遺伝子発現定量解析を行います。得られた発現プロファイルにアノテーション情報を付与し、各種統計解析を行います。解析結果については、シーケンスデータ一式および遺伝子発現量をまとめたファイルを納品いたします。UMAP解析などについては、解析結果の可視化ソフトウェアCogentDS ver1.5を用いて確認／閲覧できます。
  
  

  

  ヒト末梢血単核球（PBMC）および固定化Anti-CD3mAbとRetroNectin（RN）の共刺激下のPBMCについて、CogentソフトウェアによりUMAP解析し、遺伝子の発現の類似度からグループ分けを行った。共刺激により高純度のT細胞が得られることが確認できた（右図）。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

• 作業報告書
• シーケンスデータ一式
• 発現情報データ
  

※解析結果については、解析結果の可視化ソフトウェアCogentDS ver1.5をTakara Bio USAのウェブサイトよりダウンロードいただき、ご確認いただけます。

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付下さい。

• ICELL8™ シングルセル解析依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
  ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
  　
  「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

• 細胞
• 参照配列情報など

詳細は別途お問い合わせください。