SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2

UMI搭載!ヒトTCRα/β V(D)J可変領域の完全長シーケンスが可能
  • イルミナ社次世代シーケンサーを用いたヒトT細胞受容体(TCR)のレパトア解析用ライブラリー作製キット
  • 末梢血白血球total RNA 10 ng~1 μg、T細胞RNA 1~100 ng、T細胞 1,000~10,000個からTCRα鎖、TCRβ鎖の配列情報を得るためのライブラリー作製が可能
  • 完全長V(D)J可変領域のシーケンス(MiSeq推奨)やCDR3配列のシーケンス(イルミナ社の全シーケンサー使用可能)が可能
  • UMIの利用により、PCR増幅バイアスの影響を取り除き、より正確なNGS解析が可能
  • UDIの利用により、インデックスホッピングによる他サンプルのライブラリー由来のリードコンタミネーションを防止
  • 専用の情報解析用ソフトウェアCogent NGS Immune Profiler Softwareが利用可能
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製品コード メーカー
略称
製品名 容量 価格(税別)
キャンペーン価格
特記事項 説明書、CoA
データシート
ベクター情報
参考資料 カート
Takara Code
634478

CLN

Clontech
SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit v2
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
12回 ¥330,000
¥264,000
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4478N
634479

CLN

Clontech
SMARTer® Human TCR a/b Profiling Kit v2
NGS関連 -RNAシーケンス編- 化学物質排出把握管理促進法(PRTR法) 安全データシート(SDS)添付
48回 ¥730,000
¥584,000
2020/11/16~
2021/03/31

説明書・データシート・ベクター情報
Z4479N
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製品説明

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2は、イルミナ社次世代シーケンサーを用いたヒトT細胞受容体(TCR)のレパトア解析用ライブラリー作製キットである。本製品はSMARTテクノロジー(Switching Mechanism at 5’End of RNA Template)と5' RACE法の応用によりTCRα鎖、β鎖の完全長V(D)J可変領域の配列を得ることができる。
ヒト末梢血白血球のtotal RNA(10 ng~1 μg)、T細胞の1~100 ng total RNA、あるいはインタクトなリンパ球(精製済みT細胞 1,000~10,000個)から高品質のライブラリーが作製できる。本キットでは、個別の分子バーコード(Unique Molecular Identifier : UMI)を付加することにより、PCR増幅バイアスによる影響を取り除き、より正確で信頼性の高いNGS解析が可能である。さらに、イルミナ社次世代シーケンサーに使用できるユニークデュアルインデックス(Unique Dual Index: UDI)により、インデックスホッピングによる他サンプルのライブラリー由来のリードコンタミネーションを防止できる。
イルミナ社シーケンサーから得られたデータは、専用の情報解析用ソフトウェアCogent NGS Immune Profiler Softwareを用いることで、V(D)J領域配列情報やクロノタイプの同定などの高品質なTCRプロファイル解析が可能となる。

情報解析用ソフトウェアCogent NGS Immune Profiler Softwareのご使用には、End User License Agreementの内容を確認の上、サインアップが必要です。
詳細はこちら(Takara-Bio USA社サイト)
SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2を用いたライブラリー作製の概要
図1.SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2を用いたライブラリー作製の概要

さまざまなRNA量からのクロノタイプの検出
図2.さまざまなRNA量からのクロノタイプの検出

ヒトCD3 T細胞からの各total RNA量または各細胞数からTRAとTRBライブラリーを作製した。得られたシーケンスリードをCogent NGS Immune Profiler Softwareによって解析した。


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表1. SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2の感度と再現性
% Jurkat RNA spiked in to 100 ng of PBMC RNATotal read count (TRA/TRB)Without UMI collapseWith UMI collapse
# of TRB raw reads# of reads for TRBV12‑3-TRBJ1‑2Detected percentage of Jurkat reads# of detected UMIs# of UMIs for TRBV12‑3-TRBJ1‑2Detected percentage of Jurkat UMIs
10.0% 2,500,000 1,565,005 397,179 25.0% 281,280 62,629 22.0%
1.0% 2,500,000 1,422,102 47,160 3.3% 219,776 6,426 2.9%
0.1% 2,500,000 1,366,127 5,412 0.4% 189,580 631 0.33%
0.01% 2,500,000 1,218,025 521 0.043% 196,615 74 0.038%
0.001% 2,500,000 1,331,465 909 0.068% 197,870 6 0.003%
0.0001% 2,500,000 1,409,199 - 0% 124,149 - 0%
0% 2,500,000 1,222,245 - 0% 197,933 - 0%
PBMC RNAに白血病細胞Jurkat T細胞(TRBV12-3-TRBJ1-2クロノタイプ)のRNAを各濃度(10%、1%、0.1%、0.01%、0.001%、0.0001%)となるようにスパイクインし、本キットで解析した。100 ng total RNAからTRB CDR3領域を増幅し、イルミナ社NextSeqでシーケンスして、2.5 Mリードを解析した。UMIによるデータ補正をしなかった場合(Without UMI collapse)とUMIによるデータ補正をした場合(With UMI collapse)のスパイクインRNA濃度の検出限界をグレーの網掛けで示している。UMIによるデータ補正がない場合、TRBV12-3の検出限界は0.01%であったが、UMIによるデータ補正を行った場合は、0.001%まで検出できた。

他社キットとの比較
図3.他社キットとの比較

2検体のPBMCからtotal RNAとgDNAを精製した。1.6 μgのgDNA(Y社)と100 ngのRNA(本キット、X社)から、それぞれライブラリーを作製した。各社キットの使用により得られたTCR a/bライブラリーのクロノタイプの数を示す。本キットでは、TRAが平均48.7 K, TRBが163 K得られた。(NT: not tested)

内容

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 Components
Box 1
  • Control RNA (1 μg/μl)
  • TCR SMART UMI Oligo (48 μM)

Box 2
  • 10X Lysis Buffer
  • 5X Ultra Low First-Strand Buffer
  • TCR dT Primer (12 μM)
  • SMARTScribe Reverse Transcriptase (100 U/μl)
  • RNase Inhibitor (40 U/μl)
  • Elution Buffer (10 mM)
  • Nuclease-Free Water
  • PrimeSTAR GXL DNA Polymerase (1.25 U/μl)
  • 5X PrimeSTAR GXL Buffer
  • dNTP Mix (2.5 mM each)
  • hTCR PCR1 Universal Forward (12 μM)
  • hTCRa PCR1 Reverse (12 μM)
  • hTCRb PCR1 Reverse (12 μM)
  • hTCRa PCR2 UDI Reverse (12 μM)
  • hTCRb PCR2 UDI Reverse (12 μM)

SMARTer RNA Unique Dual Index Kit – 24U (製品コード 634451)

保存

SMARTer Human TCR a/b Profiling Kit v2 Components
  Box 1:-70℃
  その他のコンポーネント:-20℃
  (融解後、Box 2中の10X Lysis Bufferは4℃、Elution Bufferは室温に保存)

SMARTer RNA Unique Dual Index Kit - 24U:-20℃

本製品以外に必要な試薬、機器(主なもの)

下記の製品は本キット中に含まれません。下記の製品はユーザーマニュアルに記載のProtocolで使用できることが確認されています。他製品では代替はできないため、ご注意ください。
PCR増幅およびバリデーション
  • First-Strand cDNA合成用のPCRサーマルサイクラー
  • PCR amplification用のPCRサーマルサイクラー
  • [オプション(24 サンプル以上をプールして同時に解析する場合):SMARTer RNA Unique Dual Index Kit – 96U Set A and/or Set B(製品コード 634452、634457)]
  • Qubit dsDNA HS Kit(Thermo Fisher Scientific社, Cat. No. Q32851)
  • Agilent 2100 Bioanalyzer: DNA 1000 Kit(Agilent, Cat. No. 5067-1504)
  • Library Quantification Kit(製品コード 638324)
  • High Sensitivity NGS Fragment Analysis Kit(Advanced Analytical社, Cat. No. DNF-474)
  • Nuclease-free thin-wall PCR tube(0.2 ml;USA Scientific社 Code 1402-4700)
  • Nuclease-free-low adhesion1.5 ml tubes(USA Scientific社 Code 1415-2600)またはLoBond tubes(Eppendorf, No.022431021)
Bead精製
  • NucleoMag NGS Clean-up and Size Select(製品コード 744970.5/.50/.500)
  • 100% エタノール
  • 0.2 mlチューブ用 Magnetic Separation Device(SMARTer-Seq Magnetic Separator - PCR Strip 製品コード 635011)など
  • [オプション]96-wellフォーマット磁気ビーズ精製用のデバイス
    • Magnetic Stand-96(Thermo Fisher Scientific社, Cat. No. AM10027)
    • 96-well V-bottom Plate(VWR社, Cat. No. 47743-996)
    • MicroAmp Clean Adhesive Seal(Thermo Fisher Scientific社, Cat. No. 4306311)
    • 96-well plate用低速遠心機
その他
  • シングルチャンネルピペット: 10 μl、20 μlおよび200 μl
  • 8連チャンネルピペット: 20 μl、200 μl
  • フィルターピペットチップ: 2 μl、20 μlおよび200 μl
  • 微量遠心機(1.5 ml チューブ用、0.2 mlチューブまたはストリップ用)
注意事項
  • 本ページの製品はすべて研究用として販売しております。ヒト、動物への医療、臨床診断用には使用しないようご注意ください。また、食品、化粧品、家庭用品等として使用しないでください。
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