ICELL8 シングルセル解析

シングルセル解析は、1細胞レベルでmRNA解析を行うことで、細胞集団の平均的な解析ではなく、個々の細胞の変化を動的に追い、システマチックな理解へ繋げることが可能になる技術です。
タカラバイオでは、調製した目的細胞をICELL8システムにてICELL8 Chipに分注し、シングルセルを取得、遺伝子発現解析に利用します。調製したシングルセルから、cDNAを合成し、次世代シーケンサーを用いて3’RNA-seq法にて網羅的な遺伝子発現プロファイルを取得します。

【シングルセルからのmRNA解析の流れ】



※ シングルセル化装置ICELL8 cx Single-Cell Systemの詳細はこちら

• バルク細胞からのシングルセル単離
  バルク細胞^＊1（細胞懸濁液）を懸濁調整後、ICELL8システムにより細胞をICELL8 Chipに分注します^＊2。
  ＊1　ご提供いただく細胞、細胞の解離・剥離方法については事前にご相談ください。
  ＊2　事前にBlank Chipでのテストランを行います。
  
  


• 細胞の選択、cDNA調製
  専用ソフトウェアを用いて、シングルセルのウェルを選択します。
  選択した細胞について、Chip上で、細胞を溶解後、逆転写反応およびPCR反応を行い、二本鎖cDNAを取得します。この際に細胞識別のバーコードWBC（Nano-well barcode or cell specific barcode）を付与します。


• ライブラリー作製
  二本鎖cDNAを鋳型にし、PCR増幅を行いシーケンスに供するライブラリーの調製を行います。


• 高速シーケンス解析
  調製したライブラリーから、次世代シーケンサーを用いて、WBC配列の取得および100塩基の遺伝子配列の取得を行います。得られたデータは、WBCに基づき細胞ごとの配列データに分類します。
  ※高速シーケンス（NGS）解析 単独の受託も承っております。詳細はこちら
  


• 情報解析
  取得した配列データを参照ゲノム配列へマッピングし、適切なソフトウェアを用いて遺伝子発現定量解析を行います。得られた発現プロファイルにアノテーション情報を付与し、各種統計解析を行います。解析結果は、遺伝子の発現量をまとめたファイル、主成分分析（PCA）結果、t-SNE解析などをまとめて納品いたします。これらは、ビューワを用いて確認／閲覧できます。
  
  

  

  ヒトiPS細胞から心筋細胞へ分化誘導した過程（Day01、Day03、Day09 and Day21）について、t-SNE解析によりクラスタ間で発現変動が見られた遺伝子を検出できました。

  

  心筋特異的なマーカーとして知られるMYH6の発現変動に関する結果の例です。ヒトiPS細胞から心筋細胞へ分化誘導した過程（Day01、Day03、Day09 and Day21）で、分化が進むにつれてMYH6の発現が亢進している様子や、より詳細なMYH6の発現分布をバイオリンプロットにより確認できました。

ご依頼の内容により異なりますので、お問い合わせください。

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付下さい。

• ICELL8™ シングルセル解析依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
  ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
  　
  「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

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• 参照配列情報など

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