T細胞レパトア解析（T細胞受容体多様性解析）

抗原を認識するためのT細胞受容体(TCR)のクローン特異的CDR3配列の存在比率を網羅的に解析し、レパートリーの多様性を報告いたします。 抗原特異的あるいは腫瘍特異的抗体遺伝子の同定、免疫療法の有効性評価など、幅広くご活用いただけます。

■チラシをご覧ください。

供与細胞またはtotal RNAから、TCRα、TCRβ受容体領域についてSMARTer Human TCR a/b Profiling Kitを用いてシーケンスライブラリーの調製を行い、次世代シーケンサーを用いて配列を解析します。得られた配列をもとに多様性の解析を行います。

＜作業の流れ＞
1. ライブラリー作製
T細胞から抽出されたtotal RNAから、SMARTer Human TCR a/b Profiling Kitを用いてシーケンスライブラリーを調製します。
SMARTer法を用いることで、可変領域に富む5’末端側に複数のPCRプライマーを設計する必要がないため、バイアスを抑えることができます。
・SMARTer Human TCR a/b Profiling Kitの特徴

2. MiSeqによる配列解析
得られたライブラリーから、次世代シーケンサーMiSeq（イルミナ社）を用いてシーケンスデータを取得します。
微量のRNAからでも高いオンターゲット率が得られています。

3. 情報解析
得られたシーケンスデータからタグ配列を用いてサンプルごとにリードを分類し、アライメント後にV(D)Jセグメントを同定してCDR3配列のクローナリティを解析します。 また、検出されたCDR3領域のリード数やクローン毎のサマリ、V-Jプロット(2D)、検体間・群間比較など、多様な解析データの納品も可能です。


【納品データ例】
・ CDR3 サマリ



・V-J プロット^※

※2Dプロット描画に使用したRaw Scoreも納品いたします。Raw Scoreを用いることで、ご自身での3Dプロット作成が可能です。


〔検体間・群間比較が可能な解析〕

・ V-J　usage （各検体情報／検体間比較情報）

・ Most abundant clonotypes statistics （出現頻度／カウントランクによるグループ別クローン占有率の比較）

・　Rarefaction analysis （希薄化曲線）



・ Diversity Index （クローン数の豊富さ、分布の不均一さを数値化したインデックス値）
・ Share Clone　（検体間で共有しているクローンの2Dヒートマップ）

価格・納期は検体数やご依頼内容によって変わりますので、別途お問い合わせください。
なお、TCRαのみ、TCRβのみの解析も可能です。

以下のフォーマットにご記入のうえ、電子メールにてこちらへご送付下さい。

• 高速シーケンス(NGS)解析依頼書（Excel）
• 臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙（Excel）
  ※臨床検体・細胞を送付いただく場合は、受託サービスをお申込みいただく前に、「臨床検体又は供与細胞に関する情報提供用紙」にご記入の上、弊社へお送りください。 弊社にてご提供いただいた情報を元にお取り扱いの可否を判断して折り返しご連絡いたします。
  　
  「臨床検体のお取り扱いについて」の詳細はこちらをご参照ください。

以下の点にご注意の上、解析サンプルを調製してください。

送付物	サンプル量	濃度	液量（目安）	純度
				OD260／OD280	OD260／OD230
total RNA （末梢血単核細胞）	300 ng以上	20 ng/μl以上	15 μl以上	1.6以上
total RNA （組織由来）	1 μg以上	40 ng/μl以上	25 μl以上	1.6以上
組織検体	100 mg以上	―
血液検体	全血 3 ml以上	―

※対象はヒト由来検体のみとなります。
※末梢血、組織等にてご依頼の場合は、別途 RNA抽出費用を申し受けます。
※血液検体の場合、ヘパリンを含む採血管は使用しないでください。
※組織は採取後速やかに－80℃で保存し、十分な量のドライアイスを入れて弊社へご発送ください。
　迅速な凍結保存が困難な場合は、RNAlaterに浸漬するなど、RNAが分解しないようにして保存してください。


シーケンスライブラリーの作製の際には、サンプル中のT細胞由来のtotal RNA量が重要となります。
末梢血単核細胞以外の検体につきましては、以下の検体中のおよそのT細胞の存在比を目安に必要サンプル量をご準備ください。

検体種別	T細胞の存在比の目安
セルソーター等で単離されたT細胞	＞90％
末梢血単核細胞（バフィーコート）	40～60％
全血	20～40％
リンパ組織	40～60％
その他組織	対象外

■サンプル送付容器について
・RNAサンプルは1.5 mlチューブでご送付ください。
　24検体以上の場合は、96 well plateでご送付ください。プレートで送付いただけない場合は、納期が延びる場合がございます。

＜推奨プレートおよびシール＞
・Eppendorf twin.tec full-skirted 96-well PCR plates (Eppendorf社, No. EP-0030128.648)
・WATSON　タイタースティック HCフィルム（547-KTS-HC）